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- PDB-6ncr: Crystal Structure of Tryptophan-tRNA ligase from Chlamydia tracho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ncr
タイトルCrystal Structure of Tryptophan-tRNA ligase from Chlamydia trachomatis with bound L-tryptophan
要素Tryptophan--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / Tryptophan--tRNA ligase / L-tryptophan / ATP binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan-tRNA ligase / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / : / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold ...Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / : / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRYPTOPHAN / Tryptophan--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Tryptophan-tRNA ligase from Chlamydia trachomatis with bound L-tryptophan
著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22025年10月22日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan--tRNA ligase
B: Tryptophan--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,64822
ポリマ－81,1632
非ポリマー1,48620
水7,152397
1
A: Tryptophan--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,50514
ポリマ－40,5811
非ポリマー92413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tryptophan--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1438
ポリマ－40,5811
非ポリマー5627
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8320 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area29810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.890, 61.050, 246.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan--tRNA ligase / Tryptophanyl-tRNA synthetase / TrpRS


分子量: 40581.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (strain D/UW-3/Cx) (トラコーマクラミジア)
株: D/UW-3/Cx / 遺伝子: trpS, CT_585 / プラスミド: ChtrB.00743.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O84589, tryptophan-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 417分子

#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: ChtrB.00743.a.B1.PW38496 at 17.16 mg/ml was incubated with 3 mM L-Trp, magnesium chloride, and AMPPNP, then was mixed 1:1 with MCSG1(c11): 20.0% (w/v) PEG 3000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M ...詳細: ChtrB.00743.a.B1.PW38496 at 17.16 mg/ml was incubated with 3 mM L-Trp, magnesium chloride, and AMPPNP, then was mixed 1:1 with MCSG1(c11): 20.0% (w/v) PEG 3000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Tris base/ HCl, pH=7.0 and cryoprotected with 20% ethylene glycol. Tray: 302466c11, puck: xcr5-13

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47.029 Å / Num. obs: 78460 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.322 % / Biso Wilson estimate: 38.366 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rrim(I) all: 0.04 / Χ2: 1.094 / Net I/σ(I): 23.41 / Num. measured all: 496022 / Scaling rejects: 281
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.86.3610.6092.4736571575157490.8410.664100
1.8-1.846.2490.4993.0734874558155810.8920.544100
1.84-1.96.4110.3963.9334684541554100.9280.43299.9
1.9-1.966.4720.3035.2934283529852970.9580.33100
1.96-2.026.5040.2267.1133228511851090.9780.24699.8
2.02-2.096.6790.16710.0733193497049700.9880.181100
2.09-2.176.5060.12713.2131127478647840.9930.139100
2.17-2.266.3170.09916.929255464246310.9950.10899.8
2.26-2.366.4880.07921.4228749443644310.9970.08699.9
2.36-2.476.3370.06725.1826953426042530.9970.07399.8
2.47-2.616.5750.05729.6726504403240310.9980.062100
2.61-2.776.2480.04734.2724200387638730.9990.05199.9
2.77-2.966.0540.03940.4121934362836230.9990.04399.9
2.96-3.25.910.03445.3419936339733730.9990.03799.3
3.2-3.56.2330.0352.4219260310730900.9990.03299.5
3.5-3.915.9560.02556.8216968286528490.9990.02799.4
3.91-4.525.9550.02260.5814941252525090.9990.02499.4
4.52-5.536.1420.0261.5133402180217210.02299.6
5.53-7.835.990.01959.7810278172017160.9990.0299.8
7.83-47.0295.6930.01561.7757441019100910.01699

