PDB-2pso: Human StarD13 (DLC2) lipid transfer and protein localization domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pso

タイトル

Human StarD13 (DLC2) lipid transfer and protein localization domain

要素

StAR-related lipid transfer protein 13

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha and beta protein / lipid binding / helix swapping / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

endothelial tube lumen extension / regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / endothelial cell migration / lipid droplet ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Lehtio, L. / Busam, R. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Comparative structural analysis of lipid binding START domains.
著者: Thorsell, A.G. / Lee, W.H. / Persson, C. / Siponen, M.I. / Nilsson, M. / Busam, R.D. / Kotenyova, T. / Schuler, H. / Lehtio, L.

履歴

登録	2007年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2pso.ent.gz	99.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pso_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pso_full_validation.pdf.gz	461.5 KB	表示
XML形式データ	2pso_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	2pso_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2pso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/2pso	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2r55C 3fo5C 3p0lC 1jssS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1bxl-d 2ful-5 5v45-2 1sou-d 5dcx-2 2rr3-d 5uch-3 2d7c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (4) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: StAR-related lipid transfer protein 13

B: StAR-related lipid transfer protein 13

C: StAR-related lipid transfer protein 13

80.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: StAR-related lipid transfer protein 13

登録者が定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
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2

B: StAR-related lipid transfer protein 13

登録者が定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
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3

C: StAR-related lipid transfer protein 13

登録者が定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.240, 78.240, 212.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

詳細

each monomers represents biological unit

#1: タンパク質	StAR-related lipid transfer protein 13 / StARD13 / START domain-containing protein 13 / 46H23.2 / Deleted in liver cancer protein 2 / Rho ...StARD13 / START domain-containing protein 13 / 46H23.2 / Deleted in liver cancer protein 2 / Rho GTPase-activating protein 分子量: 26957.654 Da / 分子数: 3 / 断片: START domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STARD13, DLC2, GT650 / プラスミド: pNIC-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y3M8

#1: タンパク質

StAR-related lipid transfer protein 13 / StARD13 / START domain-containing protein 13 / 46H23.2 / Deleted in liver cancer protein 2 / Rho ...

分子量: 26957.654 Da / 分子数: 3 / 断片: START domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STARD13, DLC2, GT650 / プラスミド: pNIC-BSA4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y3M8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20 % MPD, 100 mM Tris-HCl, 125 mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.03992 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111), Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03992 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 31213 / Num. obs: 31213 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 86.7 Å² / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 16.69
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / Num. unique all: 3157 / R_sym value: 0.554 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0032	精密化
ProDC		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1JSS

