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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mgz | ||||||
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タイトル | Solution structure of RBFOX family ASD-1 RRM and SUP-12 RRM in ternary complex with RNA | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Solution Structure / Protein-RNA complex / Ternary Complex / RRM (RNA recognition motif) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() miRNA transport / alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA binding / regulation of locomotion / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA intronic binding / mRNA 3'-UTR binding / regulation of actin cytoskeleton organization / nervous system development / single-stranded RNA binding ...miRNA transport / alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA binding / regulation of locomotion / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA intronic binding / mRNA 3'-UTR binding / regulation of actin cytoskeleton organization / nervous system development / single-stranded RNA binding / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | fewest violations, model1 | ||||||
![]() | Takahashi, M. / Kuwasako, K. / Unzai, S. / Tsuda, K. / Yoshikawa, S. / He, F. / Kobayashi, N. / Guntert, P. / Shirouzu, M. / Ito, T. ...Takahashi, M. / Kuwasako, K. / Unzai, S. / Tsuda, K. / Yoshikawa, S. / He, F. / Kobayashi, N. / Guntert, P. / Shirouzu, M. / Ito, T. / Tanaka, A. / Yokoyama, S. / Hagiwara, M. / Kuroyanagi, H. / Muto, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: RBFOX and SUP-12 sandwich a G base to cooperatively regulate tissue-specific splicing 著者: Kuwasako, K. / Takahashi, M. / Unzai, S. / Tsuda, K. / Yoshikawa, S. / He, F. / Kobayashi, N. / Guntert, P. / Shirouzu, M. / Ito, T. / Tanaka, A. / Yokoyama, S. / Hagiwara, M. / Kuroyanagi, H. / Muto, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 815.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 86.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 114.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10588.028 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 97-189 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: asd-1, CELE_R74.5, R74.5 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11611.009 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-123 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: sup-12, CELE_T22B2.4, T22B2.4 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 3845.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ASD-1-1, 0.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SUP-12-2, 0.7 mM RNA-3, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 5-7 / 圧: ambient / 温度: 288 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software | 名称: ![]() 開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: fewest violations |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |