PDB-2q54: Crystal structure of KB73 bound to HIV-1 protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q54

タイトル

Crystal structure of KB73 bound to HIV-1 protease

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / Drug design / HIV-1 protease / protease inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Design and Synthesis of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Oxazolidinones as P2/P2' Ligands in Pseudosymmetric Dipeptide Isosteres.
著者: Reddy, G.S. / Ali, A. / Nalam, M.N. / Anjum, S.G. / Cao, H. / Nathans, R.S. / Schiffer, C.A. / Rana, T.M.

履歴

登録	2007年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2013年8月28日	Group: Refinement description
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.6	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q54	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2q55C 2q5kC 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zga-1 3tlh-1 1kj4-2 2r5p-1 1f7a-d 1yth-d 1kjh-d 6uwc-d 4q1x-d 3sab-d 4ep2-d 2nxl-d 1mtb-d 1kjg-d 1lzq-d 1zpa-1 4mc1-d 4obh-2 3d3t-d 1mt9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.759, 58.167, 61.436
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: O38710*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ 詳細: Synthesized in the laboratory to inhibit the HIV-1 protease
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-MU1 / N~2~-ACETYL-N-[(1S,3S,4S)-4-({[(5S)-3-(3-ACETYLPHENYL)-2-OXO-1,3-OXAZOLIDIN-5-YL]CARBONYL}AMINO)-1-BENZYL-3-HYDROXY-5-PHENYLPENTYL]-L-VALINAMIDE 分子量: 656.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₄N₄O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126 mM sodium phosphate, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月8日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 15398 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.038 / R_sym value: 3.8 / Net I/σ(I): 19.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F7A