1jss

解像度: 2.8→19.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 25.808 / SU ML: 0.229 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Phenix program has also been used in refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24446	1572	5 %	RANDOM
R_work	0.20973	-	-	-
all	0.2115	29640	-	-
obs	0.2115	29640	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.487 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4477	0	0	0	4477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	4585
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.454	1.938	6251
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.333	5	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.424	23.795	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.139	15	716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.411	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.15	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.332	0.5	3024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.3	207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.197	0.3	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.406	2	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.943	3	4647
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.214	2	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.361	3	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	96	-
R_work	0.304	2191	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.28	2.7442	0.6307	3.381	0.3368	2.4533	-0.2758	0.5595	0.0212	-0.3663	-0.1196	0.5977	1.4724	-0.8389	0.3954	1.0291	0.041	0.002	0.4852	0.1307	0.1802	31.3401	4.4918	-30.0522
2	0.4193	0.0305	-0.2441	2.9075	-1.2681	2.5195	-0.0083	-0.1369	-0.0157	-0.3323	-0.0554	-0.0277	-0.1033	-0.1516	0.0637	0.4941	0.0656	-0.0388	0.3428	-0.0096	0.3148	32.8212	-9.8153	-0.6681
3	2.4984	2.2177	1.311	2.9896	0.906	3.1555	-0.0714	0.0044	0.2193	-0.5049	-0.1667	0.1249	0.0941	-0.0204	0.2381	0.4982	0.0878	-0.0781	0.3314	-0.042	0.3417	30.2062	-17.7231	1.7226
4	2.1291	2.5459	1.928	3.9705	0.9621	3.6943	0.1688	-0.1993	0.1722	-1.1385	0.188	0.2871	-0.7465	-0.3502	-0.3568	0.8608	0.2205	-0.1964	0.412	0.0632	0.3746	27.4291	-9.4067	-8.7337
5	4.6231	-0.0512	6.6946	0.6574	-1.539	12.9607	-0.4042	-0.2421	0.4177	0.074	0.0334	-0.0098	-0.768	-0.6328	0.3707	0.6406	0.0184	-0.1218	0.3187	0.0065	0.3224	30.6489	-2.2835	3.5878
6	15.4305	-11.9186	-6.8956	13.6076	7.0026	9.0849	-0.6	0.0896	-0.8612	-0.3817	0.4299	0.9759	0.6177	0.1223	0.1701	0.4429	-0.2142	-0.1405	0.5178	-0.1522	0.3182	56.1676	-43.7335	47.98
7	0.708	-0.1915	1.5367	0.1277	-0.6321	3.9526	-0.1076	-0.0759	-0.0203	0.0233	-0.0389	0.0348	-0.5133	0.2044	0.1465	0.4453	0.0075	-0.0185	0.5159	0.0103	0.3539	41.2289	-18.094	31.9452
8	1.7331	1.4404	0.8372	2.0393	0.5705	3.4128	-0.0893	-0.2835	-0.0998	0.0317	-0.0292	0.0196	-0.2661	-0.2629	0.1185	0.4243	0.1029	0.0013	0.5132	0.0088	0.264	34.5472	-19.0197	29.7039
9	1.1766	0.0329	0.771	0.6641	-0.4226	3.094	0.1346	-0.4079	-0.3371	0.4193	-0.3569	-0.0934	-0.0506	0.4707	0.2222	0.3809	-0.0094	-0.0398	0.617	0.0299	0.3246	43.6615	-25.0672	33.5402
10	0.9944	-0.267	-0.1133	16.8061	-0.7453	0.0489	-0.3497	0.2034	0.1283	-0.4453	0.3457	-0.5806	-0.0106	1.2131	0.004	0.532	-0.2311	-0.0562	0.6577	0.0568	0.3145	50.4641	-15.9608	29.2199
11	4.1272	-10.0268	-2.0744	24.3592	5.0397	1.0427	1.6212	-0.6673	-1.8282	3.0452	-0.2216	2.5824	2.1746	-2.7484	-1.3996	0.9951	-0.6389	-0.0549	1.3645	-0.0195	0.1614	34.0322	-15.7089	47.1187
12	5.1909	4.1767	-1.1712	3.3663	-1.002	0.8848	0.0702	-0.2021	0.2166	0.4763	0.0313	0.2073	-0.0819	-0.2827	-0.1015	0.3833	0.1015	0.0696	0.7238	-0.0336	0.2414	21.4465	-26.8491	34.4606
13	7.4186	-0.0909	-0.7151	2.3976	0.4663	5.5251	-0.4174	1.0655	-1.601	-0.0559	0.1271	-0.1112	0.5815	-0.0034	0.2903	0.2731	-0.1371	0.1949	0.5269	-0.3852	0.4553	10.8022	-47.4313	29.5776
14	7.6554	2.6411	-5.2563	1.3231	-2.3167	8.4231	-0.6536	0.6157	-1.0209	-0.0444	0.3215	-0.3709	0.508	-0.3109	0.3321	0.342	-0.0821	0.1267	0.6674	-0.2457	0.3577	6.562	-42.8228	33.1479
15	7.1166	0.9806	-1.4713	1.7136	-0.107	0.9716	0.1415	0.1503	-0.8091	0.3056	-0.2909	-0.4529	0.0562	-0.4658	0.1494	0.3105	-0.0621	0.0855	0.5852	-0.0621	0.3348	19.7944	-40.6729	34.66

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	908 - 923	32 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	924 - 991	48 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	992 - 1064	116 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	1065 - 1084	189 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	1085 - 1104	209 - 228
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	907 - 923	31 - 47
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	924 - 1002	48 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	1003 - 1059	127 - 183
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	1060 - 1084	184 - 208
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	1085 - 1104	209 - 228
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	909 - 917	33 - 41
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	918 - 950	42 - 74
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	C	951 - 1025	75 - 149
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	C	1026 - 1064	150 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	C	1065 - 1102	189 - 226

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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