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万見
- PDB-2onk: ABC transporter ModBC in complex with its binding protein ModA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2onk
タイトルABC transporter ModBC in complex with its binding protein ModA
要素
  • (Molybdate/tungstate ABC transporter, ...) x 2
  • Molybdate/tungstate binding protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type tungstate transporter / ABC-type tungstate transporter activity / tungstate binding / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Tungstate ABC transporter, substrate-binding protein WtpA / : / : / MetI-like fold / MetI-like / Bacterial extracellular solute-binding protein / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component ...: / Tungstate ABC transporter, substrate-binding protein WtpA / : / : / MetI-like fold / MetI-like / Bacterial extracellular solute-binding protein / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / TUNGSTATE(VI)ION / Molybdate/tungstate-binding protein WtpA / Molybdate/tungstate transport system permease protein WtpB / Molybdate/tungstate import ATP-binding protein WtpC
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hollenstein, K. / Frei, D.C. / Locher, K.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structure of an ABC transporter in complex with its binding protein.
著者: Hollenstein, K. / Frei, D.C. / Locher, K.P.
履歴
登録2007年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein
B: Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein
F: Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein
G: Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein
C: Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein
D: Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein
H: Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein
I: Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein
E: Molybdate/tungstate binding protein
J: Molybdate/tungstate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,30922
ポリマ－302,28710
非ポリマー1,02112
水00
1
A: Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein
B: Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein
C: Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein
D: Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein
E: Molybdate/tungstate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,65411
ポリマ－151,1445
非ポリマー5116
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17640 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area52070 Å2
手法PISA
2
F: Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein
G: Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein
H: Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein
I: Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein
J: Molybdate/tungstate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,65411
ポリマ－151,1445
非ポリマー5116
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.032, 171.203, 158.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Molybdate/tungstate ABC transporter, ... , 2種, 8分子 ABFGCDHI

#1: タンパク質
Molybdate/tungstate ABC transporter, ATP-binding protein / CysA / AF0092 / ModC


分子量: 27069.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30144
#2: タンパク質
Molybdate/tungstate ABC transporter, permease protein / CysT / AF0093 / ModB


分子量: 30643.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30143

-
タンパク質 , 1種, 2分子 EJ

#3: タンパク質 Molybdate/tungstate binding protein


分子量: 35717.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30142

-
非ポリマー , 3種, 12分子

#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.17 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 88979

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 4387 4.9 %
Rwork0.256 --
obs0.256 88712 100 %
all-93099 -
溶媒の処理Bsol: 48.43 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 99.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.647 Å20 Å2-1.735 Å2
2--3.504 Å20 Å2
3---1.144 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20182 0 36 0 20218
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3PO4.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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