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- PDB-4e7v: The structure of R6 bovine insulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e7v
タイトルThe structure of R6 bovine insulin
要素
  • Insulin A chain
  • Insulin B chain
キーワードHORMONE / Zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite ...estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite / feeding behavior / response to growth hormone / response to food / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of Rho protein signal transduction / protein secretion / response to glucose / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / response to nutrient levels / hormone activity / positive regulation of insulin secretion / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
M-CRESOL / Insulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Harris, P. / Frankaer, C.G. / Knudsen, M.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: The structures of T(6), T(3)R(3) and R(6) bovine insulin: combining X-ray diffraction and absorption spectroscopy.
著者: Frankar, C.G. / Knudsen, M.V. / Noren, K. / Nazarenko, E. / Stahl, K. / Harris, P.
履歴
登録2012年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
E: Insulin A chain
F: Insulin B chain
G: Insulin A chain
H: Insulin B chain
I: Insulin A chain
J: Insulin B chain
K: Insulin A chain
L: Insulin B chain
M: Insulin A chain
N: Insulin B chain
O: Insulin A chain
P: Insulin B chain
Q: Insulin A chain
R: Insulin B chain
S: Insulin A chain
T: Insulin B chain
U: Insulin A chain
V: Insulin B chain
W: Insulin A chain
X: Insulin B chain
Y: Insulin A chain
Z: Insulin B chain
1: Insulin A chain
2: Insulin B chain
3: Insulin A chain
4: Insulin B chain
5: Insulin A chain
6: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,43464
ポリマ－91,89732
非ポリマー2,53732
水8,179454
1
1: Insulin A chain
2: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9535
ポリマ－5,7442
非ポリマー2093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4030 Å2
手法PISA
2
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9174
ポリマ－5,7442
非ポリマー1742
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4090 Å2
手法PISA
3
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9535
ポリマ－5,7442
非ポリマー2093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4160 Å2
手法PISA
4
E: Insulin A chain
F: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8874
ポリマ－5,7442
非ポリマー1442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4100 Å2
手法PISA
5
G: Insulin A chain
H: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8523
ポリマ－5,7442
非ポリマー1081
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4140 Å2
手法PISA
6
I: Insulin A chain
J: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8523
ポリマ－5,7442
非ポリマー1081
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4070 Å2
手法PISA
7
K: Insulin A chain
L: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8523
ポリマ－5,7442
非ポリマー1081
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4160 Å2
手法PISA
8
Y: Insulin A chain
Z: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9535
ポリマ－5,7442
非ポリマー2093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area3990 Å2
手法PISA
9
M: Insulin A chain
N: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9535
ポリマ－5,7442
非ポリマー2093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area4020 Å2
手法PISA
10
O: Insulin A chain
P: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9535
ポリマ－5,7442
非ポリマー2093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4040 Å2
手法PISA
11
Q: Insulin A chain
R: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8523
ポリマ－5,7442
非ポリマー1081
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4040 Å2
手法PISA
12
S: Insulin A chain
T: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8523
ポリマ－5,7442
非ポリマー1081
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4100 Å2
手法PISA
13
U: Insulin A chain
V: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8523
ポリマ－5,7442
非ポリマー1081
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4020 Å2
手法PISA
14
W: Insulin A chain
X: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8523
ポリマ－5,7442
非ポリマー1081
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4040 Å2
手法PISA
15
3: Insulin A chain
4: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9535
ポリマ－5,7442
非ポリマー2093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4040 Å2
手法PISA
16
5: Insulin A chain
6: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9535
ポリマ－5,7442
非ポリマー2093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4150 Å2
手法PISA
17
Y: Insulin A chain
Z: Insulin B chain
1: Insulin A chain
2: Insulin B chain
ヘテロ分子

Y: Insulin A chain
Z: Insulin B chain
1: Insulin A chain
2: Insulin B chain
ヘテロ分子

Y: Insulin A chain
Z: Insulin B chain
1: Insulin A chain
2: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,71530
ポリマ－34,46112
非ポリマー1,25418
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area19610 Å2
ΔGint-319 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
18
3: Insulin A chain
4: Insulin B chain
5: Insulin A chain
6: Insulin B chain
ヘテロ分子

3: Insulin A chain
4: Insulin B chain
5: Insulin A chain
6: Insulin B chain
ヘテロ分子

