PDB-2pzi: Crystal Structure of Protein kinase PknG from Mycobacterium tuber...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pzi

タイトル

Crystal Structure of Protein kinase PknG from Mycobacterium tuberculosis in Complex with Tetrahydrobenzothiophene AX20017

要素

Probable serine/threonine-protein kinase pknG

キーワード

TRANSFERASE / Serine/Threonine-Protein Kinase / ATP-recognition / Kinase-inhibitor complex / Rubredoxin fold / TPR domain

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host signal transduction pathway / symbiont-mediated perturbation of host defenses / glutamine catabolic process / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / glutamate catabolic process / evasion of host immune response / : / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / response to antibiotic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Honnappa, S. / Steinmetz, M.O.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural basis for the specific inhibition of protein kinase G, a virulence factor of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Scherr, N. / Honnappa, S. / Kunz, G. / Mueller, P. / Jayachandran, R. / Winkler, F. / Pieters, J. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2007年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2pzi.ent.gz	214.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pzi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pzi_validation.pdf.gz	1018.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pzi_full_validation.pdf.gz	1009.2 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/2pzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/2pzi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1atp 1o6y 2fum
類似構造データ	5iwp-d 4zso-1 5iwt-d 6cw2-d 1ile-d 1jzs-d 3lqa-d 5iwr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable serine/threonine-protein kinase pknG

B: Probable serine/threonine-protein kinase pknG

ヘテロ分子

150 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Probable serine/threonine-protein kinase pknG

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Probable serine/threonine-protein kinase pknG

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
74.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.553, 122.553, 243.749
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Probable serine/threonine-protein kinase pknG 分子量: 74182.984 Da / 分子数: 2 / 断片: PknG, Residues 73-750 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC25618 / 遺伝子: pknG / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P65728, UniProt: P9WI73*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase

#1: タンパク質

Probable serine/threonine-protein kinase pknG

分子量: 74182.984 Da / 分子数: 2 / 断片: PknG, Residues 73-750 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC25618 / 遺伝子: pknG / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P65728, UniProt: P9WI73*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 307分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-AXX / 2-[(CYCLOPROPYLCARBONYL)AMINO]-4,5,6,7-TETRAHYDRO-1-BENZOTHIOPHENE-3-CARBOXAMIDE / AX-20017 分子量: 264.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₆N₂O₂S
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1M Sodium Citrate, 0.2M Sodium Chloride, 1M Ammonium phosphate, 0.01M Cadmium Chloride , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.008503 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月27日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.008503 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→106 Å / Num. all: 80540 / Num. obs: 80540 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.4→2.42 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→106 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 13.871 / SU ML: 0.168 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23339	4045	5 %	RANDOM
R_work	0.1831	-	-	-
all	0.18555	76493	-	-
obs	0.18555	76493	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.621 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→106 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9975	0	75	296	10346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	10256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.394	1.98	13956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.771	5	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.651	23.052	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.866	15	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.766	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	6987
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.171	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.11	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.191	2	6584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.482	3	10406
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.787	4.5	4083
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.726	6	3544

