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- PDB-5a05: Crystal structure of aldose-aldose oxidoreductase from Caulobacte... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5a05 | |||||||||
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Title | Crystal structure of aldose-aldose oxidoreductase from Caulobacter crescentus complexed with maltotriose | |||||||||
![]() | ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Taberman, H. / Rouvinen, J. / Parkkinen, T. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structure and Function of Caulobacter Crescentus Aldose-Aldose Oxidoreductase. Authors: Taberman, H. / Andberg, M. / Koivula, A. / Hakulinen, N. / Penttila, M. / Rouvinen, J. / Parkkinen, T. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 431.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 357.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5a02C ![]() 5a03C ![]() 5a04C ![]() 5a06C ![]() 1h6aS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 37289.438 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltotriose #3: Chemical | ChemComp-NDP / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 65 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 / Details: MES PH 6.5, AMMONIUM SULPHATE, 2-PROPANOL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 27, 2014 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: CHANNEL-CUT SI / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 239445 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1H6A Resolution: 1.897→48.745 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.897→48.745 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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