PDB-2ful: Crystal Structure of the C-terminal Domain of S. cerevisiae eIF5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ful

タイトル

Crystal Structure of the C-terminal Domain of S. cerevisiae eIF5

要素

Eukaryotic translation initiation factor 5

キーワード

TRANSLATION / atypical HEAT motif

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic initiation factor eIF2 binding / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of translational initiation / Ribosomal scanning and start codon recognition / translation initiation factor binding / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wei, Z. / Xue, Y. / Xu, H. / Gong, W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the C-terminal Domain of S.cerevisiae eIF5
著者: Wei, Z. / Xue, Y. / Xu, H. / Gong, W.

履歴

登録	2006年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	5me7-4 2i3y-d 3zrj-2 3sv6-d 6wys-3 6rh5-d 6r3m-d 4aza-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 5

B: Eukaryotic translation initiation factor 5

C: Eukaryotic translation initiation factor 5

D: Eukaryotic translation initiation factor 5

E: Eukaryotic translation initiation factor 5

F: Eukaryotic translation initiation factor 5

ヘテロ分子

124 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Eukaryotic translation initiation factor 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Eukaryotic translation initiation factor 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Eukaryotic translation initiation factor 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.8 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Eukaryotic translation initiation factor 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.849, 64.536, 108.916
Angle α, β, γ (deg.)	88.60, 86.57, 74.93
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 5 / eIF-5 分子量: 20412.895 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 236-412 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pGEX4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38431
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 916 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4 % / Av σ(I) over netI: 23.4 / 数: 261803 / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 2.56 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 65439 / % possible obs: 94.7

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.52	50	6693	96.8	0.065	6.346	3.9
3.59	4.52	6595	95.5	0.047	2.647	3.9
3.14	3.59	6664	96.4	0.051	2.415	4
2.85	3.14	6604	95.9	0.06	2.283	4
2.65	2.85	6607	95.6	0.069	2.367	4
2.49	2.65	6538	94.5	0.076	2.411	4
2.37	2.49	6500	94.3	0.086	2.117	4
2.26	2.37	6453	93.1	0.101	1.87	4
2.18	2.26	6421	93	0.113	1.648	4
2.1	2.18	6364	92	0.129	1.458	4

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 173580 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.044 / Χ²: 1.045 / Net I/σ(I): 25

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID
1.5-1.55	68.9	2.5	0.245	12895	1.064	1
1.55-1.62	89.1	2.9	0.205	16652	1.002	1
1.62-1.69	92.9	3.1	0.175	17339	0.99	1
1.69-1.78	94.1	3.3	0.141	17654	0.985	1
1.78-1.89	95.1	3.5	0.112	17798	1.035	1
1.89-2.04	96.1	3.6	0.08	17967	1.132	1
2.04-2.24	97.1	3.7	0.054	18204	1.074	1
2.24-2.56	97.8	3.8	0.042	18238	1.047	1
2.56-3.23	98.5	3.9	0.035	18485	1.084	1
3.23-50	98.1	3.8	0.034	18348	1.007	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.475 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	8647	5 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
all	0.178	-	-	-
obs	-	173578	92.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.323 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0.03 Å²	0.13 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0.16 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7829	0	100	916	8845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	8419
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.204	1.995	11459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.915	5	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.621	26.105	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.628	15	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.49	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	4229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	5884
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	745
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.63	1.5	5131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.009	2	8171
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.724	3	3629
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.607	4.5	3235

