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- PDB-4pui: BolA domain of SufE1 from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pui
タイトルBolA domain of SufE1 from Arabidopsis thaliana
要素SufE-like protein, chloroplastic
キーワードPROTEIN BINDING / stress-responsive protein / METAL BINDING PROTEIN / PROTEIN BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


embryo development ending in seed dormancy / chloroplast stroma / chloroplast / enzyme activator activity / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fe-S metabolism associated domain, SufE-like / Fe-S metabolism associated domain / BolA-like / BolA protein / BolA-like superfamily / BolA-like protein / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SufE-like protein 1, chloroplastic/mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Roret, T. / Didierjean, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and Spectroscopic Insights into BolA-Glutaredoxin Complexes.
著者: Roret, T. / Tsan, P. / Couturier, J. / Zhang, B. / Johnson, M.K. / Rouhier, N. / Didierjean, C.
履歴
登録2014年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SufE-like protein, chloroplastic
B: SufE-like protein, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2782
ポリマ－21,2782
非ポリマー00
水2,972165
1
A: SufE-like protein, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6391
ポリマ－10,6391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SufE-like protein, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6391
ポリマ－10,6391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.833, 31.634, 68.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 SufE-like protein, chloroplastic / Protein EMBRYO DEFECTIVE 1374 / Protein SULFUR E / AtSUFE / Protein SULFUR E 1 / AtSUFE1


分子量: 10639.063 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 277-371 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SUFE, EMB1374, SUFE1, At4g26500, M3E9.70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84W65
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化温度: 278 K / 手法: oil microbatch method / pH: 6.5
詳細: 12% PEG20000, 6% ethylene glycol, 0.02 M trimethylamine HCl and 0.1 M MES, pH 6.5, Oil microbatch method, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月5日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.698→46.182 Å / Num. all: 20575 / Num. obs: 20573 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.698→1.79 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2902 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Proxima1 SOLEILデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V60

1v60


解像度: 1.698→46.182 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 22.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 1053 5.12 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
all0.1924 20575 --
obs0.1924 20573 99.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.557 Å2 / ksol: 0.415 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.8388 Å2-0 Å21.078 Å2
2---0.1159 Å2-0 Å2
3---6.9547 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.698→46.182 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1360 0 0 165 1525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0661860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.134532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6981-1.77540.33191180.28822368X-RAY DIFFRACTION97
1.7754-1.8690.27221350.24552423X-RAY DIFFRACTION100
1.869-1.98610.30271320.22612431X-RAY DIFFRACTION100
1.9861-2.13950.1881100.192414X-RAY DIFFRACTION100
2.1395-2.35480.2251410.19142433X-RAY DIFFRACTION100
2.3548-2.69550.19741120.19122475X-RAY DIFFRACTION100
2.6955-3.39590.24011540.18612432X-RAY DIFFRACTION100
3.3959-46.19870.17341510.17352537X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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