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- PDB-4qmf: Structure of the Krr1 and Faf1 complex from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qmf
タイトルStructure of the Krr1 and Faf1 complex from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • KRR1 small subunit processome component
  • Protein FAF1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / protein-protein complex / K-homology domain / ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome, small subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / nucleolus ...preribosome, small subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / K Homology domain, type 1 / Krr1, KH1 domain / Krr1 KH1 domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 ...: / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / K Homology domain, type 1 / Krr1, KH1 domain / Krr1 KH1 domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
KRR1 small subunit processome component / Protein FAF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Zheng, S. / Ye, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Interaction between ribosome assembly factors Krr1 and Faf1 is essential for formation of small ribosomal subunit in yeast
著者: Zheng, S. / Lan, P. / Liu, X. / Ye, K.
履歴
登録2014年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: KRR1 small subunit processome component
B: KRR1 small subunit processome component
A: Protein FAF1
C: Protein FAF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3224
ポリマ－55,3224
非ポリマー00
水25214
1
D: KRR1 small subunit processome component
C: Protein FAF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6612
ポリマ－27,6612
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
2
B: KRR1 small subunit processome component
A: Protein FAF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6612
ポリマ－27,6612
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.097, 67.923, 81.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細heterodimer of Krr1 and Faf1

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要素

#1: タンパク質 KRR1 small subunit processome component / KRR-R motif-containing protein 1 / Ribosomal RNA assembly protein KRR1


分子量: 21999.906 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-222 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: KRR1, YCL059C, YCL59C / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P25586
#2: タンパク質・ペプチド Protein FAF1 / Forty S assembly factor


分子量: 5661.330 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 145-169, 199-220 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: FAF1, YIL019W / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P40546
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M tri-ammonium citrate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 13065 / Num. obs: 13000 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 34.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.8-2.853.90.6324.341100
2.85-2.93.90.475.411100
2.9-2.963.90.4365.78199.8
2.96-3.023.90.347.031100
3.02-3.083.90.2987.961100
3.08-3.153.90.2619.071100
3.15-3.233.80.26410.1199.1
3.23-3.323.80.20511.91100
3.32-3.423.80.20412.91100
3.42-3.533.80.16814.9199.7
3.53-3.653.70.1517.5199.1
3.65-3.83.80.12719.5199.2
3.8-3.973.60.1221.3199.4
3.97-4.183.70.08523.4199.4
4.18-4.443.60.0726.3198
4.44-4.793.50.06227.7199.5
4.79-5.273.90.05828.51100
5.27-6.033.90.05928199.7
6.03-7.593.80.04929.21100
7.59-503.50.03830.1196.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.804→40.172 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.1 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 640 4.93 %
Rwork0.2324 --
obs0.2346 12974 98.06 %
all-13237 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.804→40.172 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3147 0 0 14 3161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6444296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3381252
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003540
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8044-3.02090.35041320.2765232393
3.0209-3.32480.30371260.25672495100
3.3248-3.80550.3191400.2417248399
3.8055-4.79330.23541200.2113248699
4.7933-40.17580.24811220.214254799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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