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万見
- PDB-2ltv: YAP WW2 in complex with a Smad7 derived peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ltv
タイトルYAP WW2 in complex with a Smad7 derived peptide
要素
  • Smad7 derived peptide
  • Yorkie homolog
キーワードPROTEIN BINDING/PEPTIDE / WW / YAP / SMAD7 / PROTEIN BINDING-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chondrocyte hypertrophy / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of T-helper 17 type immune response / negative regulation of chondrocyte proliferation / enterocyte differentiation / response to laminar fluid shear stress / negative regulation of T cell cytokine production / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin ...positive regulation of chondrocyte hypertrophy / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of T-helper 17 type immune response / negative regulation of chondrocyte proliferation / enterocyte differentiation / response to laminar fluid shear stress / negative regulation of T cell cytokine production / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / heteromeric SMAD protein complex / glandular epithelial cell differentiation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / bud elongation involved in lung branching / polarized epithelial cell differentiation / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / negative regulation of cilium assembly / protein-containing complex disassembly / activin receptor binding / lung epithelial cell differentiation / heart process / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / regulation of epithelial to mesenchymal transition / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell proliferation / intestinal epithelial cell development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / tissue homeostasis / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / SMAD protein signal transduction / Signaling by BMP / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / Formation of axial mesoderm / negative regulation of stem cell differentiation / protein-containing complex localization / embryonic heart tube morphogenesis / female germ cell nucleus / I-SMAD binding / Signaling by Hippo / proline-rich region binding / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / adherens junction assembly / negative regulation of ossification / artery morphogenesis / ureteric bud development / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / organ growth / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of epithelial cell differentiation / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of Notch signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Zygotic genome activation (ZGA) / negative regulation of SMAD protein signal transduction / positive regulation of stem cell population maintenance / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of BMP signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / bicellular tight junction / canonical Wnt signaling pathway / regulation of neurogenesis / regulation of cardiac muscle contraction / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / Nuclear signaling by ERBB4 / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / keratinocyte differentiation / collagen binding / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / response to progesterone / negative regulation of cell migration / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cellular response to leukemia inhibitory factor / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / wound healing / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to gamma radiation / beta-catenin binding / positive regulation of protein localization to nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Omega loop, TEAD interacting region 3 / : / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. ...: / Omega loop, TEAD interacting region 3 / : / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Mothers against decapentaplegic homolog 7 / Transcriptional coactivator YAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Macias, M.J. / Aragon, E. / Goerner, N. / Xi, Q. / Lopes, T. / Gao, S. / Massague, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for the Versatile Interactions of Smad7 with Regulator WW Domains in TGF-beta Pathways.
著者: Aragon, E. / Goerner, N. / Xi, Q. / Gomes, T. / Gao, S. / Massague, J. / Macias, M.J.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Yorkie homolog
B: Smad7 derived peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5992
ポリマ－5,5992
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Yorkie homolog / 65 kDa Yes-associated protein / YAP65


分子量: 4191.591 Da / 分子数: 1 / 断片: WW2 domain (UNP residues 230-265) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YAP1, YAP65 / プラスミド: petM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P46937
#2: タンパク質・ペプチド Smad7 derived peptide


分子量: 1407.570 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 206-217 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15105

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1423D CBCA(CO)NH
1523D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM YAPWW2, 2 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] YAPWW2, 3 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMYAPWW2-11
2 mMSMAD7-21
20 mMTRIS-3[U-100% 2H]1
100 mMsodium chloride-41
1 mMYAPWW2-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
3 mMSMAD7-62
20 mMTRIS-7[U-100% 2H]2
100 mMsodium chloride-82
試料状態pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CNSSOLVEBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSSOLVEBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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