[日本語] English
万見
- PDB-2mv1: Solution NMR structure of Human Relaxin-2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mv1
タイトルSolution NMR structure of Human Relaxin-2
要素
  • Relaxin A chain
  • Relaxin B chain
キーワードSIGNALING PROTEIN / insulin/relaxin family fold / signalling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Relaxin receptors / regulation of catalytic activity / female pregnancy / hormone activity / positive regulation of angiogenesis / G alpha (s) signalling events / positive regulation of gene expression / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Relaxin / : / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Haugaard-Kedstrom, L.M. / Rosengren, K.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Solution structure, aggregation behavior, and flexibility of human relaxin-2.
著者: Haugaard-Kedstrom, L.M. / Hossain, M.A. / Daly, N.L. / Bathgate, R.A. / Rinderknecht, E. / Wade, J.D. / Craik, D.J. / Rosengren, K.J.
履歴
登録2014年9月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_nmr_software ...entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Relaxin B chain
A: Relaxin A chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9732
ポリマ－5,9732
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Relaxin B chain


分子量: 3313.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Assembled by Fmoc based SPPS and combined with entity 2 using regioselective disulphide bond formation
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04090
#2: タンパク質・ペプチド Relaxin A chain


分子量: 2659.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Assembled by Fmoc based SPPS and combined with entity 1 using regioselective disulphide bond formation
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04090
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H TOCSY
1522D 1H-1H NOESY
1622D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM protein_1, 1 mM protein_2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM protein_1, 1 mM protein_2, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMentity_1-11
1 mMentity_2-21
1 mMentity_1-32
1 mMentity_2-42
試料状態イオン強度: 0 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.3Bruker Biospincollection
TopSpin2.3Bruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS2.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated using Cartesian dynamics in CNS and subsequently refined and energy minimised in explicit solvent.
NMR constraintsNOE constraints total: 349 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 67 / NOE medium range total count: 78 / NOE sequential total count: 204 / Hydrogen bond constraints total count: 30 / Protein chi angle constraints total count: 9 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 45 / Protein psi angle constraints total count: 35
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 2.8 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.3 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る