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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2onq | ||||||
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タイトル | Gbeta1 stabilization by in vitro evolution and computational design | ||||||
![]() | Immunoglobulin G-binding protein G | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / beta sheet / alpha helix / improved hydrophobic packing of core residues | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Max, K.E.A. / Heinemann, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Optimization of the gbeta1 domain by computational design and by in vitro evolution: structural and energetic basis of stabilization. 著者: Wunderlich, M. / Max, K.E. / Roske, Y. / Mueller, U. / Heinemann, U. / Schmid, F.X. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT the biological unit information is unknown for this isolated domain. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 403.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 403.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 6326.997 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 373-427 / 変異: T2Q, Y3F, L7I, T16I, T18I, T25E, V29F, V39I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.7 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 50mM sodium acetate, 20mg/ml protein solution mixed in equal volume of crystallization buffer containing 33% PEG monomethylether, 0.1M calcium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月4日 / 詳細: mirrors / slits |
放射 | モノクロメーター: Graphite Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→39.05 Å / Num. all: 5583 / Num. obs: 5583 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 34.418 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 27.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. measured obs: 2733 / Num. unique all: 532 / % possible all: 100 |
-位相決定
Phasing MR | Rfactor: 0.433 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.528 / Cor.coef. Io to Ic: 0.555
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PGA 解像度: 1.7→19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 6.212 / SU ML: 0.097 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC + TLS Refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Authors also state that the structure was refined using a combination of isotropic (atomic) and TLS refinement. The whole molecule was ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Authors also state that the structure was refined using a combination of isotropic (atomic) and TLS refinement. The whole molecule was defined as one TLS group. The atomic B-values are reported as anisotropic B-values which were calculated by combining the isotropic B-values and TLS parameters using TLSANL program from the CCP4 suite.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.162 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.759 Å / Total num. of bins used: 15
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