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- PDB-4iem: Human apurinic/apyrimidinic endonuclease (APE1) with product DNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iem
タイトルHuman apurinic/apyrimidinic endonuclease (APE1) with product DNA and Mg2+
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*(3DR)P*GP*AP*TP*CP*G)-3')
  • DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
キーワードHYDROLASE / LYASE/DNA / metalloprotein / DNA damage / DNA repair / base excision repair / protein-DNA / REF1 / nuclease / LYASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / : / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / double-stranded telomeric DNA binding ...Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / : / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / double-stranded telomeric DNA binding / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 3'-5'-DNA exonuclease activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / phosphoric diester hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA catabolic process / phosphodiesterase I activity / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / base-excision repair, gap-filling / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / regulation of mRNA stability / telomere maintenance / cell redox homeostasis / DNA endonuclease activity / base-excision repair / chromatin DNA binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / transcription corepressor activity / endonuclease activity / regulation of apoptotic process / DNA recombination / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / nuclear speck / ribosome / DNA repair / centrosome / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase ...AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA repair nuclease/redox regulator APEX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic DNA (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3936 Å
データ登録者Tsutakawa, S.E. / Mol, C.D. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Conserved Structural Chemistry for Incision Activity in Structurally Non-homologous Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease APE1 and Endonuclease IV DNA Repair Enzymes.
著者: Tsutakawa, S.E. / Shin, D.S. / Mol, C.D. / Izumi, T. / Arvai, A.S. / Mantha, A.K. / Szczesny, B. / Ivanov, I.N. / Hosfield, D.J. / Maiti, B. / Pique, M.E. / Frankel, K.A. / Hitomi, K. / ...著者: Tsutakawa, S.E. / Shin, D.S. / Mol, C.D. / Izumi, T. / Arvai, A.S. / Mantha, A.K. / Szczesny, B. / Ivanov, I.N. / Hosfield, D.J. / Maiti, B. / Pique, M.E. / Frankel, K.A. / Hitomi, K. / Cunningham, R.P. / Mitra, S. / Tainer, J.A.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references / Derived calculations / Other
改定 1.22013年4月10日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*(3DR)P*GP*AP*TP*CP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
H: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*(3DR)P*GP*AP*TP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
C: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
K: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*(3DR)P*GP*AP*TP*CP*G)-3')
M: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
D: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
N: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*C)-3')
O: DNA (5'-D(P*(3DR)P*GP*AP*TP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,49632
ポリマ－168,11916
非ポリマー37716
水4,900272
1
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
E: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*(3DR)P*GP*AP*TP*CP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,19511
ポリマ－42,0304
非ポリマー1657
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area14070 Å2
手法PISA
2
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
H: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*C)-3')
I: DNA (5'-D(P*(3DR)P*GP*AP*TP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1238
ポリマ－42,0304
非ポリマー934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
3
C: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
K: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*(3DR)P*GP*AP*TP*CP*G)-3')
M: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0786
ポリマ－42,0304
非ポリマー492
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
4
D: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
N: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*C)-3')
O: DNA (5'-D(P*(3DR)P*GP*AP*TP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1007
ポリマ－42,0304
非ポリマー703
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area13630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.639, 74.090, 112.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)
21chain B and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)
31chain C and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)
41chain D and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)
12chain G and (resseq 513:522 ) and (not element H)
22chain J and (resseq 513:522 ) and (not element H)
32chain M and (resseq 513:522 ) and (not element H)
42chain P and (resseq 513:522 ) and (not element H)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A' and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)A44 - 110
121chain 'A' and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)A113 - 318
211chain 'B' and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)B44 - 110
221chain 'B' and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)B113 - 318
311chain 'C' and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)C44 - 110
321chain 'C' and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)C113 - 318
411chain 'D' and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)D44 - 110
421chain 'D' and (resseq 44:110 or resseq 113:318 ) and (not element H)D113 - 318
112chain 'G' and (resseq 513:522 ) and (not element H)G0
212chain 'J' and (resseq 513:522 ) and (not element H)J0
312chain 'M' and (resseq 513:522 ) and (not element H)M0
412chain 'P' and (resseq 513:522 ) and (not element H)P0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.581627, -0.731172, -0.356507), (-0.667779, 0.178901, 0.722541), (-0.464522, 0.658317, -0.592315)53.399399, -6.19556, 33.681198
2given(0.89414, 0.444622, 0.053154), (-0.444112, 0.865349, 0.232241), (0.057262, -0.231262, 0.971205)-57.404999, -24.688101, 0.042935
3given(-0.798439, -0.580856, -0.158435), (-0.532119, 0.557681, 0.637057), (-0.281682, 0.592957, -0.754359)117.220001, -5.88341, 24.749599
4given(-0.581135, -0.727055, -0.365613), (-0.680993, 0.188478, 0.707619), (-0.445568, 0.660202, -0.60465)53.544498, -5.39382, 33.378502
5given(0.889803, 0.453482, 0.051039), (-0.452596, 0.862652, 0.225806), (0.05837, -0.224023, 0.972834)-57.595402, -23.887501, -0.295164
6given(-0.798711, -0.580556, -0.158163), (-0.533259, 0.561187, 0.633012), (-0.27874, 0.589935, -0.757813)117.259003, -5.82706, 24.8011
7given(-0.549254, -0.759527, -0.348481), (-0.68903, 0.175673, 0.70312), (-0.472819, 0.626305, -0.619826)52.460899, -4.46962, 35.905499
8given(0.910785, 0.411567, 0.03291), (-0.40728, 0.882488, 0.235241), (0.067775, -0.227658, 0.97138)-56.409801, -26.816999, -0.359558
9given(-0.789146, -0.597013, -0.144306), (-0.548883, 0.580038, 0.6019), (-0.275639, 0.554194, -0.785425)116.920998, -4.34031, 27.8734
10given(-0.593273, -0.733033, -0.332699), (-0.655148, 0.199514, 0.72868), (-0.467769, 0.650274, -0.598612)53.018299, -7.43813, 34.388
11given(0.875337, 0.481549, 0.043544), (-0.476317, 0.843325, 0.24885), (0.083112, -0.238568, 0.967563)-58.132198, -22.2873, -0.464967
12given(-0.803601, -0.581267, -0.127887), (-0.519189, 0.579585, 0.628112), (-0.290979, 0.571149, -0.767542)116.573997, -8.06579, 27.690701
13given(-0.572453, -0.734266, -0.364897), (-0.66609, 0.156934, 0.729175), (-0.478144, 0.660473, -0.578925)53.269901, -5.83705, 33.828701
14given(0.87678, 0.478297, 0.04989), (-0.477268, 0.852767, 0.212139), (0.058921, -0.20981, 0.975965)-57.882198, -22.3561, -0.89294
15given(-0.783895, -0.595282, -0.176489), (-0.544635, 0.522764, 0.655813), (-0.298132, 0.610211, -0.734003)117.120003, -2.90258, 24.9592

