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- PDB-2ltw: YAP WW1 in complex with a Smad7 derived peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ltw
タイトルYAP WW1 in complex with a Smad7 derived peptide
要素
  • Smad7 derived peptide
  • Yorkie homolog
キーワードPROTEIN BINDING/PEPTIDE / WW / YAP / SMAD7 / PROTEIN BINDING-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chondrocyte hypertrophy / negative regulation of T-helper 17 type immune response / negative regulation of chondrocyte proliferation / negative regulation of T cell cytokine production / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / bud elongation involved in lung branching / heteromeric SMAD protein complex / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration ...positive regulation of chondrocyte hypertrophy / negative regulation of T-helper 17 type immune response / negative regulation of chondrocyte proliferation / negative regulation of T cell cytokine production / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / bud elongation involved in lung branching / heteromeric SMAD protein complex / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / glandular epithelial cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / polarized epithelial cell differentiation / notochord development / response to laminar fluid shear stress / activin receptor binding / negative regulation of cilium assembly / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of epithelial to mesenchymal transition / lung epithelial cell differentiation / heart process / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / hippo signaling / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / regulation of stem cell proliferation / tissue homeostasis / Signaling by BMP / intestinal epithelial cell development / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / SMAD protein signal transduction / negative regulation of activin receptor signaling pathway / adherens junction assembly / Formation of axial mesoderm / protein-containing complex localization / negative regulation of stem cell differentiation / female germ cell nucleus / embryonic heart tube morphogenesis / I-SMAD binding / negative regulation of ossification / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / proline-rich region binding / Signaling by Hippo / transcription regulator inhibitor activity / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / ureteric bud development / organ growth / artery morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of epithelial cell differentiation / ventricular septum morphogenesis / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Zygotic genome activation (ZGA) / somatic stem cell population maintenance / regulation of neurogenesis / negative regulation of BMP signaling pathway / regulation of cardiac muscle contraction / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / anatomical structure morphogenesis / vasculogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Nuclear signaling by ERBB4 / cellular response to retinoic acid / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / keratinocyte differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein ubiquitination / collagen binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / epithelial cell proliferation / negative regulation of cell migration / cellular response to leukemia inhibitory factor / response to progesterone / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / wound healing / cell morphogenesis
類似検索 - 分子機能
: / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. ...: / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Mothers against decapentaplegic homolog 7 / Transcriptional coactivator YAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Macias, M.J. / Aragon, E. / Goerner, N. / Xi, Q. / Lopes, T. / Gao, S. / Massague, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for the Versatile Interactions of Smad7 with Regulator WW Domains in TGF-beta Pathways.
著者: Aragon, E. / Goerner, N. / Xi, Q. / Gomes, T. / Gao, S. / Massague, J. / Macias, M.J.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yorkie homolog
B: Smad7 derived peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7452
ポリマ－5,7452
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Yorkie homolog / 65 kDa Yes-associated protein / YAP65


分子量: 4151.594 Da / 分子数: 1 / 断片: WW1 domain (UNP residues 170-205) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YAP1, YAP65 / プラスミド: petM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P46937
#2: タンパク質・ペプチド Smad7 derived peptide


分子量: 1593.735 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 205-217 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15105
配列の詳細THIS IS A SMAD7 DERIVED PEPTIDE.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1423D CBCA(CO)NH
1523D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM YAPWW1, 2 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] YAPWW1, 3 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMYAPWW1-11
2 mMSMAD7-21
20 mMTRIS-3[U-100% 2H]1
100 mMsodium chloride-41
1 mMYAPWW1-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
3 mMSMAD7-62
20 mMTRIS-7[U-100% 2H]2
100 mMsodium chloride-82
試料状態pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CNSSOLVEBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSSOLVEBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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