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- PDB-6cpz: Selenomethionine mutant (I6Sem) of protein GB1 examined by X-ray ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cpz
タイトルSelenomethionine mutant (I6Sem) of protein GB1 examined by X-ray diffraction
要素Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin G-binding protein domain B1
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. group G (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Chen, Q. / Rozovsky, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5 P30 GM110758-02 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5 P20 GM104316 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1616178 米国
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2020
タイトル: 77Se NMR Probes the Protein Environment of Selenomethionine.
著者: Chen, Q. / Xu, S. / Lu, X. / Boeri, M.V. / Pepelyayeva, Y. / Diaz, E.L. / Soni, S.D. / Allaire, M. / Forstner, M.B. / Bahnson, B.J. / Rozovsky, S.
履歴
登録2018年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G
B: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,29210
ポリマ－12,4392
非ポリマー8538
水3,225179
1
A: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6465
ポリマ－6,2201
非ポリマー4264
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6465
ポリマ－6,2201
非ポリマー4264
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.890, 36.489, 48.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 6219.598 Da / 分子数: 2 / 変異: I6Sem / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア)
遺伝子: spg / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.32 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 48% MPD 20% IPA 25 mM sodium acetate buffer pH 4.7 20 mg/ml protein in 25 mM sodium acetate buffer pH 5.5 and 2 mM TCEP
PH範囲: 4.5-4.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月17日
放射モノクロメーター: Asymetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→27.571 Å / Num. obs: 69779 / % possible obs: 97.43 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 7.95 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.01784 / Rpim(I) all: 0.01784 / Rrim(I) all: 0.02524 / Net I/σ(I): 12.98
反射 シェル解像度: 1.12→1.16 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
PHENIXモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QMT

2qmt


解像度: 1.12→27.571 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1561 3802 5.45 %
Rwork0.1369 --
obs0.1379 69779 95.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→27.571 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数868 0 52 179 1099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008970
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0811327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.938349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086150
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.12-1.13420.16171340.12682320X-RAY DIFFRACTION91
1.1342-1.14910.16111420.1182431X-RAY DIFFRACTION92
1.1491-1.16490.1471390.12252349X-RAY DIFFRACTION92
1.1649-1.18150.13771320.12052340X-RAY DIFFRACTION92
1.1815-1.19920.1581340.12952378X-RAY DIFFRACTION92
1.1992-1.21790.16881390.12662391X-RAY DIFFRACTION92
1.2179-1.23790.18341330.11762352X-RAY DIFFRACTION94
1.2379-1.25920.15151370.11722431X-RAY DIFFRACTION93
1.2592-1.28210.15171380.11982422X-RAY DIFFRACTION95
1.2821-1.30680.14351450.1112427X-RAY DIFFRACTION94
1.3068-1.33340.13051400.11452431X-RAY DIFFRACTION94
1.3334-1.36240.15141380.12192391X-RAY DIFFRACTION93
1.3624-1.39410.1681430.11632478X-RAY DIFFRACTION94
1.3941-1.4290.12651320.1182360X-RAY DIFFRACTION94
1.429-1.46760.17271430.11432465X-RAY DIFFRACTION95
1.4676-1.51080.14711400.11212409X-RAY DIFFRACTION96
1.5108-1.55960.13381370.10822511X-RAY DIFFRACTION96
1.5596-1.61530.15511400.11422447X-RAY DIFFRACTION96
1.6153-1.680.15661480.12322474X-RAY DIFFRACTION96
1.68-1.75640.15361450.13482537X-RAY DIFFRACTION97
1.7564-1.8490.19051450.13912512X-RAY DIFFRACTION98
1.849-1.96480.13781450.1332486X-RAY DIFFRACTION98
1.9648-2.11650.12431430.13012523X-RAY DIFFRACTION98
2.1165-2.32940.13111460.14462514X-RAY DIFFRACTION98
2.3294-2.66620.1781530.15822532X-RAY DIFFRACTION99
2.6662-3.35820.16631470.16132548X-RAY DIFFRACTION99
3.3582-27.57910.18031440.1622518X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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