[日本語] English
万見
- PDB-2nzl: Crystal structure of human hydroxyacid oxidase 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nzl
タイトルCrystal structure of human hydroxyacid oxidase 1
要素Hydroxyacid oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / HAOX1 / Glycolate oxidase / GOX / GOX1 / hydroxyacid oxidase 1 / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / glycine biosynthetic process / fatty acid alpha-oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import ...glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / glycine biosynthetic process / fatty acid alpha-oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import / FMN binding / response to oxidative stress / intracellular membrane-bounded organelle / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / GLYOXYLIC ACID / 2-Hydroxyacid oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Kavanagh, K. / Pilka, E. / Berridge, G. / Debreczeni, J.E. / Papagrigoriou, E. / Turnbull, A. / Niesen, F. / Gileadi, O. / von Delft, F. ...Ugochukwu, E. / Kavanagh, K. / Pilka, E. / Berridge, G. / Debreczeni, J.E. / Papagrigoriou, E. / Turnbull, A. / Niesen, F. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human hydroxyacid oxidase 1
著者: Ugochukwu, E. / Kavanagh, K. / Pilka, E. / Berridge, G. / Debreczeni, J.E. / Papagrigoriou, E. / Turnbull, A. / Niesen, F. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / ...著者: Ugochukwu, E. / Kavanagh, K. / Pilka, E. / Berridge, G. / Debreczeni, J.E. / Papagrigoriou, E. / Turnbull, A. / Niesen, F. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2006年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0653
ポリマ－43,5351
非ポリマー5302
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,26112
ポリマ－174,1404
非ポリマー2,1228
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area14620 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area43150 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.294, 97.294, 79.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-711-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hydroxyacid oxidase 1 / HAOX1 / Glycolate oxidase / GOX


分子量: 43534.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAO1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9UJM8, (S)-2-hydroxy-acid oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸


分子量: 74.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 0.1M MMT, 30.0% PEG 1K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.8983
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→26.06 Å / Num. obs: 81283 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1GOX, 1LTD, 1TB3

1gox

1ltd

1tb3


解像度: 1.35→26.06 Å / σ(F): 0 / 詳細: TWINNED STRUCTURE REFINED WITH SHELXL-97
Rfactor反射数
Rfree0.155 4059
Rwork0.126 -
all0.126 77224
obs0.126 77224
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 2568 / Occupancy sum non hydrogen: 2760.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→26.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2569 0 36 156 2761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.381
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.058
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.062
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る