PDB-2q1e: Altered dimer interface decreases stability in an amyloidogenic k...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q1e

タイトル

Altered dimer interface decreases stability in an amyloidogenic kappa1 Bence Jones protein.

要素

Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-09

キーワード

PROTEIN FIBRIL / AL / light chain amyloidosis / amyloid / immunoglobulin / light chain / light chain variable domain

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Thompson, J.R. / Ramirez-Alvarado, M. / Baden, E.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Altered dimer interface decreases stability in an amyloidogenic protein.
著者: Baden, E.M. / Owen, B.A. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Ramirez-Alvarado, M. / Thompson, J.R.

履歴

登録	2007年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

sequence The sequence is not available in the UniProt database at the time of processing.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q1e.cif.gz	106.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q1e.ent.gz	84.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q1e_validation.pdf.gz	430.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q1e_full_validation.pdf.gz	437 KB	表示
XML形式データ	2q1e_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	2q1e_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/2q1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/2q1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q20C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r8m-d 2l29-d 4c84-d 3w9f-3 3jxj-2 1z7u-d 5cbo-11 3w9g-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-09

B: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-09

C: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-09

D: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-09

ヘテロ分子

47.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-09

B: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-09

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-09

D: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-09

登録者が定義した集合体
23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.054, 176.054, 176.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-501- SO4
2	1	A-501- SO4
3	1	A-270- HOH
4	1	D-258- HOH

#1: 抗体	Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-09 分子量: 11956.148 Da / 分子数: 4 / 変異: S30N, N34I, K42Q, N53T, D70E, I83L, Y87H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: mutant of Vk1 O18/O8 germline / プラスミド: pET12a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: A2NI60
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.11 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Mother Liquor: 15-30% (w/v) PEG 4K, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M TRIS pH 7.9-8.9. Protein: 890 micromolar in 10 mM TRIS, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0718 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月7日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→176 Å / Num. all: 29819 / Num. obs: 29819 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 98.7 % / B_iso Wilson estimate: 50.3 Å² / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 82.5
反射シェル	解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 68.3 % / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique all: 2094 / R_sym value: 0.47 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Vk1 O18/O8 germline variable light chain domain monomer

解像度: 2.55→35.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 10.919 / SU ML: 0.132 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20601	529	1.7 %	RANDOM
R_work	0.16547	-	-	-
obs	0.1662	29819	97.73 %	-
all	-	29819	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.458 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→35.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3490	0	5	443	3938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.832	1.961	4898
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.292	3.003	5774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.026	5	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.93	25.949	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.465	15	585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.731	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4081
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	671
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.055	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.344	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.235	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.829	1.5	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.172	1.5	906
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.161	2	3689
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.145	3	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.316	4.5	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	39	-
R_work	0.242	2094	-
obs	-	-	95.44 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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