1f7a

解像度: 1.85→42.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 6.306 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22399	769	5 %	RANDOM
R_work	0.17412	-	-	-
obs	0.17651	14596	95.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.911 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1486	0	66	135	1687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.207	2.022	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.685	3	3611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.05	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.503	24.643	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.558	15	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.8	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.165	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.197	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.108	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.479	1.5	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.102	1.5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.719	2	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.01	3	657
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.527	4.5	578
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.899 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	42	-
R_work	0.215	777	-
obs	-	-	70.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4854	2.2982	-0.1895	3.1789	0.4411	5.4849	-0.1597	0.1167	0.4113	-0.21	0.1806	0.2045	-0.1116	-0.0361	-0.0209	-0.0817	-0.0092	-0.0378	-0.136	0.0403	-0.0947	19.8058	10.9836	7.254
2	4.969	-0.1986	0.1142	5.3672	0.9956	2.6291	-0.1902	0.4829	-0.152	-0.2236	0.1	0.0115	0.108	-0.02	0.0902	-0.045	-0.0643	0.0085	-0.0553	-0.0149	-0.1907	21.1759	3.0395	1.4723
3	8.6768	-0.2263	-2.0794	7.1095	-0.3842	0.619	0.0974	0.0003	0.0797	0.1554	0.0091	0.045	0.0816	-0.0253	-0.1065	-0.0838	-0.008	-0.0176	-0.085	0.0017	-0.1491	12.8046	2.231	12.1372
4	5.6836	-3.0043	-1.4975	5.4765	-0.7238	2.1732	-0.1431	-0.0497	-0.1281	-0.1283	-0.0996	-0.0853	0.1156	0.0189	0.2427	-0.0924	-0.0159	0.0241	-0.1121	0.0283	-0.0979	27.8005	0.6964	11.6995
5	15.1975	12.8985	4.4932	12.5111	-0.9283	15.7073	0.8342	-0.4679	1.5174	0.1161	-0.2923	1.6502	0.2266	-1.3851	-0.5419	-0.1604	0.0271	-0.0238	-0.0424	-0.0279	0.287	1.7597	7.4571	12.3202
6	5.5271	-4.5634	-1.7093	8.1276	-2.3833	10.4465	0.184	0.3636	0.2036	-0.3888	-0.4186	-1.1779	-0.0577	0.9275	0.2346	-0.1204	0.0163	0.1198	-0.1467	0.1038	0.0897	39.0285	-1.6263	6.7521
7	13.4328	1.2461	-1.8591	10.3059	2.6275	9.4374	0.204	0.05	0.2328	0.1828	-0.1508	0.4583	-0.3716	-0.5736	-0.0531	-0.1907	0.0333	-0.0086	-0.0391	0.1372	-0.1652	0.6014	-5.5705	16.7538
8	5.4476	0.3671	1.3624	5.25	5.8849	9.8433	-0.0183	-0.0443	-0.1199	0.2692	0.0721	-0.3177	0.3069	0.6282	-0.0537	-0.1187	-0.0034	-0.0015	-0.0496	0.1063	-0.0336	39.473	-2.1393	20.2449
9	14.6263	1.9219	4.9518	1.8515	-0.7133	4.0853	-0.0023	0.0648	0.1096	0.0095	0.1109	0.0478	-0.1898	-0.0203	-0.1086	-0.0764	-0.0203	0.0084	-0.1042	0.0075	-0.0951	12.8624	-10.0656	19.225
10	18.9818	3.2927	4.7989	3.5588	-0.3469	5.0155	-0.0615	0.0097	0.1914	-0.0008	-0.0779	0.0289	0.1388	-0.1045	0.1393	-0.0693	-0.0106	0.0109	-0.1395	-0.0162	-0.1339	27.2441	-1.966	25.8654
11	4.2182	6.2383	-6.8609	12.9681	-8.3064	12.0642	0.6136	-0.5102	0.0589	0.6752	-0.47	0.3326	-0.7852	0.7159	-0.1436	-0.0549	-0.0223	0.0122	-0.0635	0.0149	-0.0879	10.5866	-0.2429	18.0573
12	0.6056	-1.064	1.5943	4.8314	-0.4943	5.9932	0.1586	-0.1287	-0.2408	-0.053	0.1187	0.3917	0.2005	-0.127	-0.2772	-0.1093	-0.002	0.0103	-0.0912	0.0449	-0.0172	29.4922	-3.9847	16.0413
13	8.6112	4.4313	3.9698	4.8481	-0.3324	4.0273	-0.5594	0.6039	-0.1985	-0.2397	0.5534	0.1472	-0.027	-0.0752	0.006	-0.0382	-0.0739	-0.0127	-0.0106	0.0303	-0.1292	11.8614	0.2586	3.6623
14	3.3503	0.5963	1.1069	2.8471	-1.4054	3.5592	-0.0567	-0.0597	-0.0767	-0.0695	0.0414	-0.3173	0.0851	-0.0755	0.0153	-0.0704	-0.0122	0.0028	-0.0781	0.0163	-0.0582	28.9927	9.3208	10.9986
15	11.1292	-11.2135	10.3572	13.3756	-9.809	14.883	0.3271	0.1485	-0.4607	-0.4454	0.0603	0.3632	0.6477	-0.1794	-0.3874	-0.1709	-0.0433	-0.0249	-0.1163	0.0784	-0.0047	1.4755	-7.3092	9.6934
16	2.1988	0.8158	-2.2144	14.4058	-18.0635	28.8889	0.1028	-0.3188	0.8141	0.7361	-0.4678	-0.4385	-0.5221	0.7063	0.365	-0.2024	-0.0531	-0.0732	-0.0537	0.0832	0.0108	39.0326	5.7559	20.2326
17	29.1687	18.74	-8.0834	15.6789	-1.5036	5.9812	-0.0449	-1.2219	0.6905	-0.4127	-0.3823	0.0895	-0.4996	0.2218	0.4272	-0.0493	-0.073	-0.148	-0.0058	0.0798	0.0575	3.517	5.6172	6.33
18	13.8515	-2.0628	10.0279	9.1567	3.2377	37.8728	0.0643	-0.2125	-1.1349	-0.6728	0.2949	-0.3441	0.1718	-0.0712	-0.3592	-0.1555	0.0318	0.1595	-0.2137	0.0467	0.0497	37.2461	4.7314	6.8217
19	2.3323	-2.7999	5.5356	11.1817	-8.8663	13.7695	-0.2811	0.0778	-0.0424	0.2352	0.3226	0.457	-0.2513	-0.0112	-0.0415	-0.0968	-0.0456	-0.0123	-0.0612	0.0652	-0.0304	4.3992	-0.5976	5.8552
20	2.1778	0.7408	-0.9679	3.4678	-2.0862	5.472	0.0862	-0.1456	0.0047	-0.0003	-0.2432	-0.3044	0.0696	0.5623	0.157	-0.1593	0.0164	0.0026	-0.0936	0.0429	-0.0291	35.9276	7.104	13.2537
21	5.5128	7.6166	7.9424	37.4545	16.9382	18.0237	-0.1471	0.1645	-0.2655	0.5195	0.3903	0.0826	0.512	0.5372	-0.2432	-0.08	0.0006	-0.0057	-0.0344	0.0679	-0.0793	20.5648	-2.594	16.3363

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 5	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	94 - 99	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 10	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 5	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	94 - 99	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	6 - 10	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	20 - 32	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	20 - 32	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	11 - 19	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	11 - 19	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	33 - 43	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	33 - 43	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	44 - 57	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	44 - 57	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	77 - 85	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	77 - 85	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	86 - 93	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	86 - 93	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	58 - 62	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	58 - 62	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	63 - 68	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	63 - 68	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	69 - 76	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	69 - 76	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	B	G	200	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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