PDB-2ouu: crystal structure of PDE10A2 mutant D674A in complex with cGMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ouu

タイトル

crystal structure of PDE10A2 mutant D674A in complex with cGMP

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE / pde / cGMP / substrate specificity

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Wang, H.C. / Liu, Y.D. / Hou, J. / Zheng, M.Y. / Robinson, H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: From the Cover: Structural insight into substrate specificity of phosphodiesterase 10.
著者: Wang, H. / Liu, Y. / Hou, J. / Zheng, M. / Robinson, H. / Ke, H.

履歴

登録	2007年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ouu.cif.gz	148 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ouu.ent.gz	115.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ouu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ouu_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ouu_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2ouu_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	2ouu_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/2ouu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/2ouu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ounC 2oupC 2ouqC 2ourC 2ousC 2ouvC 2ouyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5axp-1 4msh-1 3jwq-4 4lm4-2 4mse-2 4llx-2 4lkq-1 6b97-1 4msh-2 4ajm-2 4nc6-d 1z1l-d 4xy2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

77.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.717, 81.994, 153.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 38262.066 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 変異: D674A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: pde10a2 / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-35G / GUANOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE / cGMP 分子量: 345.205 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₅O₇P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.77 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M MgCl2, 100 mM BME, and 13% PEG3350. The D674A mutant crystals were soaked in 30 mM cGMP in a buffer of 16% PEG8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M MgCl2, 60 mM BME for ...詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M MgCl2, 100 mM BME, and 13% PEG3350. The D674A mutant crystals were soaked in 30 mM cGMP in a buffer of 16% PEG8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M MgCl2, 60 mM BME for 1.5 hours, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.77 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M MgCl2, 100 mM BME, and 13% PEG3350. The D674A mutant crystals were soaked in 30 mM cGMP in a buffer of 16% PEG8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M MgCl2, 60 mM BME for ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→30 Å / Num. obs: 95665 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
AMoRE		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pde10a2 native

解像度: 1.52→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.222	9187	random
R_work	0.204	-	-
obs	-	92068	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5187	0	71	366	5624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.0063
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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