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- PDB-1dsz: STRUCTURE OF THE RXR/RAR DNA-BINDING DOMAIN HETERODIMER IN COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dsz
タイトルSTRUCTURE OF THE RXR/RAR DNA-BINDING DOMAIN HETERODIMER IN COMPLEX WITH THE RETINOIC ACID RESPONSE ELEMENT DR1
要素
  • (RETINOIC ACID RECEPTOR ...) x 2
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / RXR / RAR / nuclear receptor / protein-DNA / retinoic acid / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development / glandular epithelial cell development ...Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development / glandular epithelial cell development / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / prostate gland development / positive regulation of transporter activity / negative regulation of cartilage development / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / outflow tract septum morphogenesis / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / response to vitamin A / limb development / apoptotic cell clearance / regulation of myelination / Signaling by Retinoic Acid / ureteric bud development / DNA binding domain binding / DNA-binding transcription repressor activity / protein kinase A binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear steroid receptor activity / heterocyclic compound binding / LBD domain binding / positive regulation of interleukin-4 production / alpha-actinin binding / face development / germ cell development / negative regulation of type II interferon production / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to estrogen stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / response to retinoic acid / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to retinoic acid / positive regulation of cell cycle / hormone-mediated signaling pathway / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to cytokine / positive regulation of neuron differentiation / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / liver development / hippocampus development / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / female pregnancy / neural tube closure / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / multicellular organism growth / regulation of synaptic plasticity / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / mRNA 5'-UTR binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / nervous system development
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear hormone receptor ...: / : / Retinoic acid receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Retinoic acid receptor alpha / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Rastinejad, F. / Wagner, T. / Zhao, Q. / Khorasanizadeh, S.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Structure of the RXR-RAR DNA-binding complex on the retinoic acid response element DR1.
著者: Rastinejad, F. / Wagner, T. / Zhao, Q. / Khorasanizadeh, S.
履歴
登録2000年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3')
A: RETINOIC ACID RECEPTOR ALPHA
B: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6548
ポリマ－29,3934
非ポリマー2624
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.660, 33.900, 101.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4643.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*G)-3')


分子量: 4535.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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RETINOIC ACID RECEPTOR ... , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 RETINOIC ACID RECEPTOR ALPHA / RAR-ALPHA


分子量: 10220.006 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 82-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10276
#4: タンパク質 RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA / RXR-ALPHA


分子量: 9993.584 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 129-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793

-
非ポリマー , 2種, 342分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18-23% PEG 3350, 25 mM Tris buffer, 5 mM MgCl2, 0.4 M NH4CL, RXR and RAR proteins each at 0.45 mM, DNA duplex at 0.45 mM, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris buffer11
2NH4Cl11
3MgCl211
4PEG 335011
5PEG 335012
結晶化
*PLUS
温度: 8 ℃
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.90 mMprotein1drop
20.45 mMDNA1drop
325 mMTris-HCl1drop
418-23 %PEG33501reservoir
525 mMTris-HCl1reservoir
65 mM1reservoirMgCl2
70.4 M1reservoirNH4Cl

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 29834 / Num. obs: 29834 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / % possible all: 98
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Mean I/σ(I) obs: 8.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1416 5 %random
Rwork0.198 ---
all0.201 29834 --
obs0.201 28332 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1244 609 4 339 2196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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