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- PDB-4rxz: Crystal Structure of MDMX phosporylated Tyr99 in complex with a 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rxz
タイトルCrystal Structure of MDMX phosporylated Tyr99 in complex with a 12-mer peptide
要素
  • 12-MER PEPTIDE INHIBITOR
  • Protein Mdm4
キーワードINHIBITOR / MDM4 / MDMX-PEPTIDE INHIBITOR COMPLEX / ONCOPROTEIN / METAL-BINDING / PMI
機能・相同性
機能・相同性情報


atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence ...atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of TP53 Degradation / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of cell cycle / protein stabilization / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Pazgier, M. / Gohain, N. / Tolbert, W.D.
引用ジャーナル: Oncogene / 年: 2016
タイトル: Structural basis of how stress-induced MDMX phosphorylation activates p53.
著者: Chen, X. / Gohain, N. / Zhan, C. / Lu, W.Y. / Pazgier, M. / Lu, W.
履歴
登録2014年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Mdm4
C: 12-MER PEPTIDE INHIBITOR
B: Protein Mdm4
D: 12-MER PEPTIDE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5104
ポリマ－22,5104
非ポリマー00
水2,540141
1
A: Protein Mdm4
C: 12-MER PEPTIDE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2552
ポリマ－11,2552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area5670 Å2
手法PISA
2
B: Protein Mdm4
D: 12-MER PEPTIDE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2552
ポリマ－11,2552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area5520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.613, 41.430, 45.618
Angle α, β, γ (deg.)103.32, 103.67, 102.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein Mdm4 / Double minute 4 protein / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / p53-binding protein Mdm4


分子量: 9827.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthesized based on the human MDMX sequence residues 24-108 and Tyrosine at position 99 is phosphorylated
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15151
#2: タンパク質・ペプチド 12-MER PEPTIDE INHIBITOR


分子量: 1427.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 12-mer peptide inhibitor based on human p53
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% isopropanol, 0.1M MES pH 6.5 and 10% PEG5000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9753 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月4日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9753 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→42.33 Å / Num. all: 27683 / Num. obs: 25745 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.14
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 1545 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EQY

3eqy


解像度: 1.55→42.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.206 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22034 1341 5.1 %RANDOM
Rwork0.18044 ---
all0.18249 26342 --
obs0.18249 24762 94.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.003 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å2-0.54 Å20.46 Å2
2---0.16 Å20.22 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1514 0 0 141 1655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9642.0032090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9933468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4585185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97124.37564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.5615273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.265156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8282.627752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8132.625751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9883.901933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9953.902934
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8543.119794
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8513.119795
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7674.5381158
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.61122.2971846
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.52321.7141785
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 95 -
Rwork0.313 1722 -
obs--87.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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