PDB-2psu: Crystal Structure of wild type HIV-1 protease in complex with CAR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2psu

タイトル

Crystal Structure of wild type HIV-1 protease in complex with CARB-AD37

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / Drug design / HIV-1 protease / protease inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2007
タイトル: Design of Mutation-resistant HIV Protease Inhibitors with the Substrate Envelope Hypothesis.
著者: Chellappan, S. / Kiran Kumar Reddy, G.S. / Ali, A. / Nalam, M.N. / Anjum, S.G. / Cao, H. / Kairys, V. / Fernandes, M.X. / Altman, M.D. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2007年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2psu.cif.gz	58.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2psu.ent.gz	43.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2psu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2psu_validation.pdf.gz	774.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2psu_full_validation.pdf.gz	775.5 KB	表示
XML形式データ	2psu_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	2psu_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2psu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2psvC 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mt7-d 4u7v-d 3em3-d 1n49-1 3gi4-d 5kr1-d 3sa3-d 2f3k-d 1f7a-d 3oxx-2 2z54-d 6oxw-d 6pjo-d 3tlh-1 6pjg-d 1mt9-d 6mkl-d 1kjf-d 2nxl-d 3sa4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.647, 57.638, 61.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: O38723*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-MUU / N-[(1S,2R)-1-BENZYL-3-{(CYCLOPROPYLMETHYL)[(3-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}-2-HYDROXYPROPYL]-N'-METHYLSUCCINAMIDE 分子量: 517.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₅N₃O₆S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Sodium Phosphate, 63mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月29日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 14044 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_sym value: 6.5 / Net I/σ(I): 8.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F7A

1f7a

解像度: 1.93→42.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.109 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19839	701	5 %	RANDOM
R_work	0.16058	-	-	-
all	0.16241	-	-	-
obs	0.16241	13301	99.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.387 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→42.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1486	0	64	165	1715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.221	2.02	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.838	3	3550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.24	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.266	24.909	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.148	15	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.979	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.176	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.108	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.17	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.494	1.5	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.111	1.5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.705	2	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.06	3	650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.627	4.5	562

