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万見
- PDB-2mlf: NMR structure of the dilated cardiomyopathy mutation G159D in tro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mlf
タイトルNMR structure of the dilated cardiomyopathy mutation G159D in troponin C bound to the anchoring region of troponin I
要素Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / troponin C / dilated cardiomyopathy / G159D / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / response to metal ion ...regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / response to metal ion / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / troponin I binding / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / : / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF-hand domain pair / : / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Baryshnikova, O.K. / Robertson, I.M. / Mercier, P. / Sykes, B.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The dilated cardiomyopathy G159D mutation in cardiac troponin C weakens the anchoring interaction with troponin I.
著者: Baryshnikova, O.K. / Robertson, I.M. / Mercier, P. / Sykes, B.D.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5073
ポリマ－8,4271
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles / TN-C


分子量: 8427.240 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 91-161 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNC1, TNNC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63316
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D (H)CCH-TOCSY
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D H(CCO)NH
1613D C(CO)NH
1713D 1H-13C NOESY
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-15N TOCSY
11013D HNHA
11113D HNHB
11222D DQF-COSY
11322D 1H-1H NOESY
11412D 13C-15N Filtered 1H-1H TOCSY
11512D 13C-15N Filtered 1H-1H NOESY
11612D 13C Edited,Filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] cCTnC, 2 mM Calcium, 0.2 mM DSS, 100 mM potassium chloride, 5 mM sodium azide, 10 mM imidazole, 1.2 mM troponin I(34-71), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] cCTnC, 2 mM Calcium, 0.2 mM DSS, 100 mM potassium chloride, 5 mM sodium azide, 0.5 mM imidazole, 1.2 mM troponin I(34-71), 9.5 mM [U-2H] imidazole, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMcCTnC-1[U-95% 13C; U-95% 15N]1
2 mMCalcium-21
0.2 mMDSS-31
100 mMpotassium chloride-41
5 mMsodium azide-51
10 mMimidazole-61
1.2 mMtroponin I(34-71)-71
0.5 mMcCTnC-8[U-95% 13C; U-95% 15N]2
2 mMCalcium-92
0.2 mMDSS-102
100 mMpotassium chloride-112
5 mMsodium azide-122
0.5 mMimidazole-132
1.2 mMtroponin I(34-71)-142
9.5 mMimidazole-15[U-2H]2
試料状態イオン強度: 0.12 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian UnityVarianUNITY6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
VnmrJVarianデータ解析
CYANA精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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