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / APEX nuclease / APEN / Apurinic-apyrimidinic endonuclease 1 / AP endonuclease 1 / APE-1 / REF-1 / ...APEX nuclease / APEN / Apurinic-apyrimidinic endonuclease 1 / AP endonuclease 1 / APE-1 / REF-1 / Redox factor-1 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / mitochondrial


分子量: 35475.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APE, APE1, APEX, APEX1, APX, HAP1, REF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P27695, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

-
DNA鎖 , 3種, 12分子 EHKNFILOGJMP

#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 1480.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(P*(3DR)P*GP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量: 1700.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)
#4: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量: 3374.210 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 288分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM MES pH 6.0, 200 mM LiSO4, and 25% mPEG 2K, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97956 Å
検出器日付: 2001年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97956 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.1 % / 数: 177329 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.08 / D res high: 2.4 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 56733 / % possible obs: 90.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.163098.710.0350.9683.1
4.15.1696.710.0460.9933
3.584.19110.0541.0353
3.263.5887.510.0671.1323.1
3.023.2687.110.0931.1293.1
2.853.0286.910.1361.1473.2
2.72.8587.210.1851.1383.2
2.592.78810.2381.1493.2
2.492.5989.110.3131.0983.2
2.42.4989.810.4021.0623.2
反射解像度: 2.3926→30 Å / Num. obs: 56727 / % possible obs: 90.05 %

