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- PDB-2juo: GABPa OST domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2juo
タイトルGABPa OST domain
要素GA-binding protein alpha chain
キーワードTRANSCRIPTION / OST / ubiquitin / transcription factor / NMR ensemble / GA-binding protein / DNA-binding / Nucleus / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / blastocyst formation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / blastocyst formation / negative regulation of megakaryocyte differentiation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, GA-binding, alpha subunit / GA-binding protein alpha subunit, N-terminal / GA-binding protein alpha chain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain ...Transcription factor, GA-binding, alpha subunit / GA-binding protein alpha subunit, N-terminal / GA-binding protein alpha chain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GA-binding protein alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kang, H. / Nelson, M.L. / Mackereth, C.D. / Schaerpf, M. / Graves, B.J. / McIntosh, L.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Identification and structural characterization of a CBP/p300-binding domain from the ETS family transcription factor GABP alpha
著者: Kang, H.S. / Nelson, M.L. / Mackereth, C.D. / Scharpf, M. / Graves, B.J. / McIntosh, L.P.
履歴
登録2007年8月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GA-binding protein alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9751
ポリマ－9,9751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 GA-binding protein alpha chain / GABP-subunit alpha


分子量: 9975.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gabpa, E4tf1a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q00422

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
3122D 1H-15N HSQC
2232D 1H-13C HSQC
3313D CBCA(CO)NH
3413D HNCO
3513D HNCA
3613D HN(CA)CB
3723D 1H-15N NOESY
3813D 1H-15N TOCSY
3913D (H)CCH-TOCSY
3101simultaneous CN NOESY
3111EZ-HMQC-NH2
3121N-CG spin echo
3131CO-CG spin echo
114215N IPAP
11523D HNHB
1162T1 T2 HNNOE
11723D HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GABPa OST, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
220 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-100% 15N] GABPa OST, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
320 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] GABPa OST, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphate1
20 mMsodium chloride1
1 mMGABPa OST[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2 mMDTT1
20 mMsodium phosphate2
50 mMsodium chloride2
1 mMGABPa OST[U-100% 15N]2
2 mMDTT2
20 mMsodium phosphate3
50 mMsodium chloride3
1 mMGABPa OST[U-10% 13C; U-100% 15N]3
2 mMDTT3
試料状態pH: 7 / 温度: 298.1 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityVarianUNITY5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.11Goddardcollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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