PDB-2q5k: Crystal structure of lopinavir bound to wild type HIV-1 protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q5k

タイトル

Crystal structure of lopinavir bound to wild type HIV-1 protease

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / Drug design / HIV-1 protease / protease inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Design and Synthesis of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Oxazolidinones as P2/P2' Ligands in Pseudosymmetric Dipeptide Isosteres.
著者: Reddy, G.S. / Ali, A. / Nalam, M.N. / Anjum, S.G. / Cao, H. / Nathans, R.S. / Schiffer, C.A. / Rana, T.M.

履歴

登録	2007年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q5k.cif.gz	55.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q5k.ent.gz	42 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/2q5k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2q54C 2q55C 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hvp-d 3i7e-d 3o9d-d 4njt-1 3bgc-d 2qi7-d 3b80-d 4a4q-d 1xl5-d 4q1y-d 6dh7-d 1ebk-2 3o9b-d 1hpo-d 5bry-d 1mtb-d 1t7i-d 1meu-d 6pji-d 4rvx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.343, 58.043, 61.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: O38710*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ 詳細: Synthesized in the laboratory to inhibit the HIV-1 protease
#3: 化合物	ChemComp-AB1 / N-{1-BENZYL-4-[2-(2,6-DIMETHYL-PHENOXY)-ACETYLAMINO]-3-HYDROXY-5-PHENYL-PENTYL}-3-METHYL-2-(2-OXO-TETRAHYDRO-PYRIMIDIN-1-YL)-BUTYRAMIDE / ABT-378 / LOPINAVIR / ロピナビル分子量: 628.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₈N₄O₅ コメント: 抗レトロウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM sodium phosphate, 63mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月18日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 13461 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.044 / R_sym value: 4.4 / Net I/σ(I): 19.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F7A

