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万見
- PDB-2riu: Alternative models for two crystal structures of Candida albicans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2riu
タイトルAlternative models for two crystal structures of Candida albicans 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase- alternate interpreation
要素3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
キーワードISOMERASE / alternate model / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Riboflavin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / riboflavin biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DHBP synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase, RibB / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBULOSE-5-PHOSPHATE / 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Stenkamp, R.E. / Le Trong, I.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Alternative models for two crystal structures of Candida albicans 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase.
著者: Le Trong, I. / Stenkamp, R.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Potential anti-infective targets in pathogenic yeasts: structure and properties of 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase of Candida albicans.
著者: Echt, S. / Bauer, S. / Steinbacher, S. / Huber, R. / Bacher, A. / Fischer, M.
履歴
登録2007年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9152
ポリマ－22,6851
非ポリマー2301
水2,720151
1
A: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8304
ポリマ－45,3702
非ポリマー4602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area3250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.597, 47.900, 40.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 70.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase / DHBP synthase


分子量: 22684.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: RIB3 / プラスミド: pnco-carib3-syn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): xl1 / 参照: UniProt: Q5A3V6
#2: 糖 ChemComp-5RP / RIBULOSE-5-PHOSPHATE / リブロ-ス5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月3日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→51.71 Å / Num. obs: 20361

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化解像度: 1.7→51.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 1.734 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1050 5.2 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 20361 93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.836 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å20 Å20.33 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→51.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1521 0 14 151 1686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1291.9982098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4125192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.6324.71470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90415284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.0661511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21083
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4681.5996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76421558
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4483611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3984.5540
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.741 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 72 -
Rwork0.23 1328 -
all-1400 -
obs--87.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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