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- PDB-2qej: Crystal structure of a Staphylococcus aureus protein (SSL7) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qej
タイトルCrystal structure of a Staphylococcus aureus protein (SSL7) in complex with Fc of human IgA1
要素
  • IG ALPHA-1 C REGION
  • SUPERANTIGEN-LIKE MOLECULE 7
キーワードIMMUNE SYSTEM / IGA1 / ANTIBODY / IMMUNOGLOBULIN / OB-FOLD / BETA-GRASP / SSL
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of respiratory burst / complement activation, classical pathway / Scavenging of heme from plasma ...secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of respiratory burst / complement activation, classical pathway / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / antibacterial humoral response / blood microparticle / adaptive immune response / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ramsland, P.A. / Willoughby, N. / Trist, H.M. / Farrugia, W. / Hogarth, P.M. / Fraser, J.D. / Wines, B.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural basis for evasion of IgA immunity by Staphylococcus aureus revealed in the complex of SSL7 with Fc of human IgA1
著者: Ramsland, P.A. / Willoughby, N. / Trist, H.M. / Farrugia, W. / Hogarth, P.M. / Fraser, J.D. / Wines, B.D.
履歴
登録2007年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG ALPHA-1 C REGION
B: IG ALPHA-1 C REGION
C: SUPERANTIGEN-LIKE MOLECULE 7
D: SUPERANTIGEN-LIKE MOLECULE 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,38712
ポリマ－93,0374
非ポリマー1,3498
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.306, 109.263, 170.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 / タンパク質 / 糖 , 3種, 6分子 ABCD

#1: 抗体 IG ALPHA-1 C REGION


分子量: 23468.623 Da / 分子数: 2 / 断片: FC REGION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHA1 / プラスミド: pAPEX-3p derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HEK293EBNA / 参照: UniProt: P01876
#2: タンパク質 SUPERANTIGEN-LIKE MOLECULE 7 / SSL7


分子量: 23050.020 Da / 分子数: 2 / 断片: SET1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: STRAIN NUMBER 4427 (GL1 ISOLATE) / 遺伝子: ssl7 / プラスミド: pET32a-3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD494(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q2YVR9
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 50分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 8000, 66 mM sodium cacodylate pH 6.5, 130 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30.82 Å / Num. all: 22643 / Num. obs: 22643 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 68.9 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2164 / Rsym value: 0.362 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1OW0 and 1V1P

1ow0

1v1p


解像度: 3.2→30.82 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 2081 -RANDOM
Rwork0.229 ---
all-22643 --
obs-22643 92.6 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→30.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6287 0 87 44 6418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.024
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 323 -
Rwork0.322 --
obs-3276 87.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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