1f7a

解像度: 1.95→42.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 7.94 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	675	5 %	RANDOM
R_work	0.19196	-	-	-
obs	0.19421	12752	97.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.254 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1485	0	66	108	1659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.195	2.023	2209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.725	3	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.992	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.51	25.357	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.925	15	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.021	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.078	0.2	975
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.108	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.099	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.143	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.407	1.5	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.095	1.5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.583	2	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.03	3	658
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.586	4.5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	39	-
R_work	0.232	851	-
obs	-	-	89.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5357	-0.1631	-0.5627	3.1042	2.5941	7.4063	0.067	-0.1007	-0.1175	0.2228	0.0563	0.1389	0.1002	-0.3096	-0.1233	-0.1211	0.0122	0.033	-0.1265	0.0176	-0.0275	19.7111	17.8668	22.7339
2	4.9023	1.1449	-2.1399	8.059	0.5444	2.6071	-0.0292	-0.2562	0.1489	0.2231	-0.0265	0.0252	-0.0606	-0.0652	0.0557	-0.0925	0.0191	-0.0035	-0.0555	-0.0218	-0.1079	20.9231	26.255	28.5374
3	9.0425	-0.3362	0.398	4.1129	-1.7865	2.7744	0.0167	0.1538	-0.4038	-0.2425	0.0386	0.2767	0.0465	-0.0837	-0.0552	-0.1171	0.0186	-0.0025	-0.1536	0.0032	-0.0712	12.8138	26.6791	17.3811
4	3.1845	2.596	-0.1788	4.8042	1.1335	0.6189	0.0019	-0.105	-0.071	-0.1028	-0.1243	-0.0885	-0.1906	-0.0515	0.1225	-0.136	0.0257	-0.0121	-0.1526	0.0021	-0.1223	27.8632	28.2286	18.543
5	40.6312	-5.6535	17.7529	1.4676	0.1346	17.721	0.3184	0.8964	-1.1325	0.1772	-0.049	0.5007	-0.2945	0.2411	-0.2693	-0.1038	-0.0595	0.0462	0.0106	0.0182	0.1424	2.2295	21.7447	16.8119
6	9.7723	3.4865	-6.5872	8.2437	-0.3437	10.0155	-0.2627	-0.3496	0.0139	0.0623	0.171	-0.5348	0.2994	0.4976	0.0917	-0.1187	0.0181	-0.0547	-0.1212	0.0126	-0.0557	38.9757	30.6309	23.7779
7	24.3215	1.2969	-5.4924	1.4168	-2.4068	4.5563	-0.0706	0.5925	-0.1602	-0.2738	-0.1023	1.1027	0.3128	-0.5622	0.1729	-0.0464	0.0163	-0.0368	0.0803	0.1166	0.068	0.7793	34.2253	12.8296
8	11.4769	-1.5308	-3.8577	9.0707	4.2183	7.8957	-0.0677	-0.293	0.1428	-0.2497	0.4096	-0.7905	-0.2816	0.7397	-0.3419	-0.0677	-0.0248	0.004	-0.0324	0.0008	-0.0463	40.1308	30.88	10.3175
9	21.1505	-3.5447	-4.0477	5.447	-0.1777	5.616	-0.0935	0.2184	0.0943	-0.3124	0.0558	0.3855	0.0087	-0.2508	0.0377	-0.113	-0.0004	-0.0046	-0.1453	-0.0042	-0.0801	13.4401	38.9858	10.7745
10	24.7286	-5.6455	-3.7526	2.8229	0.3536	3.8491	0.2461	0.9677	-0.1418	-0.2869	-0.1921	-0.1552	-0.2653	-0.099	-0.054	-0.022	0.0033	0.0394	-0.1099	0.0047	-0.0998	28.1551	30.5961	4.0981
11	2.9858	-1.5934	2.6754	7.2171	-3.7394	3.2366	0.084	0.3222	-0.2173	-0.4336	0.1021	0.464	0.1079	0.3217	-0.1861	-0.1141	0.0163	-0.0623	-0.0639	0.0272	-0.0393	10.8149	28.9968	11.5777
12	1.7733	0.1223	1.9878	5.4151	0.6289	2.2731	0.1121	-0.0732	0.1678	-0.0785	-0.0396	0.1572	-0.3984	0.1649	-0.0725	-0.1496	0.0052	0.023	-0.1129	0.0235	-0.1279	29.9102	32.7827	14.2687
13	1.8393	-2.131	-1.0155	2.473	1.0018	7.9833	-0.1622	-0.5732	0.0829	-0.1572	0.3299	0.5062	0.1593	-0.3265	-0.1677	-0.1109	0.0402	0.0396	-0.0826	0.0171	-0.0279	11.6086	28.691	25.879
14	3.8713	2.1566	-1.6954	4.9467	-0.0059	0.9777	0.0198	0.0351	-0.1689	0.1895	-0.0975	-0.3387	-0.0447	0.0674	0.0777	-0.1271	0.0197	-0.0007	-0.1641	0.0118	-0.1073	29.158	19.5799	19.6351
15	13.3421	9.1435	-12.6576	17.4415	-16.9603	18.1518	0.4144	-0.8286	0.8646	0.3152	0.2529	-0.0926	-0.6277	0.037	-0.6673	-0.128	0.0118	0.0644	-0.0457	0.004	0.1046	1.3487	36.0589	19.9303
16	2.1612	-6.2926	5.7595	21.8811	-21.8873	22.7071	0.5156	0.1366	-0.2459	-0.5311	-0.3623	-0.5012	0.227	0.5597	-0.1533	-0.1668	0.0037	0.0943	-0.048	-0.0451	0.0263	39.6004	22.8625	10.64
17	40.0317	-34.7964	22.7091	52.6528	-13.2638	14.7537	0.2889	1.6457	-0.1404	0.5148	-0.5657	-0.4421	0.796	0.7303	0.2767	-0.0129	0.0541	0.0011	0.0416	0.009	-0.0848	3.2833	22.9232	23.1777
18	18.3835	7.1101	-23.9711	6.6117	-3.4036	40.1723	0.0798	-0.1775	0.4848	0.1379	0.2977	-0.2443	0.4535	-0.4443	-0.3775	-0.1041	0.0098	-0.0318	-0.1142	0.001	-0.0337	37.2139	24.3207	24.0085
19	2.1701	-3.0043	-0.475	5.1068	1.7603	1.3871	0.1089	-0.2992	-0.0353	0.5655	0.2933	0.4232	-0.0544	-0.1583	-0.4022	-0.127	0.0106	0.0134	0.0055	0.027	0.0915	4.4247	29.8441	23.2689
20	6.2332	-0.8403	1.9817	4.4812	1.0645	4.8417	-0.0756	-0.0045	-0.1022	-0.0574	-0.1229	-0.1768	0.3138	0.245	0.1985	-0.173	-0.0164	0.0423	-0.1776	0.0071	-0.0555	36.1929	21.792	17.5286
21	7.0221	-1.2493	-4.9878	2.9298	2.5913	4.6153	0.231	0.0025	-0.3265	-0.0772	-0.2349	0.0716	0.0748	-0.4189	0.0039	-0.0989	0.0192	-0.0597	-0.1466	0.0426	-0.0628	20.3669	29.8624	12.8439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	A	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	A	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	B	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	A	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	B	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	A	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	B	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	A	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	B	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	A	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	B	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	A	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	B	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	A	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	201

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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