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- PDB-4iq0: Crystal structure of oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family from Str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iq0
タイトルCrystal structure of oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family from Streptococcus pneumoniae with reductive methylated Lysine
要素Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / Midwest Center for Structural Genomics / PSI-Biology / MCSG / Gfo/Idh/MocA family / reductive methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...: / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family / Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family from Streptococcus pneumoniae with reductive methylated Lysine
著者: Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年1月23日ID: 2HO3
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family
B: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family
C: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family
D: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,2709
ポリマ－148,0754
非ポリマー1955
水16,286904
1
A: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family
C: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0773
ポリマ－74,0372
非ポリマー391
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area25810 Å2
手法PISA
2
B: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family
D: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1946
ポリマ－74,0372
非ポリマー1564
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.915, 152.386, 100.237
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family


分子量: 37018.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: SP_1482 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q97PV8, UniProt: A0A0H2UR04*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 904 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M TRIS, 1.26 M Ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 91010 / Num. obs: 90011 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 8840 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-CollectCOLLECTデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SHELXDE位相決定
ARP/wARPモデル構築
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→38.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.905 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1952 4514 5 %RANDOM
Rwork0.1455 ---
all0.1481 89975 --
obs0.1481 89975 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.34 Å2 / Biso mean: 17.5895 Å2 / Biso min: 4.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å2-0 Å20.15 Å2
2---0.37 Å2-0 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9753 0 5 904 10662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01910155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1111.93913812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.718321681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.90351259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.14124.794509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.528151537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.461532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022547
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.677319615
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.6725260
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.474520009
LS精密化 シェル解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 292 -
Rwork0.138 6100 -
all-6392 -
obs-6392 96.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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