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- PDB-2r4h: Crystal structure of a C1190S mutant of the 6th PDZ domain of hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r4h
タイトルCrystal structure of a C1190S mutant of the 6th PDZ domain of human membrane associated guanylate kinase
要素Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
キーワードTRANSFERASE / PDZ / MEMBRANE ASSOCIATED GUANYLATE KINASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Cell junction / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Tight junction
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell-cell adhesion / endothelial cell morphogenesis / alpha-actinin binding / bicellular tight junction / cell periphery / cell projection / adherens junction / cell junction / cell-cell junction / protein-containing complex assembly ...positive regulation of cell-cell adhesion / endothelial cell morphogenesis / alpha-actinin binding / bicellular tight junction / cell periphery / cell projection / adherens junction / cell junction / cell-cell junction / protein-containing complex assembly / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / nucleolus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Unstructured region on MAGI / Unstructured region on MAGI / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / WW domain ...Unstructured region on MAGI / Unstructured region on MAGI / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE / Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / Hozjan, V. / Kavanagh, K.L. / Cooper, C. / Pike, A.C.W. / Elkins, J.M. / Doyle, D.A. / von Delft, F. / Sundstrom, M. ...Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / Hozjan, V. / Kavanagh, K.L. / Cooper, C. / Pike, A.C.W. / Elkins, J.M. / Doyle, D.A. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a C1190S mutant of the 6th PDZ domain of human membrane associated guanylate kinase.
著者: Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / Hozjan, V. / Kavanagh, K.L. / Cooper, C. / Pike, A.C.W. / Elkins, J.M. / Doyle, D.A. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Oppermann, U.
履歴
登録2007年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
B: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
C: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2698
ポリマ－38,4893
非ポリマー7815
水2,054114
1
A: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1423
ポリマ－12,8301
非ポリマー3122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8301
ポリマ－12,8301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2984
ポリマ－12,8301
非ポリマー4683
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.052, 77.759, 50.182
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 3 - 85 / Label seq-ID: 25 - 107

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

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要素

#1: タンパク質 Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1 / BAI1-associated protein 1 / BAP-1 / Membrane-associated guanylate kinase inverted 1 / MAGI-1 / ...BAI1-associated protein 1 / BAP-1 / Membrane-associated guanylate kinase inverted 1 / MAGI-1 / Atrophin-1-interacting protein 3 / AIP3 / WW domain-containing protein 3 / WWP3 / Trinucleotide repeat-containing gene 19 protein


分子量: 12829.523 Da / 分子数: 3 / 断片: 6th PDZ domain: Residues 1149-1233 / 変異: C1190S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Brain / 遺伝子: MAGI1, BAIAP1, BAP1, TNRC19 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q96QZ7
#2: 化合物
ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.006029 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006029 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→39.25 Å / Num. all: 17538 / Num. obs: 17538 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.683 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 8383 / Rsym value: 0.683 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0040精密化
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2JIK

2jik


解像度: 2.05→38.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 9.924 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25829 883 5.1 %RANDOM
Rwork0.18781 ---
all0.19148 16559 --
obs0.19148 16559 91.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.086 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20.13 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→38.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2091 0 50 114 2255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.747
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.001
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.089
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.171
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.773
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.918
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.191
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A478medium positional0.310.5
2B478medium positional0.20
3C478medium positional0.210
1A501loose positional0.865
2B501loose positional0.670.01
3C501loose positional0.80
1A478medium thermal1.672
2B478medium thermal1.60
3C478medium thermal1.430
1A501loose thermal1.4910
2B501loose thermal1.560.02
3C501loose thermal1.440
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 85 -
Rwork0.213 1233 -
obs--93.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94680.3441.3642.0702-1.03813.1742-0.20160.0622-0.05720.06950.0812-0.356-0.26860.12880.1203-0.03630-0.0091-0.0469-0.0259-0.065118.40675.02244.425
22.6022-0.2570.32551.8451-0.02720.91820.14330.1244-0.0056-0.2444-0.0758-0.0773-0.07010.1072-0.0675-0.03850.00970.0159-0.08520.0022-0.077410.680426.045613.692
31.57110.1610.22751.2463-0.40691.263-0.0122-0.06780.1252-0.03720.08130.0999-0.0502-0.0622-0.0691-0.03610.00440.0083-0.02950.0163-0.01673.180811.7758-17.5938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 8525 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2BB3 - 8525 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3CC3 - 8525 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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