3: Insulin A chain
4: Insulin B chain
5: Insulin A chain
6: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,71530
ポリマ－34,46112
非ポリマー1,25418
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area19670 Å2
ΔGint-327 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PISA
19
M: Insulin A chain
N: Insulin B chain
O: Insulin A chain
P: Insulin B chain
Q: Insulin A chain
R: Insulin B chain
S: Insulin A chain
T: Insulin B chain
U: Insulin A chain
V: Insulin B chain
W: Insulin A chain
X: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,31222
ポリマ－34,46112
非ポリマー85110
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19380 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
20
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
E: Insulin A chain
F: Insulin B chain
G: Insulin A chain
H: Insulin B chain
I: Insulin A chain
J: Insulin B chain
K: Insulin A chain
L: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,31222
ポリマ－34,46112
非ポリマー85110
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19440 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area12510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.240, 156.240, 78.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11Z-101-

ZN

21Z-102-

CL

312-101-

ZN

412-102-

CL

514-101-

ZN

614-102-

CL

716-101-

ZN

816-102-

CL

91Z-205-

HOH

101Z-212-

HOH

1112-204-

HOH

1214-203-

HOH

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 32分子 ACEGIKMOQSUWY135BDFHJLNPRTVXZ246

#1: タンパク質・ペプチド
Insulin A chain


分子量: 2339.645 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#2: タンパク質・ペプチド
Insulin B chain


分子量: 3403.927 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317

-
非ポリマー , 4種, 486分子

#3: 化合物
ChemComp-CRS / M-CRESOL / m-クレゾ-ル


分子量: 108.138 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 2 ul 5 mg/ml bovine insulin + 2 ul reservoir equilibrated against 1 ml reservoir of: 0.12 M sodium citrate, 17 mM zinc acetate, 22% acetone, 0.5% m-cresol, 1.67 M NaCl, pH 8.4, VAPOR ...詳細: 2 ul 5 mg/ml bovine insulin + 2 ul reservoir equilibrated against 1 ml reservoir of: 0.12 M sodium citrate, 17 mM zinc acetate, 22% acetone, 0.5% m-cresol, 1.67 M NaCl, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月17日
放射モノクロメーター: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.88 Å / Num. all: 64897 / Num. obs: 64897 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 2010_07_29_2140)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EV3

1ev3


解像度: 1.8→28.88 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 32.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2717 3243 5 %RANDOM
Rwork0.2088 ---
obs0.2119 64868 97.52 %-
all-64868 --
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.483 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6886 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.6886 Å2-0 Å2
3----1.3771 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6160 0 144 454 6758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076535
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9828794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2652189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072949
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.82690.36221380.31942629X-RAY DIFFRACTION97
1.8269-1.85550.31961410.29622678X-RAY DIFFRACTION98
1.8555-1.88590.30841430.28942721X-RAY DIFFRACTION98
1.8859-1.91840.35041440.27332738X-RAY DIFFRACTION98
1.9184-1.95330.31161420.26312690X-RAY DIFFRACTION98
1.9533-1.99080.29251410.25612671X-RAY DIFFRACTION98
1.9908-2.03150.31991410.24222696X-RAY DIFFRACTION98
2.0315-2.07560.32621430.24152710X-RAY DIFFRACTION99
2.0756-2.12390.2421430.22312711X-RAY DIFFRACTION99
2.1239-2.1770.27521430.21252730X-RAY DIFFRACTION98
2.177-2.23580.2711420.21652686X-RAY DIFFRACTION99
2.2358-2.30160.27681430.20762723X-RAY DIFFRACTION99
2.3016-2.37590.23611420.19532693X-RAY DIFFRACTION99
2.3759-2.46070.26151440.19232739X-RAY DIFFRACTION99
2.4607-2.55920.26731420.19442698X-RAY DIFFRACTION99
2.5592-2.67560.26291420.19912723X-RAY DIFFRACTION99
2.6756-2.81650.26471420.20392688X-RAY DIFFRACTION98
2.8165-2.99280.24641420.19952697X-RAY DIFFRACTION98
2.9928-3.22360.27381410.19482673X-RAY DIFFRACTION97
3.2236-3.54750.26311410.19112691X-RAY DIFFRACTION98
3.5475-4.05960.23371400.1782653X-RAY DIFFRACTION96
4.0596-5.11010.24151360.17372584X-RAY DIFFRACTION94
5.1101-28.88920.37731270.27732403X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9713-1.4183-3.7383.06321.79638.0263-0.53750.9567-0.12560.1264-0.31860.40740.2038-1.2150.59410.1849-0.0548-0.01070.5122-0.00880.26225.355218.983512.3066
22.5284-0.628-2.09023.69983.8624.90920.26521.3531-0.1127-0.4212-0.5653-0.0649-0.8163-1.58770.42930.31140.1253-0.08680.8342-0.17810.239519.070423.284720.9366
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43X-RAY DIFFRACTION43chain Y and resid 1:8Y1 - 8
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45X-RAY DIFFRACTION45chain Z and resid 4:18Z4 - 18
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56X-RAY DIFFRACTION56chain 6 and resid 4:1864 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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