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万見

- PDB-4n02: Type 2 IDI from S. pneumoniae -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n02

タイトル

Type 2 IDI from S. pneumoniae

要素

Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM Barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / isoprenoid biosynthetic process / NADPH binding / FMN binding / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

de Ruyck, J. / Schubert, H.L. / Poulter, C.D.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014
タイトル: Determination of Kinetics and the Crystal Structure of a Novel Type 2 Isopentenyl Diphosphate: Dimethylallyl Diphosphate Isomerase from Streptococcus pneumoniae.
著者: de Ruyck, J. / Janczak, M.W. / Neti, S.S. / Rothman, S.C. / Schubert, H.L. / Cornish, R.M. / Matagne, A. / Wouters, J. / Poulter, C.D.

履歴

登録	2013年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月16日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n02.cif.gz	163.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n02.ent.gz	129.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/4n02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/4n02	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2zry-d 2zrw-d 3b03-d 3b04-d 3b06-d 2rdu-1 2zrx-d 2zrz-d 3b05-d 2zrv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

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集合体

登録構造単位

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

ヘテロ分子

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

ヘテロ分子

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

ヘテロ分子

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

ヘテロ分子

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.329, 131.329, 59.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-819- HOH

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要素

#1: タンパク質	Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase / IPP isomerase / Isopentenyl pyrophosphate isomerase 分子量: 39918.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: CGSP14 参照: UniProt: B2ILS5, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド分子量: 458.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃N₄O₉P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.67 %

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.911
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→32 Å / Num. obs: 98844 / B_iso Wilson estimate: 13.9 Å²

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解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.3_928) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→32 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.159	3940	3.99 %
R_work	0.139	-	-
obs	0.14	98841	99.8 %
all	-	98841	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.78 Å² / k_sol: 0.39 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.8842 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.8842 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.7685 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2616	0	46	369	3031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2820
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	3845
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.658	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	492

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4023-1.4195	0.2929	148	0.2733	3298	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4195-1.4374	0.2863	123	0.2622	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4374-1.4563	0.3202	142	0.2411	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4563-1.4763	0.2355	151	0.21	3380	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4763-1.4974	0.2356	127	0.1977	3376	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4974-1.5197	0.2325	145	0.1821	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5197-1.5435	0.1969	150	0.1683	3335	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5435-1.5688	0.2028	132	0.1515	3433	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5688-1.5958	0.1693	144	0.1435	3360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5958-1.6248	0.1774	133	0.1321	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6248-1.6561	0.1856	140	0.1349	3361	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6561-1.6899	0.1783	147	0.1268	3364	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6899-1.7266	0.1338	156	0.1116	3338	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7266-1.7668	0.1252	149	0.1099	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7668-1.811	0.1452	142	0.1052	3401	X-RAY DIFFRACTION	100
1.811-1.8599	0.1334	162	0.1047	3363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8599-1.9147	0.1705	146	0.109	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9147-1.9765	0.1337	125	0.1144	3396	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9765-2.0471	0.1456	129	0.114	3404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0471-2.129	0.1238	136	0.1187	3386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.129-2.2259	0.1386	138	0.1117	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2259-2.3432	0.1496	122	0.1152	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3432-2.49	0.1368	148	0.1234	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.6822	0.1607	158	0.1381	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6822-2.9519	0.1445	151	0.1456	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9519-3.3787	0.1624	136	0.1426	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3787-4.2554	0.1331	145	0.1307	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2554-32.8412	0.1683	115	0.1704	3468	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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