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- PDB-2o4u: Crystal structure of Mammalian Dimeric Dihydrodiol Dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o4u
タイトルCrystal structure of Mammalian Dimeric Dihydrodiol Dehydrogenase
要素Dimeric dihydrodiol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP-binding Rossmann-fold domain / Predominantly anti-parallel Beta sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-xylose 1-dehydrogenase (NADP+, D-xylono-1,5-lactone-forming) / D-xylose catabolic process / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / PHOSPHATE ION / Trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Carbone, V. / El-Kabbani, O.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structures of dimeric dihydrodiol dehydrogenase apoenzyme and inhibitor complex: probing the subunit interface with site-directed mutagenesis.
著者: Carbone, V. / Endo, S. / Sumii, R. / Chung, R.P. / Matsunaga, T. / Hara, A. / El-Kabbani, O.
履歴
登録2006年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Dimeric dihydrodiol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,31610
ポリマ－36,4811
非ポリマー8359
水6,161342
1
X: Dimeric dihydrodiol dehydrogenase
ヘテロ分子

X: Dimeric dihydrodiol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,63220
ポリマ－72,9622
非ポリマー1,67018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area6940 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area24210 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.177, 123.177, 121.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-1341-

PO4

21X-321-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dimeric dihydrodiol dehydrogenase


分子量: 36481.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
プラスミド: pKK223-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9TQS6, trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.5M ammonium phosphate, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月14日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coated)
放射モノクロメーター: Bent conical Si-mirror (Rh coated)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.9 Å / Num. all: 70365 / Num. obs: 37154 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 11.77 / Num. unique all: 6990 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O48

2o48


解像度: 2→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.325 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19333 1853 5 %RANDOM
Rwork0.16149 ---
all0.1755 37093 --
obs0.16306 35197 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.174 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.11 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.33 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.179 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2529 0 45 342 2916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.9793586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6725330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6124.018112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.77715452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7041518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21814
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2860.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8551.51694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29422662
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29431057
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6184.5924
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 123 -
Rwork0.164 2583 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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