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3936→29.643 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 2868 5.06 %
Rwork0.2079 --
obs0.2099 56705 90.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.8586 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3936→29.643 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8809 1697 16 272 10794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01711009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91815283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5124209
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031681
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2154X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.978
12B2154X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.978
13C2170X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.768
14D2170X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.846
21G208X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.242
22J208X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.242
23M208X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.186
24P208X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3936-2.43480.37561320.28542555X-RAY DIFFRACTION86
2.4348-2.47910.34321550.27242630X-RAY DIFFRACTION89
2.4791-2.52670.33471290.27722658X-RAY DIFFRACTION89
2.5267-2.57830.34051400.26982638X-RAY DIFFRACTION89
2.5783-2.63430.32281650.2592607X-RAY DIFFRACTION88
2.6343-2.69550.29421340.25322620X-RAY DIFFRACTION88
2.6955-2.76290.34141500.26172577X-RAY DIFFRACTION87
2.7629-2.83760.27811250.2542616X-RAY DIFFRACTION87
2.8376-2.9210.31641380.25562575X-RAY DIFFRACTION87
2.921-3.01520.34181380.25272576X-RAY DIFFRACTION87
3.0152-3.12280.29391470.24632626X-RAY DIFFRACTION87
3.1228-3.24770.25141210.23392585X-RAY DIFFRACTION87
3.2477-3.39530.27811340.22062617X-RAY DIFFRACTION87
3.3953-3.57410.24631420.2072620X-RAY DIFFRACTION88
3.5741-3.79760.23651510.19762676X-RAY DIFFRACTION90
3.7976-4.09010.22911430.18862770X-RAY DIFFRACTION92
4.0901-4.50040.19711470.17562852X-RAY DIFFRACTION95
4.5004-5.14870.20311540.17592974X-RAY DIFFRACTION98
5.1487-6.47560.21611660.18353001X-RAY DIFFRACTION99
6.4756-29.64510.17411570.16783064X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.2061 Å / Origin y: 29.162 Å / Origin z: 22.322 Å
111213212223313233
T0.3301 Å20.0128 Å20.0212 Å2-0.3413 Å2-0.0252 Å2--0.2634 Å2
L0.9093 °20.8234 °20.0257 °2-0.9301 °20.1705 °2--0.1084 °2
S0.2309 Å °-0.3189 Å °0.0861 Å °0.2853 Å °-0.2003 Å °0.088 Å °0.0803 Å °0.0545 Å °-0.0321 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA41 - 318
2X-RAY DIFFRACTION1allA401 - 596
3X-RAY DIFFRACTION1allE501 - 505
4X-RAY DIFFRACTION1allF506 - 511
5X-RAY DIFFRACTION1allG512 - 522
6X-RAY DIFFRACTION1allB44 - 318
7X-RAY DIFFRACTION1allB401 - 531
8X-RAY DIFFRACTION1allH501 - 505
9X-RAY DIFFRACTION1allI506 - 510
10X-RAY DIFFRACTION1allJ512 - 522
11X-RAY DIFFRACTION1allC41 - 318
12X-RAY DIFFRACTION1allK - C401 - 772
13X-RAY DIFFRACTION1allK501 - 505
14X-RAY DIFFRACTION1allL506 - 511
15X-RAY DIFFRACTION1allM512 - 522
16X-RAY DIFFRACTION1allD43 - 318
17X-RAY DIFFRACTION1allD401 - 558
18X-RAY DIFFRACTION1allN501 - 505
19X-RAY DIFFRACTION1allO506 - 511
20X-RAY DIFFRACTION1allP512 - 522

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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