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- PDB-2p49: Complex of a camelid single-domain vhh antibody fragment with RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p49
タイトルComplex of a camelid single-domain vhh antibody fragment with RNASE A at 1.4A resolution: native mono_1 crystal form
要素
  • ANTIBODY CAB-RN05
  • Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / CAMELID SINGLE-DOMAIN ANTIBODY / VHH / CAB-RN05 / RNASE A / PARATOPE / YEAST SURFACE DISPLAY / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / RNA nuclease activity / antigen binding / blood microparticle / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease ...: / P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Hi113 protein / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Tereshko, V. / Uysal, S. / Margalef, K. / Koide, A. / Kossiakoff, A.A. / Koide, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Exploring the capacity of minimalist protein interfaces: interface energetics and affinity maturation to picomolar KD of a single-domain antibody with a flat paratope.
著者: Koide, A. / Tereshko, V. / Uysal, S. / Margalef, K. / Kossiakoff, A.A. / Koide, S.
履歴
登録2007年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF VHH ANTIBODY IS NOT AVAILABLE AT THE UNP ...SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF VHH ANTIBODY IS NOT AVAILABLE AT THE UNP SEQUENCE DATABASE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: ANTIBODY CAB-RN05
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9083
ポリマ－26,8132
非ポリマー951
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.130, 54.394, 48.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ONE VHH-RNASE A COMPLEX. EACH COMPLEX CONSISTS OF TWO CHAINS, A AND B, AND REPRESENTS ONE BIOLOGICAL UNIT.

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 抗体 ANTIBODY CAB-RN05


分子量: 13104.465 Da / 分子数: 1 / Fragment: TRUNCATED AT RESIDUE 121 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2KD57*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: HAMPTON RESEARCH INDEX SCREEN, SOLUTION #85: MGCL2, PEG 3350, TRIS BUFFER PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→20 Å / Num. all: 38187 / Num. obs: 38187 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Net I/σ(I): 56.3
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / 冗長度: 13.5 % / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1bzq

1bzq


解像度: 1.38→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.799 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18452 2017 5 %RANDOM
Rwork0.15569 ---
all0.15714 48836 --
obs0.15714 38187 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.874 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å2-0.69 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1840 0 5 350 2195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191893
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6561.8922562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3842.1293750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.1785245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6824.23585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45915312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4221511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.21562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21041
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1340.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8591.51200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44221915
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0573693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9564.5644
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.416 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.185 153
Rwork0.197 2804
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6361-0.38370.41060.4322-0.19290.3359-0.0141-0.0174-0.03910.02210.0272-0.01020.0082-0.0043-0.013-0.0157-0.00010.0111-0.0040.0011-0.014122.415934.19918.1931
20.8301-0.29240.34610.5153-0.12470.3817-0.01210.0047-0.0208-0.02420.02870.0496-0.0010.0233-0.0165-0.0071-0.00710.0073-0.01090.0029-0.02641.873351.85620.1453
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1242 - 124
3X-RAY DIFFRACTION2BB0 - 1212 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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