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- PDB-3ohs: Crystal Structure of Mammalian Dimeric Dihydrodiol Dehydrogenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ohs
タイトルCrystal Structure of Mammalian Dimeric Dihydrodiol Dehydrogenase in complex with Dihydroxyacetone
要素Trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dimeric dihydrodiol dehydrogenase / MDD
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-xylose 1-dehydrogenase (NADP+, D-xylono-1,5-lactone-forming) / D-xylose catabolic process / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydroxyacetone / BETA-MERCAPTOETHANOL / Trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhao, H.-T. / El-Kabbani, O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of MDD in complex with Dihydroxyacetone
著者: Zhao, H.-T. / El-Kabbani, O. / Hara, A.
履歴
登録2010年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,41811
ポリマ－36,4811
非ポリマー93710
水8,287460
1
X: Trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase
ヘテロ分子

X: Trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,83522
ポリマ－72,9622
非ポリマー1,87320
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area2760 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area25110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.446, 122.446, 121.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-285-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / Dimeric dihydrodiol dehydrogenase / D-xylose-NADP dehydrogenase / D-xylose 1-dehydrogenase / Cmo2DD


分子量: 36481.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
遺伝子: DHDH, 2DD / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9TQS6, trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase, D-xylose 1-dehydrogenase (NADP+, D-xylono-1,5-lactone-forming)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 糖 ChemComp-2HA / Dihydroxyacetone / ジヒドロキシアセトン


タイプ: saccharide / 分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, 8% PEG 8000, Vapor Diffusion, Hanging Drop, Temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月10日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 39010 / Num. obs: 38518 / % possible obs: 98.74 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.65 % / Rmerge(I) obs: 0.0571 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.43 % / Rmerge(I) obs: 0.3863 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 3343 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O4U

2o4u


解像度: 1.9→29.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.478 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Ser X 1009 is within close proximity to sulphate ion (1 SO4) causing deviations in TORSION ANGLES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2051 1991 4.9 %RANDOM
Rwork0.1611 ---
obs0.16325 38518 98.74 %-
all-39010 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.654 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.13 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.39 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.211 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2529 0 50 460 3039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222802
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9761.9843853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8295398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.67923.565115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.02615484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7641521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2141.51750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92422846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.28131052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8864.5973
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 104 -
Rwork0.294 2337 -
obs-3349 93.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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