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万見
- PDB-2okz: MVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2okz
タイトルMVGGVV peptide derived from Alzheimer's A-beta
要素peptide from Alzheimer's A-beta
キーワードPROTEIN FIBRIL / steric zipper
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Sambashivan, S. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Atomic structures of amyloid cross-beta spines reveal varied steric zippers.
著者: Sawaya, M.R. / Sambashivan, S. / Nelson, R. / Ivanova, M.I. / Sievers, S.A. / Apostol, M.I. / Thompson, M.J. / Balbirnie, M. / Wiltzius, J.J. / McFarlane, H.T. / Madsen, A.O. / Riekel, C. / Eisenberg, D.
履歴
登録2007年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptide from Alzheimer's A-beta
B: peptide from Alzheimer's A-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1212
ポリマ－1,1212
非ポリマー00
水00
1
A: peptide from Alzheimer's A-beta

B: peptide from Alzheimer's A-beta

A: peptide from Alzheimer's A-beta
B: peptide from Alzheimer's A-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2434
ポリマ－2,2434
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)15.148, 9.576, 23.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド peptide from Alzheimer's A-beta


分子量: 560.707 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 35-40 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence corresponds to residues 35-40 of human A-beta peptide

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M CaCl2, 20% isopropanol, 0.1 M Na acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9466
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月16日
放射モノクロメーター: channel-cut Si-111 monochromator and an ellipsoidal mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9466 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→90 Å / Num. all: 650 / Num. obs: 650 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Χ2: 1.073 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.94 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Num. unique all: 123 / Χ2: 1.082 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MVGGVV from space group P1

解像度: 1.8→23.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 2.396 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 35 5.4 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.217 648 93.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.768 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å2-0.24 Å2
2---1.77 Å20 Å2
3---1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数76 0 0 0 76
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6852.05798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6333102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.554510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.5031512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1460.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1420.234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2990.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2520.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0930.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.037267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.15226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.903388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.729218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.162310
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.138 1 -
Rwork0.163 24 -
obs-25 52.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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