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	292	-
R_work	0.25	5629	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.791	0.6045	-0.2327	1.7866	0.1062	1.5794	0.0258	-0.0574	0.0488	0.0838	-0.0153	0.0768	0.0668	-0.0751	-0.0105	0.152	-0.044	0.031	0.1529	0.0809	0.0937	19.5399	-14.2571	-10.1267
2	0.7186	1.2769	1.4468	8.4547	4.4891	5.1414	0.0982	0.0167	-0.2689	0.2321	0.0349	-0.6486	0.2805	0.3289	-0.1331	0.1499	-0.0576	-0.0355	0.1645	0.0456	0.1168	32.8578	-18.1186	-7.0127
3	0.5809	0.3611	-0.1778	2.3968	0.5119	0.7127	0.0638	-0.0754	0.0102	0.1574	-0.0615	0.1564	0.0672	-0.1206	-0.0023	0.1547	-0.0604	-0.0019	0.1838	0.0104	0.0763	29.0197	-4.264	-6.0253
4	1.4836	0.4243	-0.14	2.7506	1.083	2.522	-0.0161	0.1831	0.0323	-0.2586	0.0438	0.1252	-0.0557	-0.1162	-0.0277	0.1688	-0.0609	-0.0143	0.2094	0.0536	0.1213	32.2413	9.1389	-14.4526
5	0.3405	-1.4028	-0.3288	6.7414	2.2522	1.155	0.0771	-0.028	0.029	-0.151	-0.0498	0.3412	-0.2547	-0.108	-0.0273	0.1308	-0.0034	0.0797	0.0579	0.0365	0.1294	44.2921	43.467	0.1945
6	1.5168	0.1681	-0.0826	1.6824	0.3001	3.035	0.0002	0.0695	-0.0249	0.1274	-0.0065	-0.0152	-0.0478	0.0052	0.0063	0.1256	-0.0324	0.0272	0.1118	0.0368	0.1592	54.6791	28.8486	-4.457
7	3.234	1.9398	1.2067	2.7509	0.0609	1.6313	-0.006	0.4159	-0.1298	-0.2823	0.1427	-0.5267	0.1136	0.3235	-0.1367	0.1669	-0.0096	0.0634	0.151	0.0463	0.1403	64.0678	28.0063	-11.564
8	1.214	0.0096	-0.1289	1.6557	0.7422	1.9206	-0.0042	0.1554	0.1479	-0.0806	-0.028	0.291	-0.1213	-0.2643	0.0322	0.131	0.0085	0.0121	0.1007	0.0701	0.1171	39.6922	32.7768	-7.3256
9	3.9627	-1.4422	-2.2724	3.3724	0.871	4.0804	-0.2553	-0.0182	-0.1402	-0.103	0.0592	0.8671	0.1155	-0.2713	0.1961	0.057	0.0329	0.08	0.0633	0.0665	0.2867	27.5576	56.1421	11.2936
10	12.8256	-6.5127	-6.7893	10.2882	4.9183	12.5551	-0.0014	-0.4314	0.6903	-0.3262	0.6289	-0.4211	-0.6348	1.2741	-0.6275	0.08	-0.0622	0.0093	0.2164	-0.0762	0.0667	40.5243	69.2184	10.0532
11	2.3404	-3.3545	1.5639	6.5932	-1.2862	1.5562	0.5322	0.5609	0.1506	-0.9733	-0.8057	-0.3683	0.1991	0.5846	0.2735	0.1903	0.0776	0.238	0.3141	0.1899	0.1602	98.2154	0.0969	11.1534
12	6.6011	2.1133	-3.76	5.9595	1.8538	10.6881	-0.2529	0.3174	0.5032	0.0733	0.2349	-0.2954	-0.6164	0.4903	0.018	0.1817	0.0689	-0.0563	0.06	0.0094	0.0287	101.8492	-2.1693	41.2053
13	4.4583	0.5564	-0.5903	2.1802	-0.6002	3.5669	-0.163	-0.0341	-0.208	-0.0374	-0.0395	0.0121	0.1733	0.1687	0.2026	0.1531	0.0705	0.1136	0.063	0.066	0.1109	94.3978	-15.4582	25.9065
14	1.0103	-0.317	0.1739	3.1093	-0.8179	1.4495	-0.0194	0.0909	-0.0467	-0.071	-0.1438	-0.14	0.1381	0.1894	0.1632	0.1602	0.0555	0.0549	0.1853	0.0937	0.1426	86.4533	-3.047	21.2648
15	0.0559	-0.4539	1.1528	3.6883	-9.3669	23.7885	-0.03	0.5272	0.6373	0.7383	-0.4064	0.584	1.5959	0.8175	0.4364	0.1249	0.0779	0.0544	0.1649	0.3417	0.2762	84.8591	4.2195	34.949
16	1.9441	0.2611	-0.8566	2.3984	-1.5406	3.3664	0.0434	-0.1847	0.13	0.3515	-0.2101	-0.2273	-0.3075	0.3597	0.1666	0.1803	-0.0087	-0.0437	0.1224	0.0731	0.1477	84.9894	17.4887	23.9068
17	1.7825	-0.2929	0.3725	1.057	-0.2363	1.6666	-0.0395	-0.1373	0.1563	0.2203	0.0012	0.0275	-0.1622	-0.0667	0.0382	0.225	0.0129	0.0125	0.035	0.0236	0.1085	63.69	33.187	15.881
18	0.8804	1.2206	-1.4841	3.993	-3.3468	3.5934	0.0833	-0.0275	0.0992	0.1824	-0.3259	-0.1746	-0.2298	0.5322	0.2426	0.0937	-0.06	-0.0755	0.127	0.1462	0.1825	84.5227	47.7531	-4.342
19	21.4512	3.6185	-0.1455	4.2759	-3.4611	4.8535	0.5281	-0.6986	0.8663	0.7844	-0.5361	0.3181	-0.7652	0.0233	0.008	0.141	-0.0699	0.0118	0.1324	0.1202	0.1226	80.7576	64.3282	-14.2417
20	1.4024	-0.9464	-0.469	4.3015	-4.2314	5.8038	-0.1682	0.6821	-0.3321	-0.7743	-0.0676	0.0596	0.7611	-0.3309	0.2359	0.1185	-0.0378	0.0604	0.2816	0.0495	0.0601	74.4402	75.8147	7.8415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	69 - 197	1 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	198 - 222	129 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	223 - 298	154 - 229
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	299 - 410	230 - 341
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	411 - 440	342 - 371
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	441 - 473	372 - 404
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	474 - 530	405 - 461
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	531 - 639	462 - 570
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	640 - 714	571 - 645
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	715 - 746	646 - 677
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	69 - 99	1 - 31
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	100 - 135	32 - 66
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	136 - 198	67 - 129
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	199 - 302	130 - 233
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	303 - 314	234 - 245
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	315 - 408	246 - 339
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	409 - 591	340 - 522
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	592 - 705	523 - 636
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	706 - 729	637 - 660
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	730 - 745	661 - 676

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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