PDB-2qk2: Structural Basis of Microtubule Plus End Tracking by XMAP215, CLI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qk2

タイトル

Structural Basis of Microtubule Plus End Tracking by XMAP215, CLIP-170 and EB1

要素

LP04448p

キーワード

PROTEIN BINDING / Mini spindles / Msps / XMAP215 / Dis1 / Stu2 / HEAT repeat / microtubule plus end / +TIP

機能・相同性

機能・相同性情報

establishment or maintenance of neuroblast polarity / bicoid mRNA localization / pronuclear fusion / microtubule plus end polymerase / oocyte microtubule cytoskeleton organization / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / mitotic spindle elongation / microtubule plus-end / female meiotic nuclear division / positive regulation of microtubule nucleation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Slep, K.C. / Vale, R.D.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural Basis of Microtubule Plus End Tracking by XMAP215, CLIP-170, and EB1.
著者: Slep, K.C. / Vale, R.D.

履歴

登録	2007年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qk2.cif.gz	63.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qk2.ent.gz	45 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qk2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qjxC 2qjzC 2qk0C 2qk1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l69-d 1vhy-2 1d2n-d 4qmf-2 4ns5-d 5vm8-1 3whk-8 6oii-d 3w58-2 5zbu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: LP04448p

26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.370, 113.414, 78.556
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

Msps is a monomer. The N-terminal two-thirds is characterized by five arrayed TOG domains. This structure is the second of the five TOG domains.

#1: タンパク質	LP04448p 分子量: 26762.619 Da / 分子数: 1 / 断片: TOG domain 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: msps / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q4QQC0, UniProt: Q9VEZ3*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.25 M Sodium malonate, Protein concentration 15 mg/ml , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97963, 0.97974, 1.00801

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月28日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97963	1
2	0.97974	1
3	1.00801	1

Reflection

D res high: 2.1 Å / D res low: 70 Å

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
1	16	136471	0.039	0.94	44860	97.5
2	16.5	138378	0.038	0.94	45385	98.6
3	17.9	137677	0.035	0.96	45149	98.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
4.52	70	88.1	1	0.019	0.958
3.59	4.52	96.9	1	0.022	1.036
3.14	3.59	98.7	1	0.029	1.049
2.85	3.14	99.1	1	0.043	1.026
2.65	2.85	99.2	1	0.062	0.978
2.49	2.65	99.2	1	0.087	0.935
2.37	2.49	99.2	1	0.104	0.862
2.26	2.37	99.1	1	0.144	0.866
2.18	2.26	99	1	0.193	0.863
2.1	2.18	96.5	1	0.24	0.816
4.52	70	95.7	2	0.018	0.966
3.59	4.52	99.2	2	0.022	1.042
3.14	3.59	99.4	2	0.029	1.041
2.85	3.14	99.5	2	0.042	1.031
2.65	2.85	99.5	2	0.061	0.987
2.49	2.65	99.2	2	0.083	0.919
2.37	2.49	99.2	2	0.102	0.898
2.26	2.37	99	2	0.139	0.849
2.18	2.26	99	2	0.182	0.821
2.1	2.18	96.4	2	0.229	0.786
4.52	70	97	3	0.017	0.953
3.59	4.52	99.3	3	0.021	1.034
3.14	3.59	99.4	3	0.027	1.042
2.85	3.14	99.6	3	0.039	1.032
2.65	2.85	99.2	3	0.055	1.02
2.49	2.65	99.1	3	0.076	0.986
2.37	2.49	99.3	3	0.091	0.946
2.26	2.37	99.1	3	0.124	0.875
2.18	2.26	98.4	3	0.164	0.868
2.1	2.18	91.6	3	0.185	0.779

反射

解像度: 2.1→70 Å / Num. obs: 45149 / % possible obs: 98.2 % / R_merge(I) obs: 0.035 / R_sym value: 0.035 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 17.9

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 4223 / R_sym value: 0.185 / Χ²: 0.779 / % possible all: 91.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散
Phasing dm shell	解像度: 2.1→500.01 Å / Delta phi final: 0.153 / FOM : 0.156 / 反射: 43880

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→35.58 Å / FOM work R set: 0.868 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	4291	9.3 %	Random 10%
R_work	0.202	-	-	-
obs	-	43880	95.3 %	-

溶媒の処理

B_sol: 55.201 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.672 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.726 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.267 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1851	0	0	161	2012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.382	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.724	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.115	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.118	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.1-2.11	0.23	70	0.238	587	657
2.11-2.13	0.237	87	0.231	673	760
2.13-2.14	0.244	90	0.242	721	811
2.14-2.16	0.339	79	0.239	656	735
2.16-2.18	0.254	86	0.221	726	812
2.18-2.19	0.287	67	0.252	774	841
2.19-2.21	0.274	68	0.237	755	823
2.21-2.23	0.282	109	0.224	774	883
2.23-2.24	0.244	75	0.225	754	829
2.24-2.26	0.287	79	0.232	752	831
2.26-2.28	0.238	66	0.21	825	891
2.28-2.3	0.211	84	0.218	767	851
2.3-2.32	0.279	84	0.219	791	875
2.32-2.34	0.25	76	0.218	796	872
2.34-2.37	0.241	79	0.228	802	881
2.37-2.39	0.258	81	0.211	785	866
2.39-2.41	0.208	89	0.209	799	888
2.41-2.44	0.229	84	0.218	833	917
2.44-2.46	0.312	83	0.227	773	856
2.46-2.49	0.223	99	0.211	794	893
2.49-2.52	0.22	102	0.211	796	898
2.52-2.55	0.281	79	0.233	816	895
2.55-2.58	0.244	72	0.233	801	873
2.58-2.61	0.31	85	0.234	836	921
2.61-2.65	0.265	93	0.233	769	862
2.65-2.68	0.206	82	0.235	846	928
2.68-2.72	0.317	45	0.234	833	878
2.72-2.76	0.213	97	0.247	816	913
2.76-2.8	0.249	93	0.234	818	911
2.8-2.85	0.34	87	0.224	785	872
2.85-2.9	0.23	99	0.238	835	934
2.9-2.95	0.212	83	0.234	804	887
2.95-3.01	0.245	96	0.232	817	913
3.01-3.07	0.212	78	0.228	817	895
3.07-3.14	0.239	99	0.223	832	931
3.14-3.21	0.201	93	0.227	798	891
3.21-3.29	0.221	77	0.185	838	915
3.29-3.38	0.269	78	0.202	844	922
3.38-3.48	0.261	66	0.183	845	911
3.48-3.59	0.182	85	0.176	829	914
3.59-3.72	0.152	84	0.168	820	904
3.72-3.87	0.153	103	0.145	821	924
3.87-4.04	0.145	99	0.165	816	915
4.04-4.26	0.193	96	0.162	808	904
4.26-4.52	0.163	103	0.158	820	923
4.52-4.87	0.167	98	0.164	822	920
4.87-5.36	0.163	84	0.192	817	901
5.36-6.14	0.223	93	0.215	785	878
6.14-7.74	0.268	102	0.2	801	903
7.74-500.01	0.23	105	0.186	767	872

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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