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- PDB-1b12: CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b12
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR
要素SIGNAL PEPTIDASE I
キーワードHYDROLASE / SERINE PROTEINASE / SERINE-DEPENDANT HYDROLASE / SIGNAL PEPTIDE PROCESSING / PROTEIN TRANSLOCATION / MEMBRANE BOUND PROTEINASE / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


signal peptidase I / signal peptidase activity / : / Secretion of toxins / protein processing / peptidase activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 / Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 - #10 / Signal peptidase I, all-beta subdomain / Peptidase S26A, signal peptidase I, lysine active site / Signal peptidases I lysine active site. / Peptidase S26A, signal peptidase I / Signal peptidase, peptidase S26 / Peptidase S26A, signal peptidase I, conserved site / Signal peptidases I signature 3. / Peptidase S26A, signal peptidase I, serine active site ...Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 / Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 - #10 / Signal peptidase I, all-beta subdomain / Peptidase S26A, signal peptidase I, lysine active site / Signal peptidases I lysine active site. / Peptidase S26A, signal peptidase I / Signal peptidase, peptidase S26 / Peptidase S26A, signal peptidase I, conserved site / Signal peptidases I signature 3. / Peptidase S26A, signal peptidase I, serine active site / Signal peptidases I serine active site. / Peptidase S26 / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Beta Complex / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PN / PHOSPHATE ION / Signal peptidase I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Paetzel, M. / Dalbey, R. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of a bacterial signal peptidase in complex with a beta-lactam inhibitor.
著者: Paetzel, M. / Dalbey, R.E. / Strynadka, N.C.
履歴
登録1999年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Other
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIGNAL PEPTIDASE I
B: SIGNAL PEPTIDASE I
C: SIGNAL PEPTIDASE I
D: SIGNAL PEPTIDASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,6349
ポリマ－111,3424
非ポリマー1,2925
水8,071448
1
A: SIGNAL PEPTIDASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1352
ポリマ－27,8351
非ポリマー2991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SIGNAL PEPTIDASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2303
ポリマ－27,8351
非ポリマー3942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SIGNAL PEPTIDASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1352
ポリマ－27,8351
非ポリマー2991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: SIGNAL PEPTIDASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1352
ポリマ－27,8351
非ポリマー2991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.700, 113.200, 99.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.96526, -0.06489, -0.25311), (0.00103, -0.96962, 0.24463), (-0.26129, 0.23587, 0.936)
ベクター: 72.25551, 51.90948, -18.29689)

-
要素

#1: タンパク質
SIGNAL PEPTIDASE I / SPASE I / LEADER PEPTIDASE I


分子量: 27835.465 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: LEPB / プラスミド: PET 3B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 遺伝子 (発現宿主): LEPB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00803, signal peptidase I
#2: 化合物
ChemComp-1PN / prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate / "(5S,6S)-6-[(R)ACETOXYETH-2-YL]-PENEM-3-CARBOXYLATEPROPANE, Bound form"


分子量: 299.343 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17NO5S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 88159 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 85.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 391951
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
CNS0.9精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.95→19.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high rms absF: 2890271.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 8799 10 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 87833 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.91 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.33 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3---1.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7113 0 85 448 7646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 1292 9.6 %
Rwork0.242 12161 -
obs--90.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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