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- PDB-2oa8: Crystal Structure of mTREX1 with ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oa8
タイトルCrystal Structure of mTREX1 with ssDNA
要素
  • 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
  • Three prime repair exonuclease 1
キーワードHYDROLASE/DNA / poly-proline helix / ssDNA complex / DnaQ family / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation ...immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / WW domain binding / heart process / MutLalpha complex binding / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of cellular respiration / inflammatory response to antigenic stimulus / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of glycolytic process / DNA duplex unwinding / DNA binding, bending / 3'-5'-DNA exonuclease activity / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / DNA metabolic process / : / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / response to UV / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of innate immune response / 3'-5' exonuclease activity / DNA damage checkpoint signaling / generation of precursor metabolites and energy / kidney development / determination of adult lifespan / protein-DNA complex / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者de Silva, U. / Hollis, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of TREX1 Explains the 3' Nucleotide Specificity and Reveals a Polyproline II Helix for Protein Partnering.
著者: de Silva, U. / Choudhury, S. / Bailey, S.L. / Harvey, S. / Perrino, F.W. / Hollis, T.
履歴
登録2006年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
A: Three prime repair exonuclease 1
B: Three prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7608
ポリマ－53,5994
非ポリマー1604
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.850, 57.141, 68.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological assembly is the dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'


分子量: 1215.843 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Three prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1


分子量: 25583.844 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal fragment, residues 5-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% PEG 3350, 50mM MES, pH 6.5, 50mM HEPES, pH 7.15, 2mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2MES11
3HEPES11
4CaCl211
5HOH11
6PEG 335012
7MES12
8HEPES12
9CaCl212
10HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→61.86 Å / Num. all: 37899 / Num. obs: 37899 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.51 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.11→2.22 Å / 冗長度: 3.55 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 3936 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IOC

2ioc


解像度: 2.1→61.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 11.956 / SU ML: 0.168 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25916 1401 5 %RANDOM
Rwork0.1919 ---
obs0.19514 26646 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.719 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.35 Å20 Å2-1.13 Å2
2--3.46 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→61.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3437 162 4 288 3891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9522.0435085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2415441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.81823.472144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.76415568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9681526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.21849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2670.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4560.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9871.52316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54323629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42931650
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5134.51456
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 105 -
Rwork0.237 1971 -
obs-3956 99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0142-0.09960.88642.8194-0.01661.7134-0.00140.376-0.34640.3037-0.0149-0.00530.1186-0.08120.0163-0.0931-0.02690.05340.0036-0.0419-0.07534.32916.9914-19.3446
22.1187-0.60470.41631.28-0.19261.22680.04680.3287-0.14120.0525-0.0860.1929-0.1005-0.08020.0392-0.1356-0.021-0.0053-0.0049-0.04-0.13575.212912.8508-20.5916
32.343-0.15820.45031.9792-0.21642.0972-0.0479-0.0947-0.37250.2656-0.03160.20040.1615-0.30410.0795-0.1028-0.0180.0604-0.1187-0.0241-0.05310.77696.7921-11.4859
44.0077-1.20420.64921.5046-0.22441.37510.12680.49630.4106-0.1295-0.1804-0.31710.00740.130.0536-0.1546-0.0090.0149-0.02440.0799-0.12328.237715.1791-20.6503
53.5103-0.555-0.55653.2134-0.19363.6144-0.04870.44290.69960.2139-0.0529-0.6055-0.00690.34910.1016-0.1476-0.0285-0.1101-0.15110.06430.119633.007220.2555-13.4964
69.65166.7501-2.288819.20355.5794.1022-0.2401-0.2376-0.02340.02370.3845-1.45190.04060.2128-0.1443-0.0928-0.0412-0.15480.12860.06940.179641.249810.1894-12.1539
710.202710.0537-7.088120.2123-8.61545.1824-0.35270.19890.1477-0.15610.17130.81710.1027-0.21840.1814-0.0439-0.04370.04730.09450.005-0.009-7.500417.4522-11.9033
8106.6243-118.559-17.2212326.813-166.0495254.3536-0.18692.9364-0.7892-2.49821.31640.1773-4.26136.4672-1.1295-0.07260.0999-0.06930.00510.00890.00831.761710.9028-13.7392
9139.449-108.0311-11.28790.1279-1.989218.8129-3.013-3.3511-4.27974.4835-3.6114-1.69845.4776.19786.6244-0.0127-0.0110.1563-0.0160.19240.12251.750616.8314-13.5082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3A175 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4B4 - 166
5X-RAY DIFFRACTION5B174 - 236
6X-RAY DIFFRACTION6C1 - 4
7X-RAY DIFFRACTION7D1 - 4
8X-RAY DIFFRACTION8B301
9X-RAY DIFFRACTION8C302
10X-RAY DIFFRACTION9D401
11X-RAY DIFFRACTION9A402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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