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万見
- PDB-2pnl: Crystal structure of VP4 protease from infectious pancreatic necr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pnl
タイトルCrystal structure of VP4 protease from infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) in space group P1
要素Protease VP4
キーワードHYDROLASE / acyl-enzyme / protease / Ser/Lys dyad / viral protease / substrate complex / product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S5; domain 2 - #110 / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. ...Ribosomal Protein S5; domain 2 - #110 / Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Viral coat protein subunit / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANIDINE / Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Infectious pancreatic necrosis virus (伝染性膵臓壊死症ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Paetzel, M. / Lee, J. / Feldman, A.R. / Delmas, B.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the VP4 protease from infectious pancreatic necrosis virus reveals the acyl-enzyme complex for an intermolecular self-cleavage reaction.
著者: Lee, J. / Feldman, A.R. / Delmas, B. / Paetzel, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of truncated and mutant forms of VP4 protease from infectious pancreatic necrosis virus.
著者: Lee, J. / Feldman, A.R. / Chiu, E. / Chan, C. / Kim, Y.-N. / Delmas, B. / Paetzel, M.
履歴
登録2007年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease VP4
B: Protease VP4
C: Protease VP4
D: Protease VP4
E: Protease VP4
F: Protease VP4
G: Protease VP4
H: Protease VP4
I: Protease VP4
J: Protease VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,56627
ポリマ－217,56210
非ポリマー1,00417
水21,9061216
1
A: Protease VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8743
ポリマ－21,7561
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protease VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9334
ポリマ－21,7561
非ポリマー1773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protease VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9334
ポリマ－21,7561
非ポリマー1773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protease VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8152
ポリマ－21,7561
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Protease VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8743
ポリマ－21,7561
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Protease VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8152
ポリマ－21,7561
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Protease VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7561
ポリマ－21,7561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Protease VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9334
ポリマ－21,7561
非ポリマー1773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Protease VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8152
ポリマ－21,7561
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Protease VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8152
ポリマ－21,7561
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.703, 69.262, 191.388
Angle α, β, γ (deg.)93.06, 95.03, 97.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細the enzyme is a monomer in solution during purification, but forms an intermolecular acyl-enzyme complex with this construct, such that 6 of the 10 molecules in the asymmetric unit are linked via the nucleophile Ser633 and the C-terminal Ala716 (P1 residue of the VP4 internal cleavge site).

-
要素

#1: タンパク質
Protease VP4


分子量: 21756.182 Da / 分子数: 10 / 断片: VP4tri (residues 514-716) / 変異: K674A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Infectious pancreatic necrosis virus (伝染性膵臓壊死症ウイルス)
属: Aquabirnavirus / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q703G9, UniProt: A1XQQ8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GAI / GUANIDINE


分子量: 59.070 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 35% PEG 4000, 0.4M LiSO4, 0.4M Guanidine-HCl , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月23日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→182.57 Å / Num. all: 103935 / Num. obs: 103935 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.21→2.29 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 9718 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.21→182.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 6.397 / SU ML: 0.167 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 5185 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.2 103935 --
obs0.194 103863 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.932 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0.86 Å2-0.65 Å2
2--1.66 Å2-0.26 Å2
3----1.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→182.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15142 0 68 1216 16426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02215481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7541.9921086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9252002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.47426.074647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.978152453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6431557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.22450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.27248
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.210423
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.21235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0831.510438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.591216235
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.67535643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9684.54851
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 367 -
Rwork0.201 7033 -
obs-7400 95.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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