PDB-5axp: Crystal structure of the catalytic domain of PDE10A complexed wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5axp

タイトル

Crystal structure of the catalytic domain of PDE10A complexed with 1-(2-fluoro-4-(2-oxo-1,3-oxazolidin-3-yl)phenyl)-5-methoxy-3-(1-phenyl-1H-pyrazol-5-yl)pyridazin-4(1H)-one

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

extrinsic component of postsynaptic density membrane / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cGMP-inhibited cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cAMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Oki, H. / Zama, Y.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Design and synthesis of a novel 2-oxindole scaffold as a highly potent and brain-penetrant phosphodiesterase 10A inhibitor
著者: Yoshikawa, M. / Kamisaki, H. / Kunitomo, J. / Oki, H. / Kokubo, H. / Suzuki, A. / Ikemoto, T. / Nakashima, K. / Kamiguchi, N. / Harada, A. / Kimura, H. / Taniguchi, T.

履歴

登録	2015年7月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5axp.cif.gz	274.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5axp.ent.gz	218.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5axp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/5axp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/5axp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5axqC 2wyl 2wym 3wyk C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5b4l-2 5xui-2 4llx-2 3wyk-2 3snl-1 5axq-2 6kdz-1 6b97-1 3wi2-1 6ko1-2 4ajg-2 3ui7-1 6ijh-2 4msh-2 4ajd-2 3wym-2 6ke0-2 5b4k-1 2ouu-1 4mrz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

78.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.753, 81.849, 159.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 38889.586 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, UNP residues 442-779 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-4LK / 3-[3-fluoranyl-4-[5-methoxy-4-oxidanylidene-3-(2-phenylpyrazol-3-yl)pyridazin-1-yl]phenyl]-1,3-oxazolidin-2-one / 1-[4-(2-オキソオキサゾリジン-3-イル)-2-フルオロフェニル]-3-(1-フェニル-1H-ピラゾ-ル-5-イ(以下略) 分子量: 447.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₈FN₅O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 100 mM HEPES pH 8.0, 100 mM mM magnesium chloride hexahydrate, 25.7% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97645 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97645 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 45993 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 1.008 / Net I/av σ(I): 19.574 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 296940

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	3	0.549	1391	0.75	0.3	0.632	0.96	58.6
1.98-2.02	3.5	0.523	1639	0.807	0.278	0.598	0.981	69.9
2.02-2.06	3.9	0.439	1951	0.865	0.225	0.497	1.006	80.8
2.06-2.1	4.6	0.421	2203	0.887	0.206	0.472	1.042	92.4
2.1-2.15	5.5	0.368	2328	0.934	0.166	0.405	1.016	96.9
2.15-2.2	6.3	0.302	2336	0.964	0.128	0.329	0.981	99.4
2.2-2.25	6.7	0.309	2401	0.967	0.128	0.336	1.061	99.9
2.25-2.31	7.1	0.263	2383	0.983	0.106	0.284	1.025	100
2.31-2.38	7.3	0.229	2429	0.986	0.091	0.247	0.988	100
2.38-2.46	7.3	0.203	2387	0.989	0.08	0.218	1.017	100
2.46-2.54	7.3	0.166	2398	0.992	0.066	0.178	1.006	100
2.54-2.65	7.3	0.139	2408	0.994	0.055	0.149	1.013	100
2.65-2.77	7.3	0.121	2412	0.994	0.048	0.13	1.004	100
2.77-2.91	7.3	0.096	2427	0.996	0.038	0.103	1.008	100
2.91-3.1	7.2	0.082	2413	0.997	0.032	0.088	1.001	100
3.1-3.33	7.2	0.067	2440	0.998	0.027	0.072	1.014	100
3.33-3.67	7.1	0.056	2439	0.998	0.022	0.061	0.999	100
3.67-4.2	6.8	0.056	2459	0.997	0.023	0.06	0.989	99.8
4.2-5.29	6.7	0.052	2504	0.997	0.022	0.057	0.999	99.9
5.29-50	6.4	0.05	2645	0.997	0.022	0.055	0.998	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / Matrix type: sparse / WR_factor R_free: 0.236 / WR_factor R_work: 0.18 / SU B: 9.06 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2335	2242	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1757	43643	-	-
obs	0.1785	43643	94.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.95 Å² / B_iso mean: 38.899 Å² / B_iso min: 18.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.94 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5120	0	70	313	5503
B_iso mean	-	-	31.85	41.04	-
残基数	-	-	-	-	630

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	5326
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.21	1.963	7219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.846	5	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.614	24.08	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.774	15	933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.56	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.838	3.822	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.673	6.417	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.147	4.433	2806

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2	0.327	111	0.265	1944	3549	57.904	0.231
2-2.055	0.236	125	0.234	2495	3402	77.014	0.198
2.055-2.115	0.275	119	0.234	3012	3365	93.046	0.202
2.115-2.18	0.242	142	0.211	3084	3279	98.384	0.183
2.18-2.251	0.262	154	0.204	2995	3151	99.937	0.181
2.251-2.33	0.266	146	0.199	2914	3061	99.967	0.179
2.33-2.418	0.26	157	0.203	2795	2952	100	0.179
2.418-2.516	0.257	137	0.183	2724	2863	99.93	0.166
2.516-2.628	0.243	134	0.188	2624	2761	99.891	0.172
2.628-2.756	0.247	154	0.183	2451	2606	99.962	0.17
2.756-2.905	0.278	130	0.193	2364	2503	99.64	0.184
2.905-3.081	0.254	123	0.199	2232	2360	99.788	0.194
3.081-3.294	0.266	112	0.18	2132	2249	99.778	0.184
3.294-3.557	0.223	100	0.174	1996	2101	99.762	0.184
3.557-3.896	0.192	91	0.146	1823	1923	99.532	0.164
3.896-4.354	0.19	82	0.142	1659	1746	99.714	0.17
4.354-5.025	0.177	76	0.136	1502	1582	99.747	0.165
5.025-6.149	0.274	72	0.162	1270	1343	99.926	0.194
6.149-8.67	0.153	39	0.149	1026	1065	100	0.186
8.67-79.842	0.229	38	0.171	602	646	99.071	0.202

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2594	-0.1685	0.1301	0.6061	0.0391	0.6113	-0.0505	-0.0008	-0.0243	0.0181	-0.0084	-0.028	-0.0768	0.0309	0.059	0.0171	0.0035	-0.0045	0.0759	0.0015	0.0229	15.998	2.363	-13.211
2	0.2575	0.4445	-0.077	1.2562	-0.1738	0.5317	-0.0067	0.0344	0.0445	0.0066	-0.0181	-0.006	0.1388	-0.0181	0.0248	0.0542	0.0004	-0.0016	0.0831	0.0173	0.0257	7.004	-34.564	-26.139

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	442 - 1003
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	442 - 1002

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)