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- PDB-1bxl: STRUCTURE OF BCL-XL/BAK PEPTIDE COMPLEX, NMR, MINIMIZED AVERAGE S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bxl
タイトルSTRUCTURE OF BCL-XL/BAK PEPTIDE COMPLEX, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素
  • BAK PEPTIDE
  • BCL-XL
キーワードCOMPLEX (APOPTOSIS/PEPTIDE) / APOPTOSIS / ALTERNATIVE SPLICING / COMPLEX (APOPTOSIS-PEPTIDE) / COMPLEX (APOPTOSIS-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mononuclear cell proliferation / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / apoptotic mitochondrial changes / porin activity / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to alkaloid / thymocyte apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / germ cell development / BH3 domain binding / B cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / negative regulation of anoikis / blood vessel remodeling / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Pyroptosis / cellular response to unfolded protein / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / animal organ regeneration / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / response to cytokine / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / response to gamma radiation / establishment of localization in cell / cellular response to amino acid stimulus / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to gamma radiation / : / response to hydrogen peroxide / synaptic vesicle membrane / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / endocytosis / male gonad development / RAS processing / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / spermatogenesis / nuclear membrane / defense response to virus
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1 / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR
データ登録者Sattler, M. / Liang, H. / Nettesheim, D. / Meadows, R.P. / Harlan, J.E. / Eberstadt, M. / Yoon, H. / Shuker, S.B. / Chang, B.S. / Minn, A.J. ...Sattler, M. / Liang, H. / Nettesheim, D. / Meadows, R.P. / Harlan, J.E. / Eberstadt, M. / Yoon, H. / Shuker, S.B. / Chang, B.S. / Minn, A.J. / Thompson, C.B. / Fesik, S.W.
引用ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Structure of Bcl-xL-Bak peptide complex: recognition between regulators of apoptosis.
著者: Sattler, M. / Liang, H. / Nettesheim, D. / Meadows, R.P. / Harlan, J.E. / Eberstadt, M. / Yoon, H.S. / Shuker, S.B. / Chang, B.S. / Minn, A.J. / Thompson, C.B. / Fesik, S.W.
履歴
登録1996年10月16日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-XL
B: BAK PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6062
ポリマ－26,6062
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 BCL-XL


分子量: 24879.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: HMS174 (DE3) / プラスミド: PET29B
遺伝子 (発現宿主): HUMAN BCL-XL, RESIDUES 1-44, 85-205, DELETION MUTANT LACKING A FLEXIBLE LOOP (RESIDUES 45-84) AND THE C-TERMINAL HYDROPHOBIC REGION, WITH A C-TERMINAL HIS-TAG
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド BAK PEPTIDE


分子量: 1726.934 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 572 - 587 OF BAK PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: Q16611

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NMR SPECTRA WERE RECORDED ON 1-3 MM SOLUTIONS OF BCL-XL COMPLEXED WITH A BAK PEPTIDE IN 10 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.5) AT 303K.

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試料調製

試料状態温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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