LS精密化シェル

解像度: 1.93→1.981 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	46	-
R_work	0.211	877	-
obs	-	-	91.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9786	-0.7627	0.0593	6.6968	1.7009	2.813	-0.0963	-0.3074	0.1088	0.2268	0.0084	0.0423	-0.0592	-0.011	0.0879	-0.0565	0.0473	-0.0024	-0.0282	0.0015	-0.1625	21.1079	25.7855	29.3929
2	4.5395	-2.6253	0.0627	2.8665	0.333	6.1451	-0.0691	-0.0218	-0.4245	0.0901	0.2009	0.1115	0.1662	-0.1278	-0.1317	-0.0795	-0.0065	0.0272	-0.1186	0.0354	-0.0553	19.6841	17.6544	23.2543
3	2.9739	1.9387	0.5218	4.2897	-0.9102	1.6035	0.0459	0.0765	-0.0357	0.072	-0.0364	-0.0137	-0.1575	-0.0702	-0.0096	-0.0611	0.0206	-0.0025	-0.0829	0.0057	-0.0777	27.6503	28.2569	18.9958
4	4.4443	-0.8847	1.1612	3.4116	0.2974	1.6722	0.1787	-0.1291	-0.145	-0.0446	-0.1074	0.1612	0.0036	-0.0431	-0.0713	-0.0532	0.0109	0.0147	-0.0756	0.0196	-0.0802	12.7259	26.6776	18.7091
5	9.2409	7.47	-2.0986	11.4082	-3.0685	11.1018	0.0001	-0.1912	-0.2766	0.3346	-0.3348	-1.2446	-0.0957	0.6701	0.3347	-0.1029	0.003	-0.0999	-0.1331	0.1053	0.0777	39.0499	30.342	23.817
6	3.8587	-1.3112	-2.1152	10.3858	-5.9688	17.6234	0.6041	0.27	-0.229	-0.042	0.1568	1.2841	-0.1766	-1.4168	-0.7609	-0.1125	-0.0196	0.0042	0.0042	0.0334	0.1327	1.7288	21.6582	18.3935
7	6.9009	-1.0698	0.6763	3.874	3.2215	5.6066	0.044	0.0684	0.1791	-0.1318	0.0889	-0.2576	-0.2296	0.3549	-0.1329	-0.0728	-0.0227	0.0109	-0.0661	0.05	-0.0648	39.4364	31.065	10.4779
8	8.6646	-0.9342	1.1744	3.5493	1.1685	4.5959	0.3019	0.1251	-0.2749	-0.2541	-0.0721	0.336	0.1814	-0.481	-0.2298	-0.109	-0.0271	-0.001	-0.0351	0.0912	-0.0821	0.4183	33.9482	13.674
9	14.0933	-1.6504	-2.6656	0.8073	-0.179	4.1404	-0.1572	0.0559	-0.04	-0.1546	0.0692	0.1283	-0.0939	0.0606	0.088	-0.0538	0.0069	0.0034	-0.0847	-0.004	-0.0822	27.1196	30.6353	4.7572
10	7.5557	-3.2169	-0.6519	4.2409	-0.7871	0.451	0.0812	0.1148	0.1264	-0.0383	0.0514	0.0548	0.0457	-0.0272	-0.1325	-0.0556	0.004	0.0045	-0.0575	0.0092	-0.0927	12.9763	38.7598	11.6283
11	0.678	-0.6869	-1.4647	2.7883	-0.784	5.6223	0.0689	0.0477	0.0486	0.0127	0.0244	0.264	-0.3423	-0.081	-0.0933	-0.0669	-0.0059	-0.0058	-0.0356	0.0251	-0.0345	29.2339	32.733	14.7251
12	6.9205	-3.3579	3.7893	8.0767	-2.79	2.2152	0.2914	0.3875	-0.2827	-0.252	-0.0744	0.1525	0.2572	-0.0243	-0.2171	-0.0659	0.0092	-0.0152	-0.0733	0.0077	-0.086	10.4148	29.1024	12.8263
13	0.6493	-1.5165	-0.3295	3.6552	1.2326	2.0619	0.0179	0.0471	-0.1683	0.054	-0.0359	-0.16	-0.1022	0.0096	0.018	-0.0513	-0.0042	-0.0023	-0.049	0.0131	0.0034	28.8991	19.6017	19.715
14	5.9818	-1.3322	-6.9091	1.8529	0.5531	8.6043	-0.3075	-0.4892	-0.0475	0.0243	0.3893	0.2953	0.0718	0.1039	-0.0818	-0.0295	0.0329	0.0059	-0.0005	0.023	-0.0505	11.8068	28.6083	27.1633
15	3.247	-0.9763	3.2311	13.9637	-12.4085	20.9024	0.0706	0.3811	-0.7554	-0.3901	-0.5889	-0.0592	0.5155	0.828	0.5183	-0.1496	0.0637	0.0824	-0.0562	0.0196	-0.0027	38.9975	23.0872	10.488
16	11.3412	10.0732	-6.0712	12.7592	-13.8278	21.9153	0.5144	-0.2276	0.6364	0.5759	0.3024	0.6024	-0.8097	-0.3535	-0.8168	-0.1411	0.0831	0.0408	-0.1026	0.0617	0.0228	1.475	36.345	21.2154
17	14.3321	-2.4181	-11.2897	8.3297	0.6616	26.56	0.068	0.1159	1.1088	0.333	0.2255	-0.2754	0.1805	-0.0087	-0.2935	-0.1471	-0.0492	-0.0965	-0.1526	0.0336	-0.0094	37.083	24.2621	23.8376
18	16.3431	-8.0836	1.6065	7.5316	2.1117	9.8516	-0.0747	1.0461	0.0918	0.6397	-0.3483	-0.411	0.5489	0.297	0.423	-0.1034	0.0175	0.045	0.0009	0.0798	-0.0114	3.443	23.3932	24.4312
19	0.5293	0.9547	-0.413	3.0839	-1.5153	4.6618	-0.0072	0.0176	-0.1379	-0.0461	-0.143	-0.2429	-0.001	0.2278	0.1502	-0.1222	0.0129	0.0202	-0.0523	0.0254	-0.0058	35.7995	21.843	17.4746
20	2.8295	4.8396	-5.7142	11.9087	-10.7275	11.7906	-0.0112	-0.13	0.2499	-0.1735	0.222	0.5758	0.2605	0.1163	-0.2108	-0.0958	0.0284	-0.0236	-0.0438	0.0392	-0.0233	4.3382	29.526	24.9781
21	0.098	-0.1825	0.2741	4.6844	-8.4627	15.3224	0.3147	-0.0454	0.0544	0.1305	-0.0446	-0.1222	0.6114	0.3146	-0.27	-0.1148	0.0164	-0.0192	-0.1129	0.0005	-0.0963	19.504	30.3856	14.2304

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	200

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)