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- PDB-6qp0: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Kti12 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qp0
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Kti12 in complex with ADP-AlF3
要素Putative chromatin binding protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Elongator / tRNA / tRNA modification / mcm5 / cm5 / ncm5. Elongator regulatory protein / Elongator regulation. #Elongator
機能・相同性Protein KTI12/L-seryl-tRNA(Sec) kinase / Chromatin associated protein KTI12 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / Putative chromatin binding protein
機能・相同性情報
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.409 Å
データ登録者Krutyholowa, R. / Glatt, S.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUMO-2015/19/B/NZ1/00343 ポーランド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Kti12, a PSTK-like tRNA dependent ATPase essential for tRNA modification by Elongator.
著者: Krutyholowa, R. / Hammermeister, A. / Zabel, R. / Abdel-Fattah, W. / Reinhardt-Tews, A. / Helm, M. / Stark, M.J.R. / Breunig, K.D. / Schaffrath, R. / Glatt, S.
履歴
登録2019年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group
Item: _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id / _pdbx_refine_tls_group.pdbx_refine_id
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative chromatin binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8045
ポリマ－30,0741
非ポリマー7314
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer, light scattering, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.020, 71.020, 88.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative chromatin binding protein / G0SHI1


分子量: 30073.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0070100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHI1

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非ポリマー , 5種, 50分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 3 mM ADP, 6 mM AlCl3 and 60 mM NaF; Protein concentration = 45 mg/ml; 3 days; Mother liquor contained 100 mM MMT buffer (DL-malic acid, MES monohydrate, TRIS at pH 5.5) and 25% w/v PEG1500.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.982 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.982 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 10334 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.9 % / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 723 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
SHELXS位相決定
RESOLVE位相決定
精密化解像度: 2.409→35.51 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 514 4.99 %
Rwork0.2386 --
obs0.2404 10300 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.409→35.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1526 0 44 46 1616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6192169
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.699962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4094-2.65180.34861240.32632368X-RAY DIFFRACTION98
2.6518-3.03540.36481280.2962413X-RAY DIFFRACTION99
3.0354-3.82350.24751270.22632446X-RAY DIFFRACTION100
3.8235-35.51380.23711350.20262559X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0177-1.07010.7363.7126-1.24152.2997-0.0534-0.6266-0.10910.12170.30480.504-0.0568-0.8079-0.18810.4769-0.08970.01770.5871-0.01430.1971-3.481234.885843.5481
22.4930.4632-0.01861.0999-0.60921.5763-0.0247-0.8069-0.01110.09150.0720.20220.329-0.9696-0.64410.5097-0.40970.06891.1332-0.00950.3295-16.331735.85443.6164
31.47660.18250.55420.62010.41284.07420.0956-0.11810.1454-0.0938-0.03860.00090.0253-0.0753-0.08760.4238-0.04860.03560.4821-0.00350.1838-1.529239.245835.0942
44.1977-1.0963-0.85340.28880.25629.4573-0.0913-0.5276-0.9905-0.0028-0.0985-0.24531.443-0.78010.28221.0815-0.0902-0.16870.6420.19380.4395-0.50917.484447.0043
51.71760.42840.69741.69122.0935.94530.164-0.0668-0.29880.4524-0.0344-0.19380.97410.4257-0.16660.54810.0439-0.00740.48430.07240.25293.250829.749342.8473
61.6870.999-0.61133.8564-1.27335.44570.0946-0.4491-0.4473-0.0219-0.15710.18131.451-1.039-0.00810.8195-0.2228-0.05070.87310.06310.2515-7.803333.110853.9797
71.98222.507-2.64963.8901-4.90636.95220.1015-0.75330.15140.86650.48860.7303-1.052-1.276-0.55450.5069-0.03190.07231.3436-0.08980.2971-14.790242.073751.3289
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 13 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 30 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 160 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 161 through 173 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 174 through 226 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 227 through 235 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 236 through 252 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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