LS精密化シェル

解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	400	-
R_work	0.253	7908	-
obs	-	8308	59.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2375	-1.7709	2.3991	4.1096	-2.6586	5.0318	-0.2309	0.003	-0.0013	0.2066	-0.1608	-0.1509	-0.3749	0.3868	0.3917	0.0882	-0.0053	-0.0298	0.0194	0.0523	-0.0032	8.874	75.633	-1.67
2	1.6257	-0.2835	0.2554	1.3144	-0.0011	1.0527	-0.0453	0.0886	-0.0433	-0.0026	0.0779	-0.0111	-0.0676	0.0018	-0.0326	0.0498	0.0068	-0.0135	-0.0114	0.0178	-0.0517	13.099	74.552	-6.49
3	1.0588	1.063	0.9212	2.42	0.8243	1.6701	-0.0171	-0.0567	-0.0616	-0.0136	0.0203	-0.0745	-0.0123	-0.0194	-0.0031	0.0547	0.0083	-0.0137	-0.0231	0.014	-0.0004	15.596	71.448	-6.861
4	1.4857	0.802	0.3995	2.2999	-0.0935	1.5717	-0.0649	-0.0252	-0.0182	-0.045	0.0395	0.0653	-0.0992	-0.0661	0.0254	0.0458	-0.0018	-0.0158	-0.0191	0.009	-0.0176	10.164	75.892	-15.349
5	1.2987	0.1692	0.3825	3.8112	-1.9518	1.7078	0.0069	0.0691	-0.0795	0.0206	0.0211	-0.0928	0.0272	-0.0368	-0.028	0.0435	0.0017	-0.0008	-0.0554	-0.0161	-0.0048	12.298	68.811	-17.336
6	0.0698	-0.1266	-0.6786	3.7723	2.3913	6.9774	0.0947	-0.0715	0.0366	-0.0993	0.0543	-0.2033	0.2578	0.2641	-0.149	0.0851	-0.0001	-0.0368	-0.0083	-0.04	-0.0383	14.092	43.69	13.544
7	1.2223	-0.5556	-0.8046	2.5224	0.8291	2.4506	0.0166	0.0875	0.0468	-0.129	-0.0379	-0.0032	0.0708	-0.0071	0.0213	0.0521	0.001	-0.0191	-0.0403	-0.0204	-0.0623	13.922	50.079	24.341
8	1.3134	-1.309	0.8899	3.5957	-0.9326	1.926	0.0091	0.0708	-0.0247	0.0196	-0.0715	-0.0612	-0.0032	-0.0141	0.0624	0.0652	0.0079	-0.0164	-0.0041	0.0027	-0.0456	16.437	53.217	25.955
9	1.3915	-0.7964	0.0191	2.5437	-0.4275	2.4755	-0.0131	-0.0125	-0.0706	0.1392	-0.0333	0.1237	-0.0155	-0.0649	0.0464	0.053	0.0028	-0.0153	-0.0206	-0.0004	-0.0447	11.552	59.303	33.504
10	1.1952	-0.4	-1.1273	0.7081	-0.1138	6.8111	0.0454	0.0121	0.1251	-0.064	-0.1012	0.0106	-0.0661	0.1574	0.0558	0.0394	-0.0092	-0.0261	-0.0213	0.0194	-0.0397	15.274	64.929	29.073
11	24.922	-19.28	-15.4715	21.938	14.086	14.5886	-0.0444	-0.7285	0.4878	0.3648	0.2596	-0.2023	0.1848	-0.1597	-0.2152	0.0312	0.0107	0.0052	0.0012	-0.0083	0.0013	8.571	64.833	1.111
12	3.8376	2.2129	2.3405	5.7004	1.5511	3.2605	-0.1863	0.1279	0.0904	-0.2002	0.2601	0.0916	-0.2897	0.1518	-0.0739	0.0685	0.0185	-0.0346	-0.0921	-0.0038	-0.0034	9.838	46.826	-11.555
13	0.7823	0.3545	0.0647	1.8905	-0.6616	0.9849	0.0024	0.0043	0.0252	-0.0554	0.0176	-0.0232	-0.0043	0.0805	-0.0199	0.056	0.0119	-0.0125	-0.0325	-0.0221	-0.0203	14.849	32.764	-7.96
14	1.3534	0.8144	0.4574	5.0548	1.9606	1.9057	0.0081	-0.0242	-0.2705	0.0361	-0.0136	0.1973	0.1404	-0.0554	0.0055	0.0517	0.0118	-0.03	-0.0322	-0.01	0.0333	9.545	16.139	-2.066
15	5.7187	2.6723	-1.8027	3.9698	3.3191	8.0431	0.5334	-0.5197	0.5972	-0.076	-0.1952	0.3643	-0.9173	-0.1748	-0.3382	0.1478	0.0485	0.0621	0.0262	-0.0394	0.054	12.426	24.669	4.11
16	0.2723	-0.887	0.7078	2.9512	-2.8122	5.981	0.0131	0.0272	0.0218	0.0865	-0.0616	-0.056	0.3502	0.0866	0.0484	0.11	0.0002	-0.0333	-0.0047	0.0587	-0.0429	28.317	29.858	-44.668
17	2.0363	-0.6502	1.3178	2.0212	-1.1614	3.4238	0.0958	-0.1013	-0.1761	0.0879	0.0394	-0.1209	0.1216	0.0184	-0.1352	0.0437	0.0058	-0.029	-0.0257	0.0281	-0.033	27.022	35.903	-54.142
18	1.246	0.717	0.5695	2.3844	0.7246	2.3141	0.0902	-0.1207	-0.0862	-0.0672	0.0706	-0.0564	-0.0932	-0.0202	-0.1609	0.0542	-0.0087	-0.0157	-0.0357	0.0288	0.0047	26.027	38.846	-61.967
19	2.3159	0.2782	0.8626	2.4125	-0.1155	2.8988	0.0432	-0.0214	-0.0072	-0.165	0.0368	0.0093	-0.2002	-0.1098	-0.08	0.0624	0.0163	-0.0118	-0.0518	0.0285	-0.0332	21.875	43.318	-69.801
20	2.0348	-1.6149	1.4362	6.3038	-3.2694	2.0765	-0.0167	-0.0162	-0.2348	0.3447	0.0483	-0.0206	-0.1615	-0.1538	-0.0316	0.0558	0.0095	-0.0252	-0.0671	0.0138	-0.0271	21.36	36.804	-69.102
21	2.4831	1.0497	-1.5513	1.9734	-0.718	3.7615	-0.0056	-0.2254	-0.5162	0.2003	-0.2256	-0.0995	0.3518	0.2428	0.2312	0.0921	-0.0322	0.0219	-0.005	-0.0051	0.0303	21.394	6.467	-22.495
22	2.3165	0.365	-0.1019	2.1639	0.048	1.3398	0.0089	-0.0398	-0.131	0.012	-0.114	0.004	0.0341	-0.0565	0.1051	0.031	-0.0009	-0.0092	-0.0227	-0.0129	-0.0415	24.102	15.522	-25.216
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27	3.2648	3.7397	2.0155	5.1291	2.2488	3.526	-0.0973	0.2451	0.0735	-0.0525	0.1533	0.0061	-0.4207	0.4305	-0.056	0.1015	-0.0495	-0.0674	-0.0875	0.0124	0.0458	26.702	18.743	-64.72
28	2.4389	0.5853	-0.149	1.9196	0.1057	1.3611	-0.0175	0.057	0.0626	-0.0067	-0.0352	-0.0343	-0.0605	0.1797	0.0527	0.0542	-0.0166	-0.0151	-0.0315	-0.0006	-0.0168	27.9	3.711	-66.841
29	1.2371	0.4586	0.1506	2.8236	1.1008	2.5334	0.0185	0.0946	-0.0293	-0.0657	-0.0389	0.0887	0.1632	-0.008	0.0204	0.0745	-0.0162	0.0028	-0.0453	-0.019	-0.0538	20.691	-8.679	-66.793
30	8.3123	2.1127	-1.0582	12.0108	5.462	12.7176	0.2385	0.0574	0.2329	0.1548	-0.2804	0.3639	-0.5296	-0.4505	0.0419	0.0664	-0.0293	-0.009	-0.0427	0.0208	-0.0345	18.14	-14.449	-57.494

