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- PDB-2pg5: Crystal Structure of Human Microsomal P450 2A6 N297Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pg5
タイトルCrystal Structure of Human Microsomal P450 2A6 N297Q
要素Cytochrome P450 2A6
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP2A6 / P450 2A6 / P450 / Monooxygenases / drug metabolizing enzyme / heme / mutant / indole
機能・相同性
機能・相同性情報


coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / Fatty acids / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / aflatoxin metabolic process / Aflatoxin activation and detoxification ...coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / Fatty acids / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / aflatoxin metabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / cytoplasmic microtubule / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2A-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2A-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 2A6 / Cytochrome P450 2A13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sansen, S. / Hsu, M.H. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2007
タイトル: Structural insight into the altered substrate specificity of human cytochrome P450 2A6 mutants.
著者: Sansen, S. / Hsu, M.H. / Stout, C.D. / Johnson, E.F.
履歴
登録2007年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2A6
B: Cytochrome P450 2A6
C: Cytochrome P450 2A6
D: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,45712
ポリマ－218,7434
非ポリマー2,7148
水11,674648
1
A: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3643
ポリマ－54,6861
非ポリマー6792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3643
ポリマ－54,6861
非ポリマー6792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3643
ポリマ－54,6861
非ポリマー6792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 2A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3643
ポリマ－54,6861
非ポリマー6792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.853, 157.972, 103.743
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly has not been determined but thought to be a monomer

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2A6 / CYPIIA6 / Coumarin 7-hydroxylase / P450 IIA3 / CYP2A3 / P450I


分子量: 54685.664 Da / 分子数: 4 / 変異: N297Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2A6 / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DC5
参照: UniProt: P11509, UniProt: Q16696*PLUS, unspecific monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG3350, Tris, ammonium sulfate, Anapoe-35, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月6日
詳細: flat mirror (vertical focussing) ; single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focussing)
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam crystal; asymmetric cut 4.965 degs.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→35 Å / Num. all: 163342 / Num. obs: 163342 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Χ2: 3.194 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 15732 / Rsym value: 0.383 / Χ2: 1.183 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: coumarin complex of CYP2A6, PDB entry 1Z10

1z10


解像度: 1.95→35 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 8012 4.8 %Random
Rwork0.215 ---
all0.233 155253 --
obs0.233 163265 98.7 %-
溶媒の処理Bsol: 39.806 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 35.387 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.609 Å20 Å2-4.265 Å2
2---4.588 Å20 Å2
3---10.197 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15010 0 188 648 15846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0791.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1982
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1962.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.011
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 882 -
Rwork0.292 --
obs-19195 92.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2xdict_heme_wat.par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4edo.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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