PDB-2lhd: GB98 solution structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lhd

タイトル

GB98 solution structure

要素

GB98

キーワード

DE NOVO PROTEIN

機能・相同性

Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

artificial gene (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

He, Y. / Chen, Y. / Alexander, P. / Bryan, P. / Orban, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Mutational tipping points for switching protein folds and functions.
著者: He, Y. / Chen, Y. / Alexander, P.A. / Bryan, P.N. / Orban, J.

履歴

登録	2011年8月8日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lhd.cif.gz	359 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lhd.ent.gz	300.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lhd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/2lhd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/2lhd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2lhcC 2lheC 2lhgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1y62-5 1fd6-d 5xx3-2 1bpt-d 1tfs-d 6nl6-2 6cpz-2 5xx4-2 1oa5-d 1mhn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17840

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GB98

6.41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 500	structures with acceptable covalent geometry
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	GB98 分子量: 6405.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 遺伝子: PGB98 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D C(CO)NH
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D 1H-15N NOESY
1	7	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	8	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	9	1	3D H(CCO)NH
1	10	1	3D HBHA(CO)NH

-
試料調製

詳細

内容: 0.1-0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GB98, 100 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	単位	構成要素	Isotopic labeling	Conc. range (mg/ml)	Solution-ID
	mM	GB98-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	0.1-0.3	1
100 mM		potassium phosphate-2			1

試料状態

イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 278 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger A. T. et.al.	構造決定
TopSpin	Bruker Biospin	collection
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	data processing
NMRDraw	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	data processing display
Sparky	Goddard	データ解析
MOLMOL	Koradi, Billeter and Wuthrich	structure display
CSI	Wishart, D.S. and B.D. Sykes.	secondary structure prediction
TALOS	Cornilescu, Delaglio and Bax	dihedral angle restraints determination
Procheck	Laskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Tho	protein structure quality check
NOEID	Lisa Parsons	generate noe peak lists
CNS	Brunger A. T. et.al.	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 648 / NOE intraresidue total count: 395 / NOE long range total count: 91 / NOE medium range total count: 43 / NOE sequential total count: 119

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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