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- PDB-5a06: Crystal structure of aldose-aldose oxidoreductase from Caulobacte... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5a06 | ||||||
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Title | Crystal structure of aldose-aldose oxidoreductase from Caulobacter crescentus complexed with sorbitol | ||||||
![]() | ALDOSE-ALDOSE OXIDOREDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Taberman, H. / Rouvinen, J. / Parkkinen, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and Function of Caulobacter Crescentus Aldose-Aldose Oxidoreductase. Authors: Taberman, H. / Andberg, M. / Koivula, A. / Hakulinen, N. / Penttila, M. / Rouvinen, J. / Parkkinen, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 98 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 139.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5a02C ![]() 5a03C ![]() 5a04C ![]() 5a05C ![]() 1h6aS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 37289.438 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-NDP / #3: Sugar | ChemComp-SOR / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.6 Å3/Da / Density % sol: 65 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 / Details: MES PH 6.5, AMMONIUM SULPHATE, 2-PROPANOL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 7, 2015 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI-CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→50 Å / Num. obs: 264019 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 22.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.95 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1H6A Resolution: 1.841→48.101 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.6 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.841→48.101 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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