PDB-2qk1: Structural Basis of Microtubule Plus End Tracking by XMAP215, CLI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qk1

タイトル

Structural Basis of Microtubule Plus End Tracking by XMAP215, CLIP-170 and EB1

要素

Protein STU2

キーワード

PROTEIN BINDING / stu2 / Stu2p / XMAP215 / Dis1 / TOG / ch-TOG / HEAT repeat / microtubule plus end / +TIP

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule plus end polymerase / mitotic sister chromatid biorientation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / repair of mitotic kinetochore microtubule attachment defect / microtubule nucleation / microtubule plus-end binding / spindle pole body / microtubule polymerization / mitotic spindle organization / spindle microtubule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Slep, K.C. / Vale, R.D.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural Basis of Microtubule Plus End Tracking by XMAP215, CLIP-170, and EB1.
著者: Slep, K.C. / Vale, R.D.

履歴

登録	2007年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qk1.cif.gz	71.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qk1.ent.gz	50.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/2qk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qjxC 2qjzC 2qk0C 2qk2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5k5d-2 5k5d-1 4i96-d 5k5d-3 4u3s-d 5k5a-d 4d01-d 3von-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protein STU2

28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.441, 80.649, 97.919
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Stu2p is a homodimer formed through a C-terminal coiled coil dimerization domain not included in this construct. Two TOG domains are arrayed at the N-terminal region. This construct embodies TOG domain 2.

#1: タンパク質	Protein STU2 / Suppressor of tubulin 2 分子量: 28898.441 Da / 分子数: 1 / 断片: TOG domain 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: STU2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: P46675
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 27% PEG 4000, 100 mM Sodium citrate, 200 mM Ammonium acetate, Protein concentration 15 mg/ml, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97959, 0.97972, 1.01627, 1.12714

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月13日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97959	1
2	0.97972	1
3	1.01627	1
4	1.12714	1

Reflection

D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
1	19.2	92582	0.044	1.02	24410	97.2
2	19.4	94453	0.043	1.01	24614	98.1
3	22.1	89744	0.039	1.01	24087	96.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
4.52	50	93.4	1	0.031	1.03
3.59	4.52	98	1	0.032	1.027
3.14	3.59	99.3	1	0.038	1.02
2.85	3.14	99.4	1	0.046	1.038
2.65	2.85	99.8	1	0.051	1.035
2.49	2.65	99.9	1	0.064	1.032
2.37	2.49	99.9	1	0.069	1.037
2.26	2.37	99.8	1	0.073	1.012
2.18	2.26	95.8	1	0.075	0.954
2.1	2.18	87.4	1	0.092	0.955
4.52	50	98.6	2	0.031	1.02
3.59	4.52	99.8	2	0.032	1.026
3.14	3.59	100	2	0.039	0.971
2.85	3.14	100	2	0.046	1.014
2.65	2.85	100	2	0.051	1.025
2.49	2.65	100	2	0.062	1.033
2.37	2.49	100	2	0.068	1.045
2.26	2.37	99.8	2	0.072	1.007
2.18	2.26	96	2	0.074	0.955
2.1	2.18	87.4	2	0.089	0.96
4.52	50	99.9	3	0.029	1.045
3.59	4.52	100	3	0.03	0.989
3.14	3.59	100	3	0.036	1.039
2.85	3.14	100	3	0.042	0.974
2.65	2.85	100	3	0.047	0.963
2.49	2.65	100	3	0.059	1.014
2.37	2.49	99.9	3	0.058	1.027
2.26	2.37	96.8	3	0.066	1.041
2.18	2.26	87.7	3	0.065	1.013
2.1	2.18	77.5	3	0.078	0.999

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 25288 / % possible obs: 99 % / R_merge(I) obs: 0.04 / R_sym value: 4 / Χ²: 1.015 / Net I/σ(I): 25.4

反射シェル

解像度: 1.7→1.76 Å / R_merge(I) obs: 0.097 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique all: 2381 / R_sym value: 9.7 / Χ²: 0.965 / % possible all: 94.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散
Phasing dm shell	解像度: 1.7→500.01 Å / Delta phi final: 0.176 / FOM : 0.194 / 反射: 46701

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→41.85 Å / FOM work R set: 0.898 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.196	4577	9.6 %	Random 10%
R_work	0.173	-	-	-
obs	-	24965	97.6 %	-

溶媒の処理

B_sol: 54.849 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.219 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.151 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.716 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.565 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1990	0	0	313	2303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.154	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.542	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.68	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.59	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
1.7-1.71	0.195	39	0.183	501	540
1.71-1.72	0.197	97	0.172	742	839
1.72-1.74	0.272	87	0.202	800	887
1.74-1.75	0.273	83	0.199	824	907
1.75-1.76	0.191	101	0.177	823	924
1.76-1.77	0.189	78	0.163	821	899
1.77-1.79	0.209	91	0.184	815	906
1.79-1.8	0.259	91	0.178	811	902
1.8-1.82	0.232	76	0.183	833	909
1.82-1.83	0.221	88	0.176	864	952
1.83-1.85	0.18	72	0.159	828	900
1.85-1.86	0.174	97	0.164	860	957
1.86-1.88	0.208	88	0.192	854	942
1.88-1.9	0.271	76	0.204	880	956
1.9-1.91	0.242	102	0.155	800	902
1.91-1.93	0.18	96	0.178	853	949
1.93-1.95	0.15	108	0.164	825	933
1.95-1.97	0.163	105	0.153	826	931
1.97-1.99	0.195	104	0.166	853	957
1.99-2.02	0.199	91	0.172	877	968
2.02-2.04	0.234	74	0.177	901	975
2.04-2.06	0.212	92	0.166	830	922
2.06-2.09	0.167	106	0.154	839	945
2.09-2.11	0.177	86	0.163	849	935
2.11-2.14	0.196	103	0.172	880	983
2.14-2.17	0.205	124	0.152	856	980
2.17-2.2	0.247	80	0.169	856	936
2.2-2.24	0.231	104	0.166	828	932
2.24-2.27	0.22	81	0.191	885	966
2.27-2.31	0.202	102	0.173	865	967
2.31-2.35	0.138	75	0.149	881	956
2.35-2.39	0.197	91	0.17	875	966
2.39-2.44	0.191	78	0.179	852	930
2.44-2.49	0.197	106	0.173	835	941
2.49-2.54	0.172	83	0.181	907	990
2.54-2.6	0.216	75	0.191	897	972
2.6-2.66	0.218	95	0.191	823	918
2.66-2.74	0.205	88	0.183	865	953
2.74-2.82	0.199	116	0.176	866	982
2.82-2.91	0.271	88	0.19	862	950
2.91-3.01	0.16	103	0.172	833	936
3.01-3.13	0.215	90	0.189	884	974
3.13-3.27	0.199	110	0.172	836	946
3.27-3.45	0.16	81	0.165	880	961
3.45-3.66	0.194	129	0.164	838	967
3.66-3.95	0.184	72	0.155	881	953
3.95-4.34	0.178	89	0.164	857	946
4.34-4.97	0.159	100	0.157	857	957
4.97-6.26	0.197	98	0.199	854	952
6.26-500.01	0.178	88	0.182	862	950

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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