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	237 - 258	2 - 23
2	2	A	A	259 - 313	24 - 78
3	3	A	A	314 - 334	79 - 99
4	4	A	A	335 - 367	100 - 132
5	5	A	A	368 - 395	133 - 160
6	6	B	B	236 - 267	1 - 32
7	7	B	B	268 - 311	33 - 76
8	8	B	B	312 - 335	77 - 100
9	9	B	B	336 - 367	101 - 132
10	10	B	B	368 - 394	133 - 159
11	11	C	C	238 - 242	3 - 7
12	12	C	C	243 - 275	8 - 40
13	13	C	C	276 - 362	41 - 127
14	14	C	C	363 - 390	128 - 155
15	15	C	C	391 - 395	156 - 160
16	16	D	D	238 - 269	3 - 34
17	17	D	D	270 - 313	35 - 78
18	18	D	D	314 - 335	79 - 100
19	19	D	D	336 - 368	101 - 133
20	20	D	D	369 - 394	134 - 159
21	21	E	E	238 - 273	3 - 38
22	22	E	E	274 - 311	39 - 76
23	23	E	E	312 - 358	77 - 123
24	24	E	E	359 - 386	124 - 151
25	25	E	E	387 - 396	152 - 161
26	26	F	F	238 - 242	3 - 7
27	27	F	F	243 - 280	8 - 45
28	28	F	F	281 - 324	46 - 89
29	29	F	F	325 - 385	90 - 150
30	30	F	F	386 - 395	151 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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