PDB-2rf0: Crystal structure of human mixed lineage kinase MAP3K10 SH3 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rf0

タイトル

Crystal structure of human mixed lineage kinase MAP3K10 SH3 domain

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 10

キーワード

TRANSFERASE / MAP3K10 / MLK2 / SH3 domain / TKL kinase / MKN28 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

bHLH transcription factor binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / smoothened signaling pathway / positive regulation of JUN kinase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / JNK cascade / positive regulation of JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ugochukwu, E. / Eswaran, J. / Elkins, J. / Keates, T. / Pike, A.C.W. / Berridge, G. / Savitsky, P. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of human Mixed lineage kinase MAP3K10 SH3 domain.
著者: Ugochukwu, E. / Eswaran, J. / Elkins, J. / Keates, T. / Pike, A.C.W. / Berridge, G. / Savitsky, P. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / von Delft, F. / Knapp, S.

履歴

登録	2007年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rf0.cif.gz	61.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rf0.ent.gz	44 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rf0_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rf0_full_validation.pdf.gz	469.9 KB	表示
XML形式データ	2rf0_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	2rf0_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fmkS 1oebS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jti-3 1hqj-2 1csk-2 1csk-1 1bk2-d 1hqj-1 2krm-d 1hd3-d 1zrp-d 5ihk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 10

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 10

C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 10

D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 10

ヘテロ分子

39.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 10

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
9.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 10

ソフトウェアが定義した集合体
9.73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 10

ソフトウェアが定義した集合体
9.73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 10

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
9.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.680, 69.680, 103.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A B
2	1	C D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	A	A	17 - 78	28 - 89
1	2	ALA	ALA	B	B	17 - 78	28 - 89
2	1	ALA	ALA	C	C	17 - 78	28 - 89
2	2	GLY	GLY	D	D	18 - 78	29 - 89

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 10 / Mixed lineage kinase 2 / Protein kinase MST 分子量: 9734.596 Da / 分子数: 4 / 断片: SH3 domain: Residues 13-78 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K10, MLK2, MST / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) phage resistant Rosetta 参照: UniProt: Q02779, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Sodium malonate, 0.1M Bis-tris-propane pH 8.5, 20.0% PEG 3350, 10.0% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00234 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00234 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→52.19 Å / Num. all: 19798 / Num. obs: 19798 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.066 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 4 / R_sym value: 0.739 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0040	精密化
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 1OEB,1FMK

1oeb

1fmk

解像度: 2→52.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 9.157 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23014	1013	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1889	-	-	-
all	0.19093	18749	-	-
obs	0.19093	18749	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.878 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	0.43 Å²	0 Å²
2-	-	0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→52.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1758	0	8	84	1850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.378	1.93	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.846	3	2767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.075	5	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.29	23.889	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.797	15	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.537	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	850
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.079	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.272	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.016	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.855	3	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.909	3	493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.654	5	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.108	8	743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.767	11	612

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	318	medium positional	0.19	0.5
1	B	318	medium positional	0.22	0
2	C	318	medium positional	0.15	0
2	D	318	medium positional	0.16	0
1	A	322	loose positional	0.35	5
1	B	322	loose positional	0.32	0.02
2	C	322	loose positional	0.29	0
2	D	322	loose positional	0.26	0
1	A	318	medium thermal	2.44	2
1	B	318	medium thermal	2.18	0.01
2	C	318	medium thermal	2.37	0
2	D	318	medium thermal	2.64	0
1	A	322	loose thermal	2.86	10
1	B	322	loose thermal	3	0.03
2	C	322	loose thermal	2.65	0
2	D	322	loose thermal	2.78	0

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	73	-
R_work	0.23	1388	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6114	0.2548	-0.8933	5.2226	-3.406	19.8313	0.0309	0.083	-0.2619	-0.1192	0.2894	-0.0184	1.3815	1.2174	-0.3202	-0.2756	0.0421	-0.0335	-0.0447	0.0416	-0.1149	-12.3263	4.9902	5.1929
2	4.8876	-3.7208	1.1009	8.6585	-2.2452	3.9591	-0.391	0.3908	0.593	0.9487	-0.1668	-0.5278	-0.5396	0.1777	0.5578	-0.1885	-0.2296	-0.1413	-0.0319	0.2119	0.0129	-32.4629	10.2777	5.0857
3	4.7392	0.4668	0.8713	7.1151	-0.6766	8.5289	0.0237	1.0348	-0.0275	-0.6785	-0.1979	-0.3145	0.7624	0.908	0.1742	-0.1932	-0.0476	0.0796	0.1622	-0.0145	-0.2285	-39.135	-5.9575	-5.981
4	7.2215	3.2278	-0.3999	4.3161	-1.3368	10.2652	0.3131	0.1904	-0.1197	0.0864	0.0621	0.1219	-0.2214	-0.4365	-0.3752	-0.3478	-0.0355	0.0373	-0.0975	0.0261	-0.2225	-3.0523	20.2085	-6.4517

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	17 - 78	28 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	17 - 78	28 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	17 - 78	28 - 89
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	18 - 78	29 - 89

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