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2G36

2g36


解像度: 1.75→47.029 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1958 1971 2.51 %
Rwork0.171 --
obs0.1717 78451 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.04 Å2 / Biso mean: 41.9114 Å2 / Biso min: 17.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→47.029 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5340 0 99 399 5838
Biso mean--55.52 45.82 -
残基数----683
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7499-1.79370.32151260.249653795505100
1.7937-1.84220.28221350.222653915526100
1.8422-1.89640.21851220.211754455567100
1.8964-1.95760.22121530.196253795532100
1.9576-2.02750.2341360.195154005536100
2.0275-2.10870.22461570.184754005557100
2.1087-2.20470.20971460.17654315577100
2.2047-2.32090.22811250.170554275552100
2.3209-2.46630.23631370.180254295566100
2.4663-2.65670.21231440.186554935637100
2.6567-2.92410.21281410.180754615602100
2.9241-3.34710.21391380.17545486562499
3.3471-4.21660.17171420.15195565570799
4.2166-47.04550.15931690.154257945963100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28180.3556-0.96941.9435-0.72252.80990.03870.15150.0851-0.0731-0.0328-0.0425-0.14340.0661-0.00010.17230.0329-0.02190.2410.03140.20169.74121.861518.7838
21.65670.70750.2460.63890.32441.5737-0.07850.25280.3268-0.00780.07110.2409-0.4091-0.12430.03270.23630.0510.00450.21840.05330.2669-0.514524.420427.1367
33.3073-3.16411.75734.7472-2.64522.49220.09580.20660.0255-0.476-0.05250.2998-0.29060.036-0.04680.5650.0425-0.07020.40130.07030.30495.995738.6138-4.5278
40.80780.9477-1.16681.0898-1.26534.12210.07080.0032-0.08310.1458-0.2457-0.1857-0.05880.38520.22890.17420.0391-0.04310.28340.02710.279917.098213.546833.2937
52.63342.21232.84722.00012.38373.83220.10041.02660.3776-0.7414-0.0435-0.2561-0.30690.3004-0.06940.29350.07340.03460.3532-0.01380.26895.246223.39620.2038
62.2442-0.4134-1.90264.45122.2167.35850.19390.1538-0.128-0.3220.0473-0.2969-0.2027-0.1398-0.21770.3370.026-0.08750.23480.0150.2967-2.318-10.65141.3209
71.08690.0176-0.03192.3087-0.56411.79770.037-0.0554-0.16860.0888-0.0449-0.07770.34950.0570.02210.32090.0161-0.02420.20720.01310.20611.8996-4.824845.1483
83.6619-0.37140.59363.323-0.21053.31050.0726-0.17890.05120.21780.00050.70420.1188-0.65360.04560.2138-0.02060.07340.31190.02410.3484-8.38358.245831.1108
93.8686-0.54640.56535.8092-0.25923.02690.01370.0778-0.12460.3286-0.01380.19050.4311-0.341-0.03910.2634-0.04020.01220.21110.00610.1618-4.1937-1.723432.1695
100.38930.4225-0.95680.9653-2.74517.8407-0.13230.1253-0.0019-0.04330.25440.10770.2362-0.8504-0.07940.3163-0.0217-0.05580.29310.00890.3021-8.3599-5.007737.1389
114.28110.6839-1.44213.5378-0.29254.1814-0.06670.1379-0.46510.1969-0.09840.71220.4444-0.85650.11840.4037-0.1079-0.03040.3681-0.02540.3522-16.0414-15.638964.3178
120.44320.5889-1.97752.5248-3.20199.0763-0.0672-0.1245-0.1425-0.1848-0.256-0.32330.56690.60960.4240.22560.11510.00560.29770.0050.323313.5897-0.950427.7856
137.5527-7.8183-2.97098.68965.02077.80120.45650.22510.3668-0.2614-0.43660.0493-0.1526-0.7274-0.15810.48830.0986-0.05190.52040.01510.5969-4.7903-2.169338.8744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 112 )A2 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 192 )A113 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 193 through 302 )A193 - 302
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 303 through 343 )A303 - 343
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 401 through 401 )A401
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -1 through 24 )B-1 - 24
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 25 through 90 )B25 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 91 through 130 )B91 - 130
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 131 through 159 )B131 - 159
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 160 through 215 )B160 - 215
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 216 through 303 )B216 - 303
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 304 through 345 )B304 - 345
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 401 through 401 )B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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