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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r4l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the long-chain fatty acid transporter FadL mutant P34A | ||||||
![]() | Long-chain fatty acid transport protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / beta barrel / outer membrane protein / Lipid transport / Phage recognition / Transmembrane / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() long-chain fatty acid transporting porin activity / ligand-gated channel activity / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hearn, E.M. / Patel, D.R. / Lepore, B.W. / Indic, M. / van den Berg, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Transmembrane passage of hydrophobic compounds through a protein channel wall 著者: Hearn, E.M. / Patel, D.R. / Lepore, B.W. / Indic, M. / van den Berg, B. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of the long-chain fatty acid transporter FadL 著者: van den Berg, B. / Black, P.N. / Clemons Jr., W.M. / Rapoport, T.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 244 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 541.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46728.902 Da / 分子数: 3 / 変異: P34A,I197T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-LDA / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.56 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / pH: 4.6 詳細: 30% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月10日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→48.4 Å / Num. obs: 27032 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 5.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 95.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1T16 解像度: 3.3→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.75 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.019
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