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- PDB-2qpf: Crystal Structure of Mouse Transthyretin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qpf
タイトルCrystal Structure of Mouse Transthyretin
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / amyloidogenesis / tetramer / Glycoprotein / Hormone / Retinol-binding / Secreted / Thyroid hormone / Vitamin A
機能・相同性
機能・相同性情報


The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / thyroid hormone transport / hormone binding / retinol metabolic process / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Neutrophil degranulation / hormone activity ...The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / thyroid hormone transport / hormone binding / retinol metabolic process / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Neutrophil degranulation / hormone activity / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily ...Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Reixach, N. / Foss, T.R. / Santelli, E. / Pascual, J. / Kelly, J.W. / Buxbaum, J.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Human-Murine Transthyretin Heterotetramers Are Kinetically Stable and Non-amyloidogenic: A LESSON IN THE GENERATION OF TRANSGENIC MODELS OF DISEASES INVOLVING OLIGOMERIC PROTEINS.
著者: Reixach, N. / Foss, T.R. / Santelli, E. / Pascual, J. / Kelly, J.W. / Buxbaum, J.N.
履歴
登録2007年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
C: Transthyretin
D: Transthyretin
E: Transthyretin
F: Transthyretin
G: Transthyretin
H: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,6838
ポリマ－110,6838
非ポリマー00
水6,251347
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
C: Transthyretin
D: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3424
ポリマ－55,3424
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
手法PISA
2
E: Transthyretin
F: Transthyretin

E: Transthyretin
F: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3424
ポリマ－55,3424
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area6090 Å2
手法PISA
3
G: Transthyretin
H: Transthyretin

G: Transthyretin
H: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3424
ポリマ－55,3424
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.511, 120.511, 113.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-228-

HOH

21F-154-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11G
21A
12H
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: OCS / Beg label comp-ID: OCS / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 10 - 123 / Label seq-ID: 11 - 124

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11GG
21AA
12HH
22CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Transthyretin / Prealbumin


分子量: 13835.421 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttr / プラスミド: pMMHa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07309
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 2000 MME, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. all: 60027 / Num. obs: 60024 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.897 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5935 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb code 1dvq

1dvq


解像度: 2.05→24.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 10.049 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24609 3033 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.20043 59951 99.93 %-
all-60088 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20.43 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→24.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7133 0 0 347 7480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0227367
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024823
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9881.94810047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.731311799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3455925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.52723.564289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.099151166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5281525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1710.21037
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.24535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.23469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.23819
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1060.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1670.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.44125896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.09621870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.07637474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.23243347
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.82552571
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1G670tight positional0.020.05
2H660tight positional0.020.05
1G802loose positional0.55
2H769loose positional0.475
1G670tight thermal1.225
2H660tight thermal1.285
1G802loose thermal2.9220
2H769loose thermal3.0420
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 210 -
Rwork0.279 4115 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3853-1.00440.85184.6993-1.48442.8894-0.081-0.11330.40150.1316-0.1455-0.025-0.33690.01080.2265-0.2407-0.04860.0041-0.1932-0.0898-0.2096-45.004945.24565.6298
24.21350.67950.85212.79880.44322.26790.02540.26660.0985-0.2841-0.0972-0.5436-0.04070.58340.0717-0.19580.02580.1213-0.04880.0568-0.1868-32.087536.7045-7.6914
32.3678-0.0177-0.72662.9885-0.91854.1760.11-0.4463-0.16920.1953-0.01880.48050.3029-0.1353-0.0912-0.2367-0.06240.0051-0.15630.0046-0.1646-58.780522.46896.6622
42.99360.65621.60754.021.3173.90710.24640.1267-0.4709-0.297-0.0596-0.06520.60640.2945-0.1869-0.0570.1069-0.0385-0.21810.0108-0.1909-43.289412.912-1.7536
56.22430.42210.5592.9325-0.74023.25130.24290.24890.9442-0.05290.16320.788-0.1261-0.2921-0.4061-0.23540.02210.0874-0.2060.11770.1046-28.815429.8697-37.3093
64.51391.7591-1.17394.6695-1.55674.1671-0.26290.1192-0.824-0.20610.1912-0.11230.8944-0.02760.07170.08910.0345-0.026-0.256-0.046-0.1123-15.26636.9021-40.0596
74.231-0.7577-2.34072.9074-0.436412.98650.1075-0.2489-0.7372-0.1834-0.22020.88411.0591-3.09320.11270.3291-0.4827-0.14070.8173-0.0290.08781.261221.79860.0064
83.6825-1.11560.85525.6215-1.64289.08170.1509-0.50140.8667-0.468-0.1053-0.0021-2.4256-0.1323-0.04560.9594-0.21290.18960.0987-0.2192-0.045114.530144.78642.8574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA8 - 1249 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2BB9 - 12310 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3CC8 - 1249 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4DD10 - 12311 - 124
5X-RAY DIFFRACTION5EE9 - 12410 - 125
6X-RAY DIFFRACTION6FF9 - 12410 - 125
7X-RAY DIFFRACTION7GG10 - 12311 - 124
8X-RAY DIFFRACTION8HH10 - 12311 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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