ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | CrystalClear | (MSC/RIGAKU)データ収集 | CrystalClear | (MSC/RIGAKU)データ削減 | CrystalClear | (MSC/RIGAKU)データスケーリング | CNS | | 位相決定 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1104836.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.266 | 948 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.238 | - | - | - |
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obs | 0.238 | 18918 | 98.8 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.4094 Å2 / ksol: 0.293605 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 46.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 7.8 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 3.82 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -11.62 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.47 Å | 0.39 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.69 Å | 0.59 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.96 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3399 | 0 | 0 | 58 | 3457 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.013 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg2 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d28.4 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.82 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.399 | 125 | 4.1 % |
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Rwork | 0.361 | 2941 | - |
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obs | - | - | 98.4 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | protein_trn.paramprotein_trn